PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 0원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감
매출은 늘었지만 적자는 오히려 커진 가운데, 미국 저촉심사와 유럽·미국 특허소송의 결과가 툴젠의 장기 가치를 가를 핵심 변수로 부상하고 있다.
ZFN·TALEN·CRISPR/Cas9을 모두 자체 개발해 388건의 특허를 보유한 세계 유일 기업으로, 기술 라이선싱이 핵심 매출원이다.
2025년 매출은 13억원으로 전년 대비 늘었지만 영업손실은 233억원으로 확대되고, 4분기 순손실이 225억원까지 급증했다.
브로드연구소가 CVC그룹과의 저촉심사에서 승리하며 2026년 7월 툴젠-브로드 간 우선권 단계(Priority Phase) 심리가 본격화됐다.
버텍스의 '카스게비' 생산·판매망을 겨냥해 미국·영국·네덜란드에서 특허침해 소송을 확대했고, 유럽에서는 식물 특허 방어에도 성공했다.
종자사업은 가뭄·제초제 내성 작물 중심으로 재편했고, 2026년 5월에는 700억원 규모 유상증자를 결정해 소송·R&D 재원을 확충했다.
툴젠은 1999년 김진수 전 서울대 교수가 설립한 국내 1세대 유전자 교정 기업으로, 2014년 코넥스에 이어 2021년 코스닥으로 이전 상장했다. 회사는 1세대 ZFN, 2세대 TALEN, 3세대 CRISPR/Cas9 유전자가위 기술을 모두 독자 개발한 세계 유일 기업으로 꼽힌다.
사업 구조는 크게 세 축으로 나뉜다: 원천특허 기반 기술 라이선싱, 치료제 파이프라인 개발, 그리고 동식물(종자) 유전자 교정이다.
유전자 교정 플랫폼 기술 라이센싱 및 치료제·종자 개발 기술이전을 통한 특허 수익화가 주요 매출원이며, CRISPR 유전자가위 원천특허 기반 글로벌 기술이전 확대 및 치료제·종자 파이프라인 개발을 진행 중이다.
치료제 부문에서는 CMT1A(샤르코-마리-투스병 1A형) 대상 유전자 교정 치료제 TGT-001이 미국 FDA로부터 희귀의약품 지정을 받은 바 있으며, 인도의 DCM Shriram 계열사인 Bioseed Research India에 CRISPR 유전자가위 기술을 라이선스 아웃한 사례도 있다.
종자사업본부는 최근 사업 전략을 근본적으로 재정비해, 가뭄 내성(고추·옥수수·콩·유채)과 제초제 내성(옥수수·콩) 등 상업화 가능성이 높은 소수 파이프라인에 자원을 집중하고 있다.
경쟁 구도상 CVC그룹(캘리포니아대·빈대 등)과 브로드연구소(MIT·하버드) 진영은 각각 인텔리아, 에디타스, 크리스퍼 테라퓨틱스 등 나스닥 상장 스핀오프 기업을 통해 이미 임상·상업화 단계에 진입해 있어, 툴젠은 원천특허 보유라는 강점에도 자체 제품 상업화 속도에서는 뒤처져 있다는 평가를 받는다.
| 분기 | 매출액 | 영업이익 | 영업이익률 |
|---|---|---|---|
| 2025Q2 | 1억 | -63억 | −4439.8% |
| 2025Q3 | 6억 | -54억 | −858.5% |
| 2025Q4 | 4억 | -69억 | −1716.9% |
| 2026Q1 | 4억 | -46억 | −1175.6% |
| 2026Q2 | 5억 | -69억 | −1414.5% |
| 연도 | 매출액 | 영업이익 | 지배주주 순이익 | 영업이익률 | ROE | 부채비율 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2022 | 7억 | -194억 | -182억 | −2607.5% | −25.8% | 7.0% |
| 2023 | 11억 | -171억 | -423억 | −1548.6% | −140.7% | 210.5% |
| 2024 | 9억 | -218억 | 62억 | −2446.6% | 10.7% | 29.2% |
| 2025 | 13억 | -233억 | -368억 | −1783.0% | −65.8% | 10.4% |
연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-08-21
연결 기준 매출액은 2022년 7억원, 2023년 11억원, 2024년 9억원, 2025년 13억원으로 등락은 있었지만 여전히 절대 규모가 매우 작고, 라이선싱 수익의 특성상 분기별 인식 편차가 크다.
영업손실은 2022년 194억원, 2023년 171억원, 2024년 218억원, 2025년 233억원으로 꾸준히 확대돼 연구개발비와 글로벌 특허 소송 비용 부담이 커지고 있음을 보여준다.
순이익 흐름은 훨씬 더 불규칙한데, 2022년 -182억원, 2023년 -423억원의 대규모 적자를 낸 뒤 2024년에는 영업손실(-218억원)이 지속됐음에도 순이익이 +62억원으로 흑자 전환했고, 2025년에는 다시 -368억원의 순손실로 돌아섰다.
이는 영업손익과 순손익 사이에 상당한 비영업 부문 변동 요인이 존재함을 시사한다. 분기별로 보면 2025년 2분기 순손실 -44억원, 3분기 -54억원, 4분기 -225억원, 2026년 1분기 -44억원, 2분기 -68억원으로, 2025년 4분기에 순손실 규모가 유독 크게 확대된 점이 눈에 띈다.
최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 합산 지배주주 순손실은 약 391억원에 달해, 연간 단위로 봐도 적자 기조가 이어지고 있다.
자기자본은 2022년 705억원에서 2023년 301억원으로 급감했다가 2024년 584억원으로 회복했고, 2025년에는 559억원으로 소폭 감소했는데, 이 변동에는 순손익뿐 아니라 유상증자 등 자본 조달 효과가 함께 반영된 것으로 보인다.
부채비율은 2022년 7.0%에서 2023년 210.5%까지 급등한 뒤 2024년 29.2%, 2025년 10.4%로 다시 낮아졌다.
영업활동현금흐름은 4개 연도 모두 마이너스(2022년 -150억원, 2023년 -149억원, 2024년 -165억원, 2025년 -202억원)를 기록해, 본업에서 현금을 벌어들이지 못하고 외부 자금조달에 의존하는 구조가 지속되고 있음을 확인할 수 있다.
글로벌 유전자 교정 시장은 CRISPR 기반 치료제의 상업화 사례가 나오면서 빠르게 확장되고 있으며, 툴젠·브로드연구소·CVC그룹 3자 구도의 원천특허 분쟁이 산업 전체의 로열티 구조를 좌우하는 핵심 변수로 자리잡고 있다.
CVC그룹과 브로드연구소 진영은 각각 인텔리아, 에디타스, 크리스퍼 테라퓨틱스 등 스핀오프 기업을 설립해 나스닥에 상장시키며 막대한 자금을 유치했다. 크리스퍼 테라퓨틱스는 버텍스와 손잡고 2023년 세계 최초의 유전자 가위 치료제 '카스제비'를 상용화하며 시장을 선점했다.
이들 기업은 농산물이나 차세대 항암제(CAR-T) 등 다양한 임상에서도 속속 성과를 내는 반면, 툴젠은 지식재산권(IP)을 적극적으로 활용하지도 못했고 자체 비즈니스화도 상대적으로 더뎠다는 평가를 받아왔다.
특허 국면에서는 최근 판도 변화가 뚜렷한데, 중국 특허법원이 진핵세포 단계 CVC그룹의 우선 발명을 인정하지 않는 1심 판결을 내리면서 툴젠이 선출원자로서 간접적으로 인정받는 계기가 됐고, 미국에서는 브로드연구소가 CVC그룹과의 저촉심사에서 승리하면서 오랫동안 대기 상태였던 툴젠-브로드 간 저촉심사 2단계(우선권 단계)가 재개되는 계기가 마련됐다.
유럽에서는 CRISPR RNP 기반 식물 유전자 교정 특허(EP3346003)가 이의심판부 구두심리에서 예비 결정을 뒤집고 유지되면서, 브로드·CVC 계열 특허들이 유사한 절차에서 자진 철회된 것과 대비되는 결과를 냈다.
산업 경쟁구도상 툴젠은 원천기술 폭(ZFN·TALEN·CRISPR/Cas9 전 세대 자체 개발)이라는 희소성을 갖추고 있지만, 실제 제품 상업화·매출화 속도에서는 이미 상장·임상 단계에 진입한 글로벌 경쟁사 대비 뒤처져 있다는 점이 시장의 공통된 평가다.
유종상 대표는 2026년 신년 인터뷰에서 "2026년은 툴젠이 보유한 세계적 기술이 실질적인 재무 성과로 연결되는 원년이 될 것"이라고 밝히며 IP 수익화에 대한 강한 의지를 드러냈다.
회사는 미국 저촉심사에서 2022년 9월 모션 단계(Motion Phase)에서 선출원자(Senior Party) 지위를 인정받았고, 2026년 3월 브로드연구소가 CVC그룹과의 저촉심사에서 승리한 이후 2026년 7월 툴젠-브로드 간 우선권 단계(Priority Phase) 심리가 본격 개시됐다.
특허 공세도 병행 중인데, 2025년 9월 네덜란드에서 버텍스의 위탁생산업체 론자를 상대로, 2025년 11월에는 미국에서 신규 등록된 RNP 특허를 근거로 버텍스를 상대로 각각 특허침해 소송을 제기했으며, 앞서 2025년 4월에는 영국에서도 유사한 소송을 냈다.
종자사업본부는 파이프라인을 상업화 가능성이 높은 작물로 압축했고, 유 대표는 고추 관련 협상에 대해 "고추는 기술이전을 위한 협상이 상당히 진전된 상태"라고 밝혀 연내 계약 체결을 목표로 하고 있음을 시사했다.
회사는 2026년 5월 15일 이사회에서 약 700억원 규모의 주주배정 후 실권주 일반공모 유상증자를 결정했으며, 조달 자금은 브로드연구소 저촉심사 대응, 버텍스·론자 상대 특허소송 비용, 치료제·종자사업 R&D, 글로벌 확장 운영자금 등에 투입될 계획이라고 밝혔다.
다만 언론 보도에 따르면 이후 주가 하락으로 실제 조달액이 축소된 것으로 전해져, 계획한 자금 규모와 실제 조달 규모 사이에 괴리가 발생했을 가능성이 있다.
종합하면 향후 실적 가시성은 저촉심사 및 유럽·미국 소송의 절차적 진행, 그리고 종자·치료제 부문의 개별 기술이전 계약 체결 여부에 크게 의존하는 구조다.
툴젠은 최근 몇 년간 뚜렷한 흑자 전환 없이 적자 흐름을 이어왔고 2024년의 일시적 순이익 흑자를 제외하면 대부분의 해에 순손실을 기록해, 통상적인 이익 기반 밸류에이션 지표를 적용하기 어려운 구간에 있다.
주가순자산비율은 순자산 대비 상당한 프리미엄이 반영된 수준에서 거래되는 편으로, 이는 이익 실현보다는 원천특허 포트폴리오와 저촉심사·소송의 결과에 대한 시장의 기대가 가격에 상당 부분 반영돼 있음을 시사한다.
배당의 경우 이 회사는 최근 수년간 배당을 지급한 이력이 없어, 주주 환원보다는 연구개발과 특허 방어에 자금을 우선 배분하는 구조가 이어지고 있다.
과거 코스닥 이전 상장 초기와 유전자가위 기술이 노벨상을 수상하며 주목받았던 시기에는 시가총액이 큰 폭으로 확대됐던 적이 있으나, 이후 특허 소송 지연과 상업화 지체를 거치며 밸류에이션 밴드 자체가 여러 차례 재조정되는 흐름을 보였다.
현재 진행 중인 미국 저촉심사와 유럽·미국 특허소송의 결론이 어느 방향으로 나느냐에 따라 향후 시장이 이 회사를 어떤 잣대로 평가할지가 크게 달라질 수 있는 상황이다.
PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-08-21
툴젠은 ZFN, TALEN, CRISPR/Cas9을 모두 독자 개발해 388건의 특허를 보유한 세계 유일 기업으로, 이는 진입장벽이 높은 유전자 교정 산업에서 희소한 자산이다.
미국 저촉심사에서 선출원자(Senior Party) 지위를 인정받아 절차적으로 유리한 위치에 있으며, 최근 신규 CRISPR RNP 특허 3건을 소송에 추가하는 등 특허 포트폴리오를 지속적으로 확장하고 있다. 중국·유럽에서의 잇따른 유리한 판결은 원천특허의 실질적 가치를 뒷받침하는 사례로 언급된다.
브로드연구소가 CVC그룹과의 저촉심사에서 승리하면서 오랫동안 대기 상태였던 툴젠-브로드 간 우선권 단계 심리가 2026년 7월 본격화됐다. 이와 별개로 버텍스의 '카스제비' 생산·판매 관련 기업들을 상대로 미국·영국·네덜란드에서 특허침해 소송을 확대하고 있으며, 유럽에서는 식물 특허 방어에도 성공했다. 소송 결과에 따라 라이선싱이나 합의를 통한 수익화 가능성이 열려 있는 구조다.
치료제 부문에서는 CMT1A 대상 TGT-001이 미국 FDA 희귀의약품 지정을 받았고, 종자사업은 가뭄·제초제 내성 작물 중심으로 재편돼 고추를 비롯한 일부 작물의 기술이전 협상이 상당히 진전된 상태로 알려졌다.
인도 Bioseed Research India에 대한 기술 라이선스 사례도 있어, 원천특허를 다양한 산업(치료제·농업)으로 확장하는 사업모델이 유지되고 있다.
영업손실은 2022년 194억원에서 2025년 233억원으로 꾸준히 확대됐고, 영업활동현금흐름은 4개 연도 모두 마이너스를 기록해 본업에서 현금을 창출하지 못하고 있다. 2025년 4분기에는 순손실이 225억원까지 급증하는 등 비영업 부문 변동성도 크다. 이 같은 구조는 향후에도 유상증자 등 외부자금 조달에 대한 의존을 이어가게 할 가능성이 있다.
선출원자 지위가 최종 승소를 담보하지는 않으며, 저촉심사와 유럽·미국 소송 모두 장기간 소요될 수 있다는 점이 반복적으로 지적돼 왔다. 과거 호주에서는 특허 등록이 취소됐다가 이후 법원에서 인정되는 등 지역별로 판단이 뒤집힌 사례도 있어 결과 예측이 쉽지 않다. 소송이 길어질수록 비용 부담이 누적될 수 있다는 점도 부담 요인이다.
CVC그룹과 브로드연구소 진영은 인텔리아, 에디타스, 크리스퍼 테라퓨틱스 등 나스닥 상장사를 통해 이미 임상과 상업화 단계에 진입했고, 버텍스와 함께 세계 최초의 CRISPR 치료제를 2023년에 상용화했다.
반면 툴젠은 지식재산권을 적극적으로 활용하지도 못했고 자체 비즈니스화도 더뎠다는 평가를 받아왔다. 종자사업 역시 다수 파이프라인 중 상업화로 이어진 사례가 제한적이었던 것으로 파악된다.
미국 저촉심사의 우선권 단계 결과가 아직 나오지 않았고, 유럽·미국·네덜란드·영국에서 진행 중인 다수의 소송 역시 결론이 확정되지 않았다. 판결이 불리하게 나올 경우 원천특허의 사업적 가치 자체가 훼손될 수 있다. 소송이 길어질수록 법률 비용 부담도 누적된다.
매년 영업활동현금흐름이 마이너스를 기록하는 구조상 지속적인 외부자금 조달이 불가피하며, 2026년 5월 결정된 유상증자는 그 사례다. 언론 보도에 따르면 주가 하락으로 실제 조달 규모가 계획보다 줄어든 것으로 전해져, 향후 추가 자금조달이 필요해질 가능성도 배제할 수 없다. 반복적인 유상증자는 기존 주주의 지분 희석으로 이어질 수 있다.
회사는 종자사업의 고추 등 일부 작물에 대해 연내 기술이전 계약 체결을 목표로 하고 있다고 밝혔으나, 협상은 계약 성사 전까지 지연되거나 결렬될 가능성이 항상 존재한다. 치료제 파이프라인 역시 희귀의약품 지정 이후 임상·상업화까지는 별도의 긴 시간이 소요된다.
과거 코스닥 이전 상장이 수차례 좌절된 사례에서 보듯, 절차적 지연은 이 회사의 반복적 특징으로 지적돼 왔다.
2026년 3분기(7~9월) 실적 공시 시점으로, 매출 인식 규모와 순손익의 비영업 요인 여부를 확인할 필요가 있다.
미국 PTAB 우선권 단계(Priority Phase) 심리 진행 상황과 추가 절차적 결정 여부를 모니터링할 필요가 있다.
종자사업본부가 목표로 밝힌 고추 등 작물의 연내 기술이전 계약 체결 여부를 확인할 시점이다.
네덜란드(론자), 영국·미국(버텍스) 특허소송의 심리 일정 및 추가 판결·화해 협상 소식을 확인할 필요가 있다.
2026년 5월 결정된 유상증자의 최종 조달 규모와 자금 집행 내역이 계획과 얼마나 부합하는지 점검할 필요가 있다.
툴젠은 ZFN·TALEN·CRISPR/Cas9을 모두 자체 개발한 세계 유일의 원천특허 보유 기업이라는 희소한 자산을 갖고 있으나, 이를 실제 매출과 안정적 이익으로 전환하는 데는 아직 어려움을 겪고 있다.
2025년 매출은 전년 대비 늘었지만 영업손실은 233억원으로 오히려 확대됐고, 4분기 순손실이 225억원까지 급증하는 등 실적의 예측가능성은 낮은 편이다.
영업활동현금흐름이 4개 연도 연속 마이너스를 기록해 외부 자금조달 의존 구조가 이어지고 있으며, 2026년 5월의 700억원 유상증자도 이런 맥락에서 나왔다.
회사의 핵심 가치는 결국 미국 저촉심사 우선권 단계와 유럽·미국에서 진행 중인 다수의 특허소송 결과에 크게 좌우될 것으로 보이며, 브로드연구소와의 심리가 2026년 7월 본격화된 점은 중요한 이정표다. 종자사업의 기술이전 협상과 치료제 파이프라인의 진전 역시 향후 실적 가시성을 좌우할 변수로 남아 있다.
투자자는 특허소송의 절차적 진행 상황, 분기 실적의 비영업 요인, 추가 자금조달 가능성을 균형 있게 살펴볼 필요가 있다.
리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04
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