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싸이토젠

3,245원▲ 0.62%2026-10-02 장마감
시가총액
742억원
거래대금
3억원
거래량
10만주
상장주식수
2,313만주
PER
—
PBR
2.1배
EPS
-457원
배당수익률
0.00%

PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 0원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감

01

리포트 개요

매출 고성장 속 적자축소 진행형

싸이토젠은 자회사 지놈케어 인수 효과로 매출이 가파르게 늘고 손실 규모도 줄고 있으나, 4개 사업연도 연속 순손실이 이어지고 있다.

  1. 1

    2025년 연결 매출은 260억원으로 전년(109억원) 대비 크게 늘었으나 영업손실·순손실은 지속됐다.

  2. 2

    2024년 인수한 산전·산후 유전자검사 자회사 지놈케어가 연결 매출 확대의 핵심 축으로 부상했다.

  3. 3

    2026년 들어 1분기·2분기 모두 전년 동기 대비 영업손실이 줄어드는 흐름이 이어졌다.

  4. 4

    창업주 각자대표가 해임되며 단독대표 체제로 전환, 최대주주 측 경영 주도권이 강화됐다.

  5. 5

    운영자금 조달을 위한 전환사채 발행이 이어지고 있어 향후 주식 희석 가능성이 존재한다.

02

사업 구조

싸이토젠은 2013년 설립된 CTC(순환종양세포) 기반 액체생검 플랫폼 기술을 보유한 정밀의료 전문기업이다. 살아있는 CTC를 손상 없이 분리하는 독자 기술을 바탕으로 암 진단과 항암 신약개발 지원 서비스를 제공하며, 진단을 넘어 신약개발 전 과정에 적용되는 플랫폼 사업모델을 확대하고 있다.

전립선암·췌장암·유방암 등 주요 암종에서 CTC 기반 신규 바이오마커를 발굴 중이며, 이 데이터는 향후 동반진단 전략과 임상시험계획 승인 신청 자료로 활용될 수 있다.

2024년에는 산전·산후 진단 전문기업 지놈케어 지분 99.89%를 인수해 사업을 다각화했으며, 제약사 대상 신약개발 지원 서비스와 함께 의료기기 유통, 건강기능식품 판매 사업도 영위하고 있다.

지놈케어는 비침습 산전검사(PGT) 등 유전자 검사 서비스를 주력으로 하며, 조달청 공공사업 수주를 통해 공공시장에도 진입했다.

해외 거점으로는 미국 법인(CLIA 랩 엑스퍼톡스)과 일본 법인(도쿄)을 설립해 글로벌 시장 진출을 본격화하고 있으며, 일본 국립암센터와의 CTC 플랫폼 공동 연구, 일본 대형 바이오기업과의 협력 등을 통해 시장 입지를 강화하고 있다.

국내에는 유사한 정밀진단·액체생검 기술기업들이 다수 존재해 경쟁 구도가 형성되어 있다. 사업 구조상 본업인 CTC 진단·신약개발 지원 부문과 신사업인 지놈케어 유전자검사 부문이 양대 축을 이루고 있다.

03

실적 추이

분기 매출 · 영업이익
매출액영업이익
연간 매출 · 영업이익
매출액영업이익
분기 실적 · 최근 5분기
분기매출액영업이익영업이익률
2025Q263억-19억−30.7%
2025Q376억-13억−17.2%
2025Q465억-26억−39.1%
2026Q164억-15억−23.1%
2026Q268억-12억−17.8%
연간 실적
연도매출액영업이익지배주주 순이익영업이익률ROE부채비율
20228억-115억-188억−1511.3%−331.9%628.8%
202332억-118억-158억−370.3%−29.6%39.5%
2024109억-107억-171억−97.8%−35.2%48.1%
2025261억-82억-123억−31.3%−34.7%72.9%

연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-08-23

04

실적 분석

2025년 연결 매출액은 260억 5,485만원으로 2024년 109억 1,064만원 대비 크게 늘었으며, 2023년 31억 8,436만원, 2022년 7억 6,078만원과 비교하면 최근 2년간 매출 규모가 뚜렷하게 확대됐다.

영업손실은 2022년 114억 9,746만원, 2023년 117억 9,161만원, 2024년 106억 6,560만원에서 2025년 81억 6,332만원으로 축소됐고, 영업이익률도 2022년 -1,511.3%, 2023년 -370.3%, 2024년 -97.8%에서 2025년 -31.3%로 매출 성장에 힘입어 개선되는 흐름을 보였다.

지배주주 순손실 역시 2022년 187억 7,123만원, 2023년 157억 6,950만원, 2024년 171억 1,699만원에서 2025년 123억 4,288만원으로 줄었다.

분기별로 보면 2025년 2분기 매출 62억 8,613만원·영업손실 19억 2,811만원, 3분기 매출 76억 2,682만원(연중 최대)·영업손실 13억 1,160만원, 4분기 매출 65억 4,841만원·영업손실 25억 5,769만원으로 나타났다.

다만 2025년 4분기 지배주주 순손실은 54억 5,686만원으로 영업손실 대비 확대폭이 두드러져, 비영업 부문에서 추가적인 손익 변동 요인이 있었던 것으로 보인다.

2026년 들어서는 1분기 매출 63억 7,523만원·영업손실 14억 6,964만원·순손실 12억 7,219만원, 2분기 매출 68억 3,398만원·영업손실 12억 1,636만원·순손실 21억 9,725만원을 기록해, 매출은 완만한 증가세를 이어가는 가운데 영업손실은 전년 동기 대비 축소되는 모습을 보였다.

최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 합산으로는 매출이 273억원 안팎, 지배주주 순손실은 105억원 수준으로 집계된다. 회사 측은 실적 개선의 배경으로 자회사 지놈케어의 인수합병 효과와 해외 매출 가시화, 판관비 절감을 포함한 효율 경영을 꼽고 있다.

05

산업 분석

액체생검은 조직생검 대비 정확도와 편의성을 앞세워 암 진단·모니터링 시장에서 주목받는 차세대 정밀의료 기술로 꼽힌다.

대다수 액체생검 기업이 파괴된 암세포에서 유래한 유전자 정보(ctDNA)를 활용하는 것과 달리, 싸이토젠은 혈액 속 순환종양세포(CTC)를 살아있는 상태로 분리하는 방식을 차별점으로 내세우고 있다.

일본 법인은 국립암센터와의 CTC 플랫폼 기반 공동 연구를 통해 현지 시장 입지를 강화하고 있으며, 이는 진단을 넘어 신약개발 지원까지 이어지는 통합 플랫폼 전략의 일환이다.

회사는 전립선암·췌장암·유방암 등 10대 주요 암종에서 CTC 기반 신규 바이오마커를 발굴 중이며, 향후 임상 단계에서 환자군 선별과 약물 반응 예측을 위한 동반진단 전략으로 연계할 계획이다.

국내에는 유사한 정밀진단·유전자검사 기술기업들이 존재해 경쟁이 이어지고 있으며, 신사업인 지놈케어의 비침습 산전검사(PGT) 부문 역시 국내 유전자검사 시장 내 경쟁 구도에 놓여 있다.

회사의 매출 규모는 아직 절대적으로 크지 않아, 산업 내 위치는 빠른 외형 성장과 병행되는 손익 개선 여부에 따라 재평가될 수 있는 구간에 있다.

06

전망

회사는 CTC 기반 신약개발 통합 솔루션 사업을 본격화하며, 이번 협력 사례를 토대로 향후 국내외 제약사들과 유사한 협력 모델을 확대해 실적 성장을 이어갈 계획이라고 밝혔다.

지놈케어는 조달청 공공사업 수주를 통해 공공시장에 진입하는 등 시장 점유율 확대에 속도를 내고 있으며, 이 같은 채널 다변화가 향후 매출 안정성에 기여할 수 있는 요소로 꼽힌다.

일본에서는 국립암센터 및 현지 바이오기업과의 협력을 기반으로 CTC 분석서비스 확대를 추진하고 있고, 미국에서는 CLIA 랩을 통한 유통망 확보가 진행되고 있어 해외 매출 가시화 여부가 향후 실적의 관전 포인트로 남아있다.

회사는 2026년 1분기 실적 발표 시 성공적인 M&A 시너지와 해외 매출 가시화를 통해 실적 턴어라운드의 발판을 마련했다고 언급했다. 다만 이러한 성장 전략은 지속적인 자금 조달을 동반하고 있어, 향후 전환사채의 전환 여부와 신규 자금조달 계획이 사업 확장 속도에 영향을 줄 수 있다.

경영 측면에서는 단독대표 체제로 전환된 이후 신사업(지놈케어) 중심의 의사결정 구조가 강화된 것으로 보이며, 이는 사업 다각화 전략의 실행 속도에 영향을 줄 수 있는 변수다.

07

밸류에이션

PER
—
PBR
2.1배
ROE
-27.7%
EPS
-457원
BPS
1,443원
주당배당금
0원

싸이토젠은 4개 사업연도 연속 순손실을 기록하고 있어 순이익 기준의 전통적인 밸류에이션 지표를 적용하기 어려운 구간에 있다. 주가는 주당순자산 대비 프리미엄이 반영된 수준에서 거래되는 편이며, 이는 매출 성장과 손익 개선 기대가 일부 반영된 결과로 해석될 수 있다.

배당을 실시하지 않고 있어 배당 관점의 비교는 현재로서는 의미가 제한적이다. 다년간의 실적 흐름을 보면 매출 확대와 함께 영업손실·순손실이 점차 줄어드는 방향으로 움직이고 있으나, 여전히 적자 구간을 벗어나지는 못한 상태다.

전환사채 발행이 이어지고 있는 만큼, 향후 전환권 행사 여부에 따라 주당 지표의 희석 가능성도 함께 고려할 필요가 있다.

PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-08-23

08

강세 요인

지놈케어 M&A 효과로 매출 규모 확대

2024년 인수한 지놈케어의 매출과 손익이 연결 실적에 본격 반영되며 2025년 매출이 전년 대비 크게 늘었다. 지놈케어는 비침습 산전검사 등 유전자검사 서비스와 조달청 공공사업 수주로 안정적인 매출 기반을 확보하고 있다.

매출 확대와 함께 영업이익률도 개선되는 흐름이 나타나고 있어, 고정비 분산 효과가 손익 구조에 긍정적으로 작용하고 있는 것으로 보인다.

해외 거점 확대와 글로벌 협력 진전

일본 법인은 국립암센터와의 CTC 플랫폼 공동 연구를 통해 현지 시장 입지를 다지고 있으며, 미국에서는 CLIA 랩을 통한 유통망 확보가 진행되고 있다. 회사는 이 같은 해외 매출 가시화가 2026년 1분기 실적 개선의 배경 중 하나라고 설명했다.

진단을 넘어 신약개발 지원까지 아우르는 통합 플랫폼 전략이 해외 제약사와의 추가 협력으로 이어질 가능성이 있다.

영업손실 축소 흐름 지속

2025년 영업손실은 81억원대로 2022~2024년보다 줄었고, 2026년 1분기와 2분기 모두 전년 동기 대비 영업손실이 축소됐다. 매출 성장 속도가 비용 증가 속도를 앞서는 구간에 진입하고 있다는 신호로 해석될 수 있다. 이 흐름이 이어질 경우 향후 손익 분기점 도달 가능성에 대한 근거가 될 수 있다.

09

약세 요인

4개년 연속 순손실 지속

2022년부터 2025년까지 매년 순손실을 기록했으며, 2025년에도 지배주주 순손실이 123억원을 넘었다. 매출 성장과 영업손실 축소에도 불구하고 아직 이익 전환에는 이르지 못한 상태다. 2025년 4분기에는 영업손실보다 순손실이 더 크게 확대돼 비영업 부문의 변동성도 함께 관리해야 하는 상황이다.

경영권 구도 변화와 창업주 지분 축소

공동 경영 체제였던 창업주 전병희 각자대표가 이사회 결의로 해임되며 단독대표 체제로 전환됐다. 전 대표는 차입금 상환과 유동성 확보를 위해 보통주 120만주를 시간외거래로 매도하기로 결정해, 지분율이 14.46%에서 9.28%로 낮아지는 상황에 있다. 최대주주인 캔디엑스홀딩스 측의 경영 주도권이 강화되는 가운데, 창업주의 실질적 영향력은 축소되는 흐름이다.

전환사채 지속 발행에 따른 희석 우려

회사는 운영자금 조달을 위해 2026년 5월 52억원 규모의 7회차 전환사채를 발행했으며, 전환가액은 5,445원으로 결정됐다. 전환에 따라 발행될 주식은 기존 주식총수 대비 3.97%에 해당해 향후 지분 희석 요인으로 작용할 수 있다.

앞서 발행된 6회차 전환사채 일부를 만기 전 취득했지만, 신규 사채 발행이 이어지고 있어 자금조달 구조에 대한 지속적인 확인이 필요하다.

10

리스크 요인

자금조달 의존 리스크

회사는 지속적인 손실 속에서 전환사채 발행을 통해 운영자금을 조달해왔다. 과거에는 세전손실이 자기자본 대비 일정 비율을 초과할 경우 관리종목 지정 위험에 직면한 바 있어, 향후에도 손실 규모와 자본 확충 여부에 대한 점검이 필요하다. 신규 자금조달이 지연되거나 조건이 악화될 경우 사업 확장 속도에 영향을 줄 수 있다.

경영권·지배구조 리스크

창업주의 대표이사직 해임과 지분 매도가 진행되는 가운데 최대주주 측 중심의 단독경영 체제로 전환됐다. 이 과정에서 남은 창업주 측 이사진은 소수에 불과해 견제 기능이 약화될 가능성이 있다. 경영권 관련 불확실성이 완전히 해소됐는지는 향후 지분 변동과 이사회 구성 변화를 통해 계속 확인할 필요가 있다.

신사업 의존도 및 경쟁 리스크

연결 매출 성장의 상당 부분이 신사업인 지놈케어에 기인하고 있어, 해당 사업의 성장세가 둔화될 경우 전사 실적에 미치는 영향이 클 수 있다.

국내외에 유사한 정밀진단·유전자검사 기술기업들이 존재해 경쟁이 지속되고 있으며, 본업인 CTC 기반 액체생검 사업의 매출 기여도가 상대적으로 낮아진 점도 사업 구조상 점검이 필요한 부분이다.

11

다음 체크포인트

  1. 2026년 11월 중

    2026년 3분기(7~9월) 실적 공시 시점에 지놈케어 성장세와 영업손실 축소 흐름이 이어지는지 확인할 필요가 있다.

  2. 2027년 3월 무렵

    2026년 사업연도 사업보고서 공시 시점에 법인세비용차감전손실 대비 자기자본 비율 등 관리종목 지정 관련 재무 요건을 재확인할 필요가 있다.

  3. 2027년 5월 26일부터

    7회차 전환사채의 전환청구권 행사가 개시되는 시점으로, 전환 물량 출회와 지분 희석 여부를 점검할 필요가 있다.

  4. 지속적으로 확인 필요

    창업주 전병희 사내이사의 잔여 지분(약 9%대) 매도 진행 상황과 이사회 구성 변화 등 경영권 구도 변화를 계속 확인할 필요가 있다.

12

종합 의견

싸이토젠은 2024년 지놈케어 인수를 계기로 매출 규모가 빠르게 확대되고 있으며, 2025년 매출은 전년 대비 크게 늘고 영업손실·순손실도 다년간 축소되는 흐름을 보였다. 2026년 상반기에도 영업손실이 전년 동기 대비 줄어드는 추세가 이어졌으나, 회사는 여전히 순손실 상태에서 벗어나지 못했다.

사업적으로는 CTC 기반 액체생검이라는 본업과 지놈케어의 유전자검사 신사업이 두 축을 이루며, 일본·미국을 중심으로 해외 진출도 진행되고 있다.

다만 지속적인 전환사채 발행에 따른 희석 가능성, 창업주 해임과 지분 매도로 이어진 경영권 구도 변화, 신사업 의존도 확대에 따른 리스크는 함께 살펴볼 부분이다.

앞으로의 관전 포인트는 매출 성장과 손익 개선의 동반 지속 여부, 해외 매출의 실질적 가시화 정도, 그리고 자금조달 구조와 지배구조 변화의 안정화 여부다. 본 리포트는 투자 의견이나 매수·매도 추천을 포함하지 않으며, 정보 제공 목적으로 작성됐다.

13

참고 출처

  1. 한국거래소(KRX) — 시세 · 시가총액 · 거래량
  2. 금융감독원 전자공시(DART) — 재무제표 · 배당 공시
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  1. m.thinkpool.com
  2. judal.co.kr
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  5. markets.hankyung.com
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  10. topdaily.kr
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  18. kind.krx.co.kr

리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04

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