코스닥바이오·제약041910

폴라리스AI파마

5,510원▼ 0.36%2026-10-02 장마감
시가총액
727억원
거래대금
1억원
거래량
2만주
상장주식수
1,328만주
PER
5.0배
PBR
0.5배
EPS
1,075원
배당수익률
0.00%

PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 0원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감

01

리포트 개요

본업 회복과 투자수익이 겹친 이익 점프

원료의약품·CDMO 본업의 이익 회복에 알파타우메디컬 등 전략적 투자자산의 손익이 더해지며 순이익이 영업이익을 크게 웃도는 구조가 이어지고 있다.

  1. 1

    2025년 영업이익이 전년 1.8억원에서 31.9억원으로 회복했고, 순이익은 2022년 적자에서 2025년 61.6억원까지 4년 연속 개선됐다.

  2. 2

    최근 4개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 지배주주 순이익 합계는 142.8억원으로, 같은 기간 영업이익 합계를 크게 상회한다.

  3. 3

    2026년 상반기 폴라리스오피스그룹 실적에는 폴라리스AI파마가 보유한 나스닥 상장사 알파타우메디컬 지분 일부 매각에 따른 투자수익이 반영됐다.

  4. 4

    2026년 3월 100억원 규모 전환사채를 발행(전환가 9,106원)했고, 마성엘에스·팜젠사이언스와 신규 협력을 체결하며 사업 확장을 도모하고 있다.

  5. 5

    매출은 2023년 이후 3년 연속 감소해, 이익 개선이 외형 성장보다는 비용 효율화와 투자자산 가치 실현에 의존하고 있다는 점이 균형 잡힌 시각을 요구한다.

02

사업 구조

폴라리스AI파마는 유기합성·키랄·유기금속착물합성·미세입자화 기술을 활용해 60여 종의 원료의약품(API)을 생산하며, API 사업과 위탁개발생산(CDMO) 사업을 함께 영위한다.

국내외 100여 개 고객사를 대상으로 사업을 하고 있으며, 인허가가 까다로운 일본 시장 비중이 높고 중국·멕시코 등에도 원료의약품 등록을 마쳐 해외 네트워크를 확대하고 있다.

2025년에는 러시아·사우디아라비아·멕시코의 정부조달 시장에 신규 진출했고, 위·십이지장궤양 치료제 성분인 록사티딘 아세테이트염산염을 중국 국가약품감독관리국(NMPA)에 등록해 상업화까지 성공시켰다.

2024년 3월 폴라리스오피스그룹에 편입된 이후에는 계열사 폴라리스오피스와 함께 검색증강생성(RAG) 기술을 활용한 제약 특화 AI 솔루션 '제약 ASK-Doc'을 공동 개발하고 있다.

2026년 2월에는 팜젠사이언스와 신약·개량신약 공동 연구개발 및 AI 기반 CDMO 공정기술 협력을 위한 전략적 파트너십을 체결했다. 2026년 3월에는 의약품 유통기업 마성엘에스와 협력해 중추신경계 의약품을 중심으로 국산 원료의약품 자급화와 원가 경쟁력 확보에 나섰다.

본업인 제네릭 기반 API·CDMO 외에도, 알파타우메디컬(나스닥 상장)·쿼드메디슨(코스닥 상장) 등 바이오 벤처에 선제적으로 투자해 지분 가치 상승과 회수를 통한 투자수익을 함께 추구하는 이른바 '투트랙' 사업 구조를 갖추고 있다.

경쟁 구도상으로는 국내 중소형 원료의약품·CDMO 업체들과 경쟁하는 한편, 글로벌 대형 CDMO사와는 사업 영역이 차별화되어 있다.

03

실적 추이

분기 매출 · 영업이익
매출액영업이익
연간 매출 · 영업이익
매출액영업이익
분기 실적 · 최근 5분기
분기매출액영업이익영업이익률
2025Q2138억13억9.2%
2025Q3147억16억10.7%
2025Q4143억-4억−2.7%
2026Q1137억6억4.4%
2026Q2147억8억5.3%
연간 실적
연도매출액영업이익지배주주 순이익영업이익률ROE부채비율
2022620억32억-64억5.1%−5.5%7.1%
2023642억53억38억8.3%3.3%5.4%
2024596억2억39억0.3%3.1%4.6%
2025555억32억62억5.7%4.5%44.1%

연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-08-23

04

실적 분석

연간 실적을 보면 매출은 2022년 620.4억원에서 2023년 642.1억원으로 늘었다가 2024년 596.0억원, 2025년 555.4억원으로 3년 연속 축소되는 흐름을 보였다.

반면 영업이익은 2022년 31.6억원에서 2023년 53.4억원(영업이익률 8.3%)으로 늘었다가 2024년 1.8억원(영업이익률 0.3%)까지 급감한 뒤, 2025년 31.9억원(영업이익률 5.7%)으로 회복했다.

지배주주 순이익은 2022년 -63.6억원의 적자에서 2023년 38.2억원, 2024년 39.5억원, 2025년 61.6억원으로 4년 연속 개선되며 적자에서 흑자로 전환한 뒤 이익 규모를 키워왔다.

분기별로는 2025년 2분기 매출 138.1억원·영업이익 12.7억원·지배주주 순이익 12.9억원에서, 3분기에는 매출 147.0억원·영업이익 15.7억원·순이익 35.0억원으로 개선됐다. 4분기에는 매출 142.7억원을 유지했음에도 영업손실 3.9억원을 기록했지만 순이익은 3.8억원으로 흑자를 지켰다.

2026년 1분기에는 매출 137.0억원·영업이익 6.1억원에 그쳤지만 순이익은 36.5억원으로 크게 늘었고, 2분기에는 매출 147.0억원·영업이익 7.8억원, 순이익은 67.5억원까지 확대됐다.

이에 따라 최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 합산 지배주주 순이익은 142.8억원으로, 같은 기간 영업이익 합계를 크게 웃돈다.

영업이익과 순이익 간 격차가 분기마다 확대되는 구조는 본업 외 투자자산의 손익 변동이 상당 부분 반영된 결과로 해석되며, 실제로 2026년 상반기에는 폴라리스AI파마가 보유한 알파타우메디컬 지분 일부를 매각해 얻은 투자수익이 그룹 연결 순이익에 반영됐다.

한편 영업활동현금흐름은 2022년 -16.5억원에서 2023년 47.9억원, 2024년 79.3억원, 2025년 88.3억원으로 꾸준히 개선돼 본업의 현금창출력이 뒷받침되고 있음을 보여주는 반면, 부채총액은 2024년 말 58.7억원에서 2025년 말 600.0억원으로 크게 늘어 부채비율이 4.6%에서 44.1%로 상승했다.

05

산업 분석

국내 의약품 시장은 2023년 31.4조원으로 전년 대비 5.3% 증가했고, 그중 원료의약품 시장은 3.8조원으로 5년 내 최고 실적을 기록했다.

글로벌 원료의약품(API) CDMO 시장은 2025년 약 1,280.3억달러 규모로 추산되며, 2026년에는 1,388.6억달러로 커지고 2034년까지 연평균 8.46% 성장할 것으로 전망된다.

글로벌 무대에서는 삼성바이오로직스·론자·카탈런트 등 대형 CDMO사가 복잡한 바이오의약품·ADC 등 고부가가치 영역을 주도하는 반면, 폴라리스AI파마는 제네릭 기반 API와 소형 CDMO 영역에서 아이티켐·토포랩·화이바이오메드·바이오빛 등 국내 중소업체들과 경쟁하는 구도다.

정부의 약가 인하 정책은 완제의약품사뿐 아니라 원료의약품 산업 전반에 체질 개선을 요구하는 구조적 변화 요인으로 지목되며, 이는 국산 원료 대체·자급화 수요를 늘리는 계기로도 작용하고 있다.

회사가 추진 중인 러시아·사우디아라비아·멕시코 등 신흥 정부조달시장 진출과 중국 NMPA 등록은 특정 국가·고객 의존도를 낮추려는 공급망 다변화 전략의 일환으로 해석된다.

업황 사이클상으로는 국내 제네릭·원료의약품 시장이 완만한 성장을 지속하는 가운데, CDMO 아웃소싱 확대라는 글로벌 트렌드가 중소형 API 업체들에게도 기회로 작용하고 있다.

06

전망

회사는 팜젠사이언스와의 파트너십을 통해 AI 기반 CDMO 공정기술을 실제 파이프라인에 적용하고 효율성을 입증하겠다는 계획을 밝혔으며, 알파타우메디컬의 일본 상업화 성공 등 투자 성과를 병행해 2026년을 본격적인 도약의 원년으로 삼겠다는 방침을 제시했다.

알파타우메디컬은 일본에서 두경부암 치료기기 '알파 다트'의 판매 승인을 받은 데 이어 미국 전립선암 시장 진출을 위해 톨마와 상업화 계약을 체결하는 등 사업을 확대하고 있어, 폴라리스AI파마가 보유한 잔여 지분의 가치 변동이 향후 실적에 계속 영향을 줄 수 있다.

시장에서는 폴라리스AI파마의 투자 전략이 이미 회수 국면에 들어선 자산(쿼드메디슨·알파타우 일부)과, 빌릭스·큐로젠 등 중장기 회수 후보 자산으로 나뉘어 있다고 보고 있으며, 추가적인 지분 회수 타이밍이 조율되고 있는 것으로 전해진다.

국산 원료의약품 자급화를 위한 마성엘에스와의 협력은 중추신경계 의약품을 중심으로 원료 개발부터 유통까지 연계하는 구조로, 정부의 필수의약품 자급화 정책 방향과 맞물려 있다.

2026년 3월 발행한 100억원 규모 전환사채(만기 2030년 3월, 전환가 9,106원)는 운영자금 조달 목적으로, 전환 청구 시 최대 109만 8,177주(발행주식 총수의 7.52%)가 신주로 발행될 수 있어 향후 지분 희석 여부를 지켜볼 필요가 있다.

그룹 차원에서는 폴라리스오피스·폴라리스AI·폴라리스세원 등 계열사와의 AI 밸류체인 구축이 병행되고 있어, 제약 분야 AI 솔루션 고도화가 중장기 사업 확장의 한 축이 될 것으로 보인다.

07

밸류에이션

PER
5.0배
PBR
0.5배
ROE
10.3%
EPS
1,075원
BPS
11,137원
주당배당금
0원

최근 몇 년간의 이익 흐름을 보면 2022년 적자에서 2023~2025년 흑자로 전환한 뒤 순이익 규모가 확대되는 추세이며, 특히 최근 네 개 분기 동안 순이익이 영업이익을 크게 웃도는 구조가 이어지고 있다.

이런 이익 개선을 반영해 주가는 순자산 대비로는 주당순자산을 밑도는 가격대에서 거래되는 편이며, 이는 시장이 최근의 순이익 확대를 아직 완전히 반영하지 않고 있거나, 투자자산 관련 이익의 지속성에 대해 신중한 시각을 가지고 있음을 시사할 수 있다.

배당은 최근 지급되지 않고 있어, 주주환원보다는 사업 재투자 및 투자자산 회수를 통한 성장에 우선순위를 두고 있는 것으로 해석된다.

다만 순이익의 상당 부분이 알파타우메디컬 등 특정 투자자산의 가치 변동·매각 손익에서 나오는 만큼, 이 같은 비영업적 요인이 배제된 본업만의 수익성 흐름과 함께 살펴볼 필요가 있다.

PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-08-23

08

강세 요인

투자자산의 현금화가 실질 이익으로 연결

쿼드메디슨 상장 이후 지분 매도, 알파타우메디컬 지분 일부 매각 등 선제적으로 투자한 바이오 벤처 자산이 실제 현금 및 손익으로 실현되고 있다.

알파타우메디컬은 일본에서 알파 다트의 판매 승인을 받고 미국 전립선암 시장 진출을 위한 톨마와의 상업화 계약도 체결해, 잔여 지분의 추가 가치 상승 가능성도 열려 있다. 이는 본업 외 수익원이 실적에 실질적으로 기여하는 구조로, 재무구조 개선에도 도움이 되고 있다.

해외 시장 다변화로 지역 집중도 완화

전통적으로 일본 시장 비중이 높았던 수출 구조에서, 러시아·사우디아라비아·멕시코 정부조달 시장과 중국 NMPA 등록을 통해 공급망을 다변화하고 있다. 특정 국가나 단일 고객에 의존하지 않는 구조를 차별점으로 내세우고 있으며, 이는 지역별 규제·수요 변동에 대한 노출을 낮추는 효과를 가질 수 있다.

그룹 차원의 AI·CDMO 기술 협력 확대

폴라리스오피스그룹 편입 이후 계열사와 함께 제약 특화 AI 솔루션 '제약 ASK-Doc'을 개발하고 있으며, 팜젠사이언스와는 AI 기반 CDMO 공정기술을 실제 파이프라인에 적용하는 협력을 시작했다. 이런 협업이 고부가가치 사업으로의 포트폴리오 확장에 기여할 여지가 있다.

09

약세 요인

매출은 3년 연속 감소, 외형 성장은 정체

매출은 2023년 642.1억원을 정점으로 2024년 596.0억원, 2025년 555.4억원까지 3년 연속 줄었다. 최근 이익 개선은 비용 효율화와 투자자산 가치 실현에 힘입은 것으로, 본업의 외형 성장이 뒤따르지 않는다면 이익 개선의 지속성에 대한 의문이 제기될 수 있다.

순이익이 투자자산 가치 변동에 크게 의존

2025년 4분기에는 영업손실을 기록했고, 2026년 1~2분기에는 영업이익 대비 순이익이 5~9배에 달할 정도로 격차가 확대됐다. 이 격차는 상당 부분 알파타우메디컬 등 특정 투자자산의 시가·처분손익에서 발생한 것으로, 해당 자산의 주가나 규제 이슈가 반전될 경우 순이익 변동성이 커질 수 있다.

전환사채 발행과 보호예수 해제 등 수급 부담

2026년 3월 발행된 100억원 규모 전환사채는 전환가 9,106원에 최대 109만여 주(발행주식 총수의 7.52%)의 신주 발행 가능성을 내포하고 있다. 아울러 최대주주 특수관계사가 보유한 제3자배정 유상증자 물량의 보호예수 해제 등도 주식 수급에 부담 요인으로 작용할 수 있다.

10

리스크 요인

정책 리스크

정부의 약가 인하 정책은 완제의약품사뿐 아니라 원료의약품 산업 전반에 체질 개선을 요구하는 구조적 변화 요인으로 지목되고 있다. 약가 정책 변화가 예상보다 강도 높게 진행될 경우 원가 경쟁력 확보 부담이 커질 수 있다.

투자자산 집중 리스크

최근 순이익 확대의 상당 부분이 나스닥 상장사 알파타우메디컬 등 소수 투자자산의 시가 변동·매각손익에 의존하고 있다. 해당 기업의 임상·규제·주가 상황이 악화될 경우 순이익 역시 큰 폭으로 흔들릴 수 있다.

재무·희석 리스크

2025년 말 부채총액이 전년 대비 크게 늘며 부채비율이 4.6%에서 44.1%로 상승했고, 2026년 3월에는 추가로 100억원 규모 전환사채를 발행했다. 전환청구권 행사나 향후 추가 자금조달이 이뤄질 경우 지분 희석 가능성이 있다.

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다음 체크포인트

  1. 2026년 11월 중순

    2026년 3분기보고서 제출(통상 분기보고서 마감 시한)을 통해 영업이익 흐름 지속 여부와 투자자산 관련 손익 재현 여부를 확인할 시점이다.

  2. 2026년 4분기 중

    알파타우메디컬의 톨마와의 미국 전립선암 상업화 계약 진행 상황과 잔여 지분 가치 변동을 점검할 필요가 있다.

  3. 2026년 하반기~2027년 초

    마성엘에스와의 국산 원료의약품 자급화 협력(중추신경계 의약품 중심)이 구체적 제품·공급 계약으로 이어지는지 후속 공시를 확인할 필요가 있다.

  4. 2026년 4분기

    2026년 3월 발행한 전환사채(전환가 9,106원, 만기 2030년 3월)의 전환청구 여부 및 잠재 희석 물량 변화를 점검할 시점이다.

  5. 2026년 하반기 중

    팜젠사이언스와의 AI 기반 CDMO 공동 연구개발이 구체적 파이프라인이나 성과로 이어지는지 관련 공시·발표를 확인할 필요가 있다.

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종합 의견

폴라리스AI파마는 원료의약품·CDMO 본업의 이익 회복과, 알파타우메디컬 등 선제적 투자자산의 가치 실현이 동시에 진행되며 2022년 적자에서 2025년까지 4년 연속 순이익이 개선되는 흐름을 보였다.

다만 매출은 2023년 이후 3년 연속 줄었고, 분기별 영업이익과 순이익 간 격차가 확대되는 구조는 이익 개선의 상당 부분이 본업 외 요인에서 비롯됐음을 보여준다.

2026년 3월 전환사채 발행과 부채비율 상승은 재무구조 측면에서 함께 살펴봐야 할 변수이며, 러시아·사우디아라비아·멕시코 등 신흥시장 진출과 팜젠사이언스·마성엘에스와의 협력은 중장기 사업 확장의 실마리가 될 수 있는 사실들이다.

알파타우메디컬의 해외 임상·상업화 진행 상황은 잔여 지분 가치와 향후 순이익 변동성에 계속 영향을 줄 수 있는 핵심 변수로 남아 있다. 투자자는 본업 실적과 투자자산 손익을 구분해 살펴보고, 향후 공시되는 분기 실적과 협력사업의 구체적 진전을 함께 확인하는 것이 유용할 것으로 보인다.

13

참고 출처

  1. 한국거래소(KRX) — 시세 · 시가총액 · 거래량
  2. 금융감독원 전자공시(DART) — 재무제표 · 배당 공시
기사·자료 18건 더 보기
  1. markets.hankyung.com
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  6. valueline.co.kr
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  9. moneyland.co.kr
  10. investing.com
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리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04

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