세니젠

세니젠은 경기도 안양시에 본사를 둔 식품안전 진단·제어 전문기업으로, 미생물 검출부터 살균·제어까지 아우르는 'Food Safety Total Solution'을 표방한다.

주요 제품군은 실시간 PCR 기반 맞춤형 미생물 검사 제품 'Genelix', 대량 시료를 원스톱으로 처리하는 NGS 패널 'GeNext', 식품산업 특화 NGS 분석서비스 'Geneka' 등으로 구성되며, 여기에 진단 소모품·살균 제품·장비 등 상품 매출이 더해진다.

핵심 기반 기술은 미생물의 방대한 유전자 정보에서 특정 바이러스·세균을 식별하는 '유전자 마커 발굴 플랫폼'으로, 세균 16종을 동시 검출하는 NGS 패널 기술로 유럽·일본 특허를 확보했고 아프리카돼지열병(ASFV) 진단키트를 세계동물보건기구(WOAH)에 세계 두 번째로 등록한 이력이 있다.

고객군은 식품 생산부터 유통·소비 단계에 이르는 식품산업 밸류체인 전반이며, 총 54건의 국내외 특허와 27건의 수상·인증을 보유하고 있다고 회사 측은 밝힌다.

2026년 들어서는 기존 식품안전 기술을 인체 분야로 확장해 인체 분자진단, 마이크로바이옴 기반 헬스케어, 항생제 내성균 대응을 위한 2세대 엔돌라이신 개발 등 고부가가치 바이오 신사업으로 사업 다각화를 본격화하고 있다.

이 중 2세대 엔돌라이신 프로젝트는 과학기술정보통신부 주관 K-히어로 육성·지원사업의 연구개발기관으로 선정돼 3년 6개월간 정부 지원금을 받으며, 서울대·연세대·이화여대 등 외부 연구진이 참여하는 산학 협력 구조로 진행된다.

다만 이러한 신사업들은 아직 매출로 연결되지 않은 초기 단계로, 확정 재무 수치상 부문별 매출 비중은 별도로 공개되지 않았다.

세니젠의 매출은 2022년 267.6억원에서 2023년 201.9억원, 2024년 154.3억원, 2025년 153.5억원으로 4년 연속 축소됐다.

영업손실은 2022년 40.8억원에서 2023년 64.8억원, 2024년 58.7억원, 2025년 43.7억원을 기록해 매출 감소 속에서도 손실 규모는 다소 줄어드는 흐름을 보였다.

영업이익률은 2023년 -32.1%, 2024년 -38.1%, 2025년 -28.5%로 적자 폭이 매출 대비 다소 개선됐으나 여전히 큰 마이너스 구간에 머물러 있다.

지배주주 순이익은 2022년 -40.6억원, 2023년 -92.5억원, 2024년 -65.6억원, 2025년 -58.2억원으로 4개년 모두 적자를 이어갔으며, 2023년의 대규모 순손실은 상장 관련 일회성 비용 등이 반영된 것으로 추정된다.

분기별로 보면 2025년 4분기 영업손실이 17.8억원으로 급격히 확대되고 순손실은 31.7억원에 달했는데, 이는 텅스텐 시약상품 가공거래 손실 반영 등 일회성 요인이 겹친 결과로 파악된다.

2026년 들어서는 1분기 매출 33.1억원·영업손실 8.7억원, 2분기 매출 38.1억원·영업손실 4.1억원으로 매출이 소폭 회복되고 영업손실 규모도 줄어드는 흐름을 보였다.

특히 2026년 2분기 지배주주 순손실은 1.5억원으로 직전 분기(9.0억원) 대비 크게 축소됐는데, 이는 유상증자에 따른 재무구조 개선과 일회성 손실 소멸이 맞물린 결과로 해석된다.

현금흐름표 상 영업활동현금흐름은 4개년 모두 마이너스를 기록했으며(2022년 -32.1억원, 2023년 -37.8억원, 2024년 -54.4억원, 2025년 -41.8억원), 본업에서의 현금 창출력 회복이 아직 확인되지 않은 상태다.

식품안전 진단 산업은 식품 제조·유통 전 과정에서 미생물·병원체 검출과 위생관리 수요가 꾸준한 산업으로, 국내외 대형 진단기기·서비스 업체들과 다양한 중소 전문기업이 경쟁하는 구조다.

세니젠은 이 시장에서 진단(Real-time PCR, NGS)과 제어(살균)를 연계한 토털 솔루션을 표방하며 특화된 위치를 차지하려 하고 있으나, 매출 규모 자체가 4년째 축소되는 흐름은 업계 내 경쟁 심화 또는 주요 거래처 이탈과 관련이 있을 수 있다.

실제로 언론 보도에서는 회사가 대형 거래처 이탈과 연구개발(R&D) 조직 인력 변동을 겪었다는 내용이 확인된다.

한편 회사가 진출을 선언한 인체 분자진단·마이크로바이옴 헬스케어·차세대 항균제(엔돌라이신) 시장은 정밀의료·항생제 내성균 대응이라는 글로벌 트렌드와 맞물려 성장 잠재력이 부각되는 영역이지만, 이미 다수의 국내외 바이오·진단 기업들이 선점 경쟁을 벌이고 있어 신규 진입자로서의 차별화가 관건이다.

아프리카돼지열병(ASFV) 진단키트의 WOAH 등록 등 일부 성과는 기술력을 뒷받침하는 근거로 제시되지만, 이것이 실제 매출 규모로 얼마나 전환됐는지는 공개된 부문별 매출 데이터로 확인되지 않는다.

코스닥 시장에서는 세니젠과 유사하게 시가총액 요건 미달로 관리종목 지정 위기를 겪은 기업들이 여럿 있었으며, 이는 소형 기술특례 상장기업들의 구조적 취약성을 보여주는 사례로 거론된다.

세니젠은 2026년 4월 이사회에서 지씨파트너스를 대상으로 약 100억원 규모의 제3자배정 유상증자를 결정했으며, 조달 자금은 바이오산업 연구개발비 35억원, 글로벌 수출 확대 인프라 25억원, 회사 운영경비 31억원, 채무상환자금 9억원으로 배분될 계획이라고 공시했다.

이 증자 대금 납입이 완료된 2026년 5월 13일 최대주주가 박정웅 대표 외 7인(변경 전 18.05%)에서 지씨파트너스(45.5%)로 변경됐으며, 이후 신규 임원 선임이 예정돼 있다고 회사 측은 밝혔다.

2026년 6월 29일자로 코스닥 시가총액 미달 관리종목 지정에서 해제되면서 투자심리 위축 요인 하나가 해소됐다.

회사는 이번 재무구조 개선을 발판으로 인체 분자진단, 마이크로바이옴 기반 헬스케어, 2세대 엔돌라이신 개발 등 고부가가치 바이오 신사업에 연구개발 자원을 투입하겠다는 계획을 밝히고 있으나, 이들 사업이 실제 매출로 이어지는 시점과 규모는 아직 공식적으로 제시되지 않았다.

텅스텐 시약상품 관련 가공거래 손실(위법행위미수금 14억원)에 대해서는 회사가 사기 피해자 입장을 취하며 관련자 형사 고소를 진행 중이라고 밝혔으며, 내부회계관리제도 개선과 감사보고서 수정을 거쳐 적정 의견을 받았다고 설명했다. 다만 이 사안의 최종 회수 가능성과 추가 손실 여부는 향후 공시를 통해 확인이 필요한 부분이다.