프로티나

프로티나는 2015년 한국과학기술원(KAIST) 교원창업으로 설립되어 단백질 간 상호작용(PPI)을 단일분자 수준에서 분석하는 SPID 플랫폼을 상용화한 바이오테크 기업이다.

SPID는 정제 없이 복잡한 시료에서도 표적 단백질을 검출할 수 있는 Pi-chip 기반 기술로, 기존 면역블롯·ELISA 방식 대비 최대 100배 높은 민감도를 확보한 것으로 소개된다.

회사의 사업은 임상 바이오마커 분석 솔루션 'PPI 패스파인더', 항체 최적화·설계 솔루션 'PPI 랜드스케이프', 기술 탑재 장비 'SPID 시스템즈' 등 세 축으로 구성된다.

그동안 매출의 중심은 패스파인더였으며, 글로벌 제약사를 포함한 다수 고객사에 기술을 제공해 2024년 전체 매출의 75%에 달하는 약 21억원을 이 부문에서 거둔 것으로 알려졌다.

경쟁구도를 보면 단백체 분석 서비스 영역에서는 메소스케일디스커버리, 퀀테릭스, 올링크, 소마로직이, 항체 개량·최적화 영역에서는 싸토리우스, 다나허가 경쟁사로 꼽힌다.

최근에는 기존 분석 서비스 중심 사업에서 자체·공동 신약개발로 사업 방향을 확장하고 있으며, 정기주주총회에서 신약개발 및 기술이전, AI 기반 신약개발 솔루션을 사업목적에 추가했다.

자체 파이프라인으로는 비만 치료를 겨냥한 장기지속형 GIPR 길항 항체 'PRT-1309'와 골관절염 치료제 후보 'PRT-101'을 보유하고 있으며, 각각 학술대회에서 전임상 데이터를 공개했다.

2026년에는 de novo 항체 설계 사업화를 위해 신설법인 ABX 바이오사이언시스에 약 34억원을 출자해 최대주주로 참여했고, 과학기술정보통신부 국책과제에서 개발 중인 AI 항체 설계 플랫폼 'AbGPT-3D'의 사업화를 이 법인이 전담한다.

이 같은 사업 재편에 따라 분석서비스·진단·공동개발·자체 파이프라인 기술이전 등으로 수익모델을 다각화하는 것이 회사의 중장기 전략이다.

2025년 연결 매출액은 29.5억원으로 2024년 23.0억원 대비 증가했으나, 영업손실은 91.2억원에서 113.7억원으로, 순손실은 57.3억원에서 90.1억원으로 각각 확대됐다.

영업이익률은 2025년 -385.2%로 전년(-396.5%) 대비 소폭 개선됐지만 여전히 매출 규모를 크게 웃도는 손실 구조가 이어지고 있다.

분기별로는 2025년 3분기 매출 5.82억원에서 4분기 3.43억원, 2026년 1분기 1.69억원까지 줄었다가 2분기 3.49억원으로 다소 회복되는 등 서비스 매출 특성상 분기별 변동성이 크게 나타난다.

영업손실 역시 2025년 3분기 29.5억원에서 4분기 44.5억원, 2026년 1분기 47.1억원까지 확대된 뒤 2분기 39.6억원으로 소폭 줄었다.

최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 지배주주 순손실 합산액은 약 120억원(11,999,933,630원)에 달해, 연간 단위로 봐도 적자 규모가 이전보다 커진 모습이다.

현금흐름 측면에서도 영업활동현금흐름이 2024년 -60.8억원에서 2025년 -80.7억원으로 유출 규모가 늘어 연구개발·인건비 지출이 매출 성장 속도를 웃돌고 있음을 보여준다.

자본총계는 2024년 157.6억원에서 2025년 283.7억원으로 늘었는데, 이는 상장 공모자금 유입 효과가 크며 부채비율은 11.9%로 낮은 수준을 유지하고 있다.

다만 상장 당시 회사가 제시했던 매출 목표와 실제 실적 간 괴리는 반복되고 있는데, 2025년 매출 목표 66억원 대비 실제 매출은 절반에도 못 미쳤고, 2026년 목표 148억원과 비교해도 상반기 매출은 목표치의 일부에 그쳤다는 보도가 나왔다. 이러한 손실 누적 속도는 향후 추가 자금조달 필요성과 연결될 수 있는 변수로 꼽힌다.

PPI 분석·바이오마커 시장은 글로벌 제약사들이 신약 후보물질의 표적 결합력을 정량화하고 임상 성공률을 높이기 위한 투자를 늘리는 분야로, 프로티나는 이 시장에서 메소스케일디스커버리, 퀀테릭스, 올링크, 소마로직 등과 경쟁한다.

항체 최적화·설계 영역에서는 싸토리우스, 다나허 등 대형 장비·서비스 기업과, AI 신약개발 영역에서는 빅햇바이오사이언스, 네뷸라 등 스타트업과 경쟁 구도를 형성하고 있다.

최근 글로벌 바이오 산업은 AI 기반 항체·단백질 설계 기술 경쟁이 심화되고 있으며, 고품질 PPI 데이터 확보가 AI 모델 학습의 핵심 자원으로 부각되고 있다.

회사는 3명의 연구자가 매주 3천~5천 개의 항체를 분석할 수 있는 처리 속도를 갖췄다고 밝혔는데, 이는 100명의 연구자가 2주간 500개를 분석하는 해외 경쟁사 대비 빠른 속도라고 설명했다.

비만 치료제 시장에서는 GLP-1 계열 약물의 한계로 지적되는 체중 재증가 억제가 새로운 경쟁축으로 떠오르고 있으며, 회사의 PRT-1309도 이 지점을 겨냥하고 있다. 국내에서는 삼성바이오에피스 등 대형 바이오시밀러·신약 기업과의 공동 국책과제 참여를 통해 AI 항체 설계 생태계에 진입하는 모습이다.

다만 이 시장은 아직 임상적 검증과 대형 기술이전 사례가 제한적인 초기 단계로, 국내외 다수 플레이어가 유사한 사업모델을 추진하고 있어 경쟁 심화가 예상된다.

회사는 상장 당시 PPI 랜드스케이프 사업 본격화를 통해 2027년 흑자전환을 목표로 제시했다. 이를 위해 신약개발 역량 강화에 무게를 두는 방향으로 사업 전략을 재정비하고 있으며, 실제로 정관에 신약개발·기술이전·AI 신약개발 솔루션 사업을 추가했다.

자체 파이프라인인 PRT-1309(GIPR 길항 항체)와 PRT-101(골관절염 치료제 후보)은 각각 미국당뇨병학회(ADA), 유럽류마티스학회(EULAR) 학술대회에서 전임상 데이터를 공개하며 외부 검증 단계를 밟고 있다.

2026년에는 de novo 항체 설계 사업화를 위해 ABX 바이오사이언시스에 최대주주로 출자했으며, 과기정통부 국책과제 성과인 AI 설계 플랫폼 AbGPT-3D의 상업화를 이 법인이 담당한다.

삼성바이오에피스·서울대와 공동 수행하는 470억원 규모 국책과제를 통해 2027년까지 AI로 설계한 항체 신약 후보 10개를 개발하고 이 중 1개는 임상 1상 IND 제출을 목표로 하고 있다.

미국 내 CLIA랩 인수를 통한 베네토클락스 동반진단 제품 출시도 2026년 목표로 제시된 계획인데, 진행 상황에 대한 구체적 공시는 아직 확인되지 않고 있다.

다만 상장 당시 제시했던 매출 목표(2025년 66억원, 2026년 148억원)는 실제 실적과 상당한 괴리를 보이고 있어, 신약개발 피벗의 성과가 가시화되는 시점과 속도가 향후 실적 전망의 핵심 변수가 될 것으로 보인다.