코스닥바이오·제약456070

이엔셀

6,040원▼ 0.98%2026-10-02 장마감
시가총액
662억원
거래대금
4억원
거래량
6만주
상장주식수
1,103만주
PER
—
PBR
2.2배
EPS
-1,789원
배당수익률
0.00%

PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 0원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감

01

리포트 개요

적자 지속 속 AAV·일본사업 승부수

이엔셀은 3년 연속 매출 감소와 순손실 확대 속에서 AAV 벡터 CDMO, 일본 재생의료, EN001 신약 임상 등 신규 성장축으로 반전을 모색하고 있다.

  1. 1

    2025년 매출 52.59억원으로 3년 연속 감소, 영업손실은 179.03억원으로 확대

  2. 2

    2026년 1~2분기 매출이 각각 3.09억원, 8.68억원으로 분기 기준 최저 수준까지 축소

  3. 3

    같은 기간 순손실은 오히려 -52.6억원, -72.3억원으로 확대되며 영업손실보다 빠르게 늘었다

  4. 4

    2025년 12월 225억원 규모 전환사채 발행으로 부채비율이 15.7%에서 61.7%로 상승

  5. 5

    AAV CDMO·일본 재생의료·EN001 임상2a 등 다수의 신규 성장 트리거가 2026년 하반기~2027년 순차적으로 확인될 예정

02

사업 구조

이엔셀은 2018년 삼성서울병원 장종욱 교수가 교원 겸직으로 창업한 세포·유전자치료제(CGT) 전문기업으로, 2024년 8월 코스닥에 상장했다. 사업은 위탁개발생산(CDMO)과 자체 신약 개발 두 축으로 구성되며, 현재 매출은 CDMO 서비스에서 전부 발생하고 있다.

회사는 삼성서울병원 내 GMP 제1공장과 경기 하남의 GMP 제2·3공장, CGT R&D센터로 이어지는 생산·연구 인프라를 갖추고 있다. 국내에서 세포와 바이러스 벡터를 동시에 생산할 수 있는 유일한 GMP 시설을 통해 원스톱 서비스를 제공한다고 회사는 설명한다.

고객사로는 노바티스, 얀센 등 글로벌 대형 제약사를 포함해 20개 고객사·40개 프로젝트 수행 레퍼런스를 보유하고 있으며, 국내 CGT CDMO 분야에서 매출·점유율 기준 1위 지위를 표방하고 있다. 최근에는 아데노연관바이러스(AAV) 벡터 CDMO를 차세대 성장축으로 지목해 별도 영업조직을 신설했다.

자체 파이프라인의 핵심은 동종 탯줄(제대혈) 유래 중간엽줄기세포치료제 EN001로, 희귀 유전질환인 샤르코-마리-투스병(CMT) 1A형을 선도 적응증으로 삼아 근감소증, 듀센근이영양증 등으로 적응증을 확장하고 있다.

2026년 1월부로 신약 R&BD 본부, 첨단재생바이오 사업본부, CDMO 사업본부, 항노화 사업본부의 4대 본부 체제로 조직을 재편했으며, 삼성서울병원과의 고형암 TIL 치료제 생산 협력, 일본 재생의료 시장 진출, 줄기세포 기반 항노화 사업 등으로 영역을 확장하고 있다.

03

실적 추이

분기 매출 · 영업이익
매출액영업이익
연간 매출 · 영업이익
매출액영업이익
분기 실적 · 최근 5분기
분기매출액영업이익영업이익률
2025Q212억-45억−379.9%
2025Q315억-37억−240.8%
2025Q414억-49억−342.7%
2026Q13억-49억−1576.4%
2026Q29억-47억−539.0%
연간 실적
연도매출액영업이익지배주주 순이익영업이익률ROE부채비율
2023105억-118억-51억−111.7%−13.3%15.7%
202472억-157억-152억−217.5%−31.6%15.7%
202553억-179억-161억−340.4%−40.9%61.7%

연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-09-04

04

실적 분석

연결 기준 매출액은 2023년 105.26억원에서 2024년 72.09억원, 2025년 52.59억원으로 3년 연속 감소했다. 영업손실은 같은 기간 117.55억원→156.83억원→179.03억원으로 확대되며 2025년 영업손실률은 -340.4%까지 심화됐다.

분기별로는 2025년 2분기 매출 11.78억원, 3분기 15.46억원으로 소폭 회복했으나 4분기 14.42억원, 2026년 1분기에는 3.09억원까지 급감했고 2분기에는 8.68억원으로 일부 반등했다.

반면 지배주주 순손실은 2025년 2~4분기 -43.3억~-49.3억원 수준에서 2026년 1분기 -52.6억원, 2분기 -72.3억원으로 오히려 확대됐는데, 영업손실 자체가 같은 기간 -44.7억~-49.4억원대로 비교적 완만하게 움직인 점을 고려하면 최근 두 분기 순손실 확대는 영업 외 비용(전환사채 관련 파생상품 평가손실 등 금융비용) 영향이 컸을 가능성을 시사한다.

이러한 실적 부진의 배경에는 고객사들의 신약 임상시험 일정 지연이 지목되는데, 업계에서는 최근 1~2년간 지속된 바이오업계 투자심리 위축으로 CDMO 프로젝트의 매출 인식 시점이 늦춰졌다는 분석이 나온다.

매출 감소와 동시에 EN001 파이프라인 진척에 따른 연구개발비 증가도 손익에 부담을 준 것으로 분석된다. 재무 안정성 측면에서는 부채비율이 2023~2024년 15.7%에서 2025년 61.7%로 급등했는데, 이는 2025년 12월 발행한 225억원 규모 전환사채 등 외부자금 조달의 영향으로 해석된다.

자기자본은 2023년 380.16억원에서 2024년 481.68억원으로 늘었다가 누적 손실로 2025년 394.04억원으로 줄었으며, 영업활동현금흐름은 2023~2025년 3년 연속 마이너스(-64.4억→-101.0억→-102.0억원)를 기록해 영업에서 현금이 지속적으로 소진되고 있다.

05

산업 분석

글로벌 CGT(세포·유전자치료제) 시장은 2021년 약 74억 7000만 달러(9조 7600억원) 규모에서 2026년 약 555억 달러(72조 5300억원)까지 확대될 것으로 전망되며 연평균 성장률은 49.1%에 달하는 것으로 추정된다.

벡터 CDMO를 포함한 글로벌 CGT CDMO 시장은 2030년 약 300억 달러(약 40조원) 규모로 성장할 것으로 전망되며, 특히 아시아태평양 지역이 연평균 약 29%로 가장 빠르게 성장할 것으로 예상된다.

다만 국내 CGT CDMO 기업들은 시장 초기 단계 특성과 고객사 펀딩·임상 지연 여파로 좀처럼 수익화에 속도를 내지 못하고 있는 상황이다.

경쟁구도를 보면 이엔셀 외에 지씨셀(GC셀), 차바이오텍, 강스템바이오텍 등이 주요 CGT CDMO 사업자로 꼽히는데, 지씨셀의 CDMO 매출은 2022년 77억원에서 2024년 51억원으로 감소하는 추세를 보였고, 차바이오텍의 미국 자회사 마티카바이오테크놀로지는 지난해 100억원 규모 수주에서 올해 200억원 이상으로 확대될 것으로 회사 측이 기대하고 있다.

일본은 재생의료 전용 규제체계를 갖춘 주요 시장으로, 재생의료·세포의료·유전자치료 시장 규모가 2025년 약 3819억엔(약 3조 5200억원)에서 2030년 약 8505억엔(약 7조 8400억원)으로 확대될 전망이어서 신규 진출 기업들에게 기회 요인으로 거론된다.

이러한 환경에서 이엔셀은 국내 1위 CDMO 트랙레코드에 더해 AAV 벡터 및 일본 재생의료라는 신규 축을 통해 성장 잠재력이 큰 시장의 초기 국면에서 입지를 다지려 하고 있다.

06

전망

회사는 2026년 1월 조직을 신약 R&BD, 첨단재생바이오, CDMO, 항노화 4대 본부로 재편하며 CDMO 전문기업에서 신약 개발사로의 전환을 공식화했다.

AAV 부문에서는 한국생명공학연구원으로부터 수주한 57억원 규모의 '맞춤형 AAV 유전자치료제 임상생산 플랫폼 구축 사업'이 2029년까지 이어지는 중기 프로젝트로 매출에 순차 반영될 예정이며, 수주잔고도 2024년 말 40억원에서 2025년 3분기 말 91억원으로 늘어난 것으로 보도됐다.

회사 측은 하반기 CDMO 계약 확대를 위해 다수 기업과 논의 중이라고 밝힌 바 있다. 2026년 6월에는 미국 CGT CDMO 기업 안델린 바이오사이언스와 북미·아시아 시장을 연계한 공동영업 파트너십을 발표해 글로벌 수주 채널 확대를 모색하고 있다.

일본에서는 2026년 5월 후생노동성으로부터 하남 GMP 제2공장에 대한 특정세포가공물 제조시설 인증을 획득했으며, 이를 기반으로 2026년 3분기부터 국내 제조 세포를 일본으로 공급하는 크로스보더 재생의료 사업을 본격화할 계획이다.

신약 파이프라인에서는 EN001이 2026년 2월 미국 FDA로부터 CMT 환자 대상 희귀의약품으로 지정됐고, 3월 임상 1b상을 완료한 뒤 5월 임상 2a상 첫 환자 투여를 시작했으며, 4월 중국 상하이 ChinaBIO와 7월 미국 BIO USA 등 글로벌 파트너링 행사에서 기술이전 논의를 이어가고 있다.

외부 리서치 기관인 그로쓰리서치는 AAV 프로젝트 매출 인식과 일본 재생의료 매출 기여를 근거로 2026년 매출이 80억원 수준까지 회복될 수 있다는 전망을 제시했는데, 이는 회사의 공식 가이던스가 아닌 외부 분석 기관의 추정치다.

07

밸류에이션

PER
—
PBR
2.2배
ROE
-57.7%
EPS
-1,789원
BPS
2,563원
주당배당금
0원

이엔셀은 최근 네 개 분기까지도 순손실이 이어지는 구조여서 주가수익비율(PER)은 산출되지 않는 구간에 있으며, 이 경우 시장은 주가매출비율이나 주가순자산비율 등 다른 잣대로 가치를 평가하는 경향이 있다.

주가순자산비율 관점에서는 주가가 순자산가치를 상회하는 수준에서 형성돼 있어 순자산 대비 일정한 프리미엄이 존재하는 구간으로 볼 수 있으며, 향후 실적 개선이 이 프리미엄을 뒷받침할 수 있는지가 관전 포인트로 꼽힌다. 회사는 현재 배당을 지급하지 않고 있어 배당수익률 기준의 비교는 의미가 크지 않다.

다년 실적을 보면 매출은 감소세를, 손실은 확대되는 방향으로 움직여 왔으며 CDMO 수주 회복과 신규 사업 매출화 여부가 향후 손익 방향을 가를 변수로 지목된다. 상장 이후 유동주식 규모가 크지 않은 소형 바이오주 특성상 주가 변동성이 상대적으로 클 수 있다는 점도 함께 고려할 필요가 있다.

PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-09-04

08

강세 요인

AAV·글로벌 파트너십 확대

이엔셀은 한국생명공학연구원의 57억원 규모 AAV 임상생산 플랫폼 구축 사업을 2029년까지 순차적으로 매출화할 예정이며, 수주잔고도 늘어나는 추세로 보도됐다.

2026년 6월에는 미국 CGT CDMO 기업 안델린 바이오사이언스와 북미·아시아 연계 공동영업 파트너십을 발표해 해외 고객 발굴 채널을 넓혔다. 회사는 하반기 추가 CDMO 계약 논의가 진행 중이라고 밝혀 수주 모멘텀이 이어질 가능성이 있다.

EN001 임상 진전과 희귀의약품 지정

EN001은 2026년 2월 미국 FDA로부터 CMT 환자 대상 희귀의약품 지정을 받았고, 3월 임상 1b상을 마친 뒤 5월 임상 2a상 첫 환자 투여를 시작했다. 회사는 CMT에서 확인한 기전을 근감소증 등 대중적 적응증으로 확장하는 전략을 취하고 있다.

ChinaBIO, BIO USA 등 글로벌 파트너링 행사에서 기술이전 논의가 이어지고 있어 임상 데이터 확보 시 사업화 옵션이 넓어질 수 있다.

일본 재생의료·항노화 신사업 축

이엔셀은 2026년 5월 일본 후생노동성으로부터 하남 GMP 제2공장에 대한 특정세포가공물 제조시설 인증을 획득해 크로스보더 재생의료 사업의 규제 기반을 확보했다.

이를 바탕으로 3분기부터 일본에 국내 제조 세포를 공급하는 사업을 본격화할 계획이며, 일본 재생의료 시장은 2030년까지 확대될 것으로 전망된다.

아울러 EN001 개발 과정에서 확보한 항노화 IP를 활용한 마스크팩 등 로열티 기반 에스테틱 사업도 병행 추진 중이어서 CDMO 외 매출원 다변화가 진행되고 있다.

09

약세 요인

3년 연속 매출 감소와 극도로 낮은 최근 분기 매출

연결 매출액은 2023년 105.26억원에서 2025년 52.59억원으로 3년 연속 감소했고, 2026년 1분기에는 3.09억원까지 떨어져 상장 이후 가장 낮은 분기 매출을 기록했다. 2분기에도 8.68억원으로 완만하게 회복했을 뿐 2025년 상반기 수준(11억원대 이상)을 밑돈다.

업계에서는 고객사들의 임상 지연이 매출 인식 지연으로 이어지고 있다고 분석하고 있어, CDMO 수주가 실제 매출로 전환되는 시점이 불확실하다.

순손실 확대와 비용 부담

지배주주 순손실은 2025년 하반기 분기당 -35억~-49억원 수준에서 2026년 1분기 -52.6억원, 2분기 -72.3억원으로 확대됐다.

같은 기간 영업손실은 -44억~-49억원대로 비교적 완만하게 움직였다는 점에서 순손실 확대는 영업외 비용(예: 전환사채 관련 파생상품평가손실 등 금융비용) 영향이 컸을 가능성이 있다. 부채비율도 2024년 15.7%에서 2025년 61.7%로 급등해 외부자금 조달 의존도가 커진 모습이다.

업종 전반의 수익화 지연

국내 CGT CDMO 기업들은 시장 성장 잠재력에도 불구하고 좀처럼 수익화 속도를 내지 못하고 있다는 것이 업계 공통의 지적이다. 경쟁사인 지씨셀의 CDMO 매출도 2022년 77억원에서 2024년 51억원으로 감소하는 추세를 보였다.

반면 차바이오텍의 마티카바이오는 미국 시장을 중심으로 계약 확대에 성공하고 있어, 이엔셀이 글로벌 수주 경쟁에서 상대적으로 뒤처질 가능성도 배제할 수 없다.

10

리스크 요인

유동성·희석 리스크

2025년 12월 발행된 225억원 규모 전환사채는 전환가액 14,295원, 전환 시 발행주식 총수의 12.62%에 해당하는 물량을 잠재적으로 늘릴 수 있다.

사채권자는 발행일로부터 12개월이 되는 2026년 12월 30일부터 조기상환을 청구할 수 있어, 해당 시점 전후 회사의 현금 대응력이 관전 포인트다. 지속되는 영업손실과 마이너스 영업현금흐름을 고려하면 추가적인 외부자금 조달 필요성도 배제할 수 없다.

고객사 임상·매출 인식 지연 리스크

이엔셀의 매출은 전액 CDMO에서 발생하는 만큼 고객사의 신약 임상시험 일정에 실적이 크게 좌우된다. 최근 1~2년간 이어진 바이오업계 투자심리 위축이 고객사 임상 지연으로 이어져 CDMO 매출 인식 시점이 늦춰진 사례가 반복됐다. 수주잔고가 늘고 있다는 보도가 있지만, 실제 매출로 전환되는 시점과 속도는 여전히 고객사 사정에 좌우된다.

신약 임상 성패 리스크

EN001은 임상 2a상에서 위약군, 저용량군, 고용량군을 비교하는 시험으로 24주 시점의 신경병 척도 변화를 확인해야 하며, 1상에서 확인된 안전성·유효성 신호가 위약 대조 환경에서도 재현되는지가 관건이다.

결과가 기대에 미치지 못할 경우 기술이전 협상이나 조건부 품목허가 추진 일정에 영향을 줄 수 있다. 신약 개발은 임상 단계별로 실패 가능성이 상존하는 분야인 만큼 일정·결과의 불확실성이 상시 존재한다.

11

다음 체크포인트

  1. 2026년 11월경(예상)

    2026년 3분기 실적 공시를 통해 매출 회복 여부와 AAV·일본 사업 매출 기여 규모를 확인할 필요가 있다.

  2. 2026년 3~4분기

    회사가 계획한 일본 크로스보더 재생의료 사업의 첫 매출 실현 여부와 초기 규모를 점검할 시점이다.

  3. 2026년 12월 30일

    225억원 전환사채의 최초 조기상환청구 가능일로, 사채권자의 상환 청구 여부와 회사의 현금 대응 방식을 확인해야 한다.

  4. 2026년 하반기

    회사가 언급한 추가 AAV·CDMO 계약 체결 여부를 통해 수주 모멘텀의 지속성을 판단할 수 있다.

  5. 2027년(예상)

    EN001 임상 2a상의 진행 상황과 데이터 발표 일정을 지속적으로 확인해야 한다.

12

종합 의견

이엔셀은 국내 CGT CDMO 분야의 트랙레코드를 보유한 기업이지만, 2023~2025년 매출이 3년 연속 감소하고 영업손실과 순손실이 확대되는 국면에 있다. 2026년 상반기에는 분기 매출이 사상 최저 수준까지 떨어졌고, 순손실은 영업손실보다 더 빠르게 커지며 재무 부담이 가중되고 있다.

이런 가운데 회사는 AAV 벡터 CDMO, 일본 재생의료 크로스보더 사업, 항노화 에스테틱, EN001 신약 개발 등 여러 신규 성장축을 동시에 추진하며 조직을 4대 사업본부로 재편했다.

한국생명공학연구원 프로젝트, 안델린 바이오사이언스와의 글로벌 파트너십, 일본 후생노동성 인증 등은 사업 확장의 구체적 근거로 확인되지만, 이들이 실제 매출과 이익으로 연결되는 시점과 규모는 아직 불확실하다.

225억원 전환사채 발행에 따른 부채비율 상승과 조기상환 청구 가능 시점, EN001 임상 2a상의 결과 등은 향후 실적과 재무구조의 방향을 좌우할 핵심 변수로 남아 있다.

투자자들은 다가오는 분기 실적과 신규 사업의 매출화 속도를 통해 회사의 턴어라운드 스토리가 실적으로 뒷받침되는지 지속적으로 확인할 필요가 있다.

13

참고 출처

  1. 한국거래소(KRX) — 시세 · 시가총액 · 거래량
  2. 금융감독원 전자공시(DART) — 재무제표 · 배당 공시
기사·자료 18건 더 보기
  1. comp.fnguide.com
  2. alphasquare.co.kr
  3. m.thinkpool.com
  4. butler.works
  5. m.thinkpool.com
  6. m.thinkpool.com
  7. encellinc.com
  8. markets.hankyung.com
  9. thebionews.net
  10. biotimes.co.kr
  11. hankyung.com
  12. encellinc.com
  13. mdtoday.co.kr
  14. thebionews.net
  15. m.dailypharm.com
  16. news.chabio.com
  17. hankyung.com
  18. sedaily.com

리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04

본 콘텐츠는 AI가 시장 데이터와 웹 검색 결과를 분석한 정보 제공용이며, 투자 권유나 추천이 아닙니다. 투자 판단과 그 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 데이터는 지연되거나 오류가 포함될 수 있습니다.