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종근당

65,300원▲ 0.15%2026-10-02 장마감
시가총액
8,999억원
거래대금
8억원
거래량
1만주
상장주식수
1,380만주
PER
11.3배
PBR
0.9배
EPS
6,031원
배당수익률
0.74%

PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 500원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감

01

리포트 개요

도입품목 성장 속 수익성 시험대

종근당은 위고비·아일리아 등 도입품목이 외형 성장을 이끄는 가운데, 원가율 상승과 연구개발비 확대로 수익성은 낮은 수준에서 방어전을 이어가고 있다.

  1. 1

    2025년 매출은 1조 6,924억원으로 늘었으나 영업이익률은 4.8%로 낮아졌고, 2026년 들어서도 1분기·2분기 모두 낮은 마진이 이어졌다.

  2. 2

    위고비·펙수클루·고덱스·아일리아 등 도입 품목이 매출 성장을 견인하지만 원가율이 높아 이익 기여는 제한적이다.

  3. 3

    연구개발비 비중이 매출의 10%대 후반으로 높아지고 배곧 연구단지 투자가 이어지며 부채비율도 함께 상승했다.

  4. 4

    하반기에는 혁신형 제약기업 재인증 심사와 글리아티린(콜린알포세레이트) 유효성 심의라는 두 개의 정책 변수가 대기하고 있다.

  5. 5

    노바티스에 기술이전한 CKD-510을 비롯한 신약 파이프라인이 중장기 성장 동력으로 거론되지만 단기 실적 기여는 아직 제한적이다.

02

사업 구조

종근당은 자체 개발 전문의약품과 글로벌 제약사로부터 도입한 품목을 함께 판매하는 사업 구조를 갖고 있다. 최근 매출 성장은 비만치료제 위고비(노보 노디스크), 위식도역류질환 치료제 펙수클루(대웅제약), 간질환 치료제 고덱스(셀트리온제약), 안과질환 치료제 아일리아 등 공동판매·도입 품목이 이끌고 있다.

다만 이러한 도입품목은 매출 규모를 빠르게 키우고 영업망 활용도를 높이는 역할을 하지만 높은 영업이익률을 보장하기는 어렵다. 실제로 올해 1분기 기준 도입 품목이 전체 매출의 45%를 넘는 것으로 추정된다.

자체 개발 라인업의 대표 품목인 치매·인지기능개선제 글리아티린은 콜린알포세레이트 성분으로, 종근당이 2016년 오리지널 제약사 이탈파마코로부터 판권을 인수해 판매 중이다. 연구개발 부문에서는 신약연구소가 암, 신경, 면역 및 대사질환 분야에 집중해 혁신 신약 개발을 진행하고 있다.

신약 파이프라인으로는 노바티스에 기술이전된 HDAC6 저해제 CKD-510 외에 이상지질혈증 치료제 CKD-508, 고형암 치료제 CKD-512, 비소세포폐암 치료제 CKD-702, ADC 기반 항암 후보물질 CKD-703 등이 임상 1상 또는 1/2a상 단계에 있다.

경쟁구도상 한미약품·유한양행·대웅제약·GC녹십자 등과 함께 국내 상위 제약사군에 속하지만, 상품(도입품목) 매출 비중이 높아 자체 개발 신약 중심 기업들과는 수익 구조에서 차이를 보인다.

03

실적 추이

분기 매출 · 영업이익
매출액영업이익
연간 매출 · 영업이익
매출액영업이익
분기 실적 · 최근 5분기
분기매출액영업이익영업이익률
2025Q24,348억236억5.4%
2025Q34,298억210억4.9%
2025Q44,268억235억5.5%
2026Q14,478억141억3.1%
2026Q24,785억186억3.9%
연간 실적
연도매출액영업이익지배주주 순이익영업이익률ROE부채비율
20221.5조1,099억810억7.4%13.0%81.1%
20231.7조2,466억2,125억14.8%26.1%71.9%
20241.6조995억1,091억6.3%12.2%62.7%
20251.7조806억775억4.8%7.7%78.9%

연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-09-04

04

실적 분석

연간 실적을 보면 매출은 2022년 1조 4,883억원에서 2023년 1조 6,694억원, 2024년 1조 5,864억원, 2025년 1조 6,924억원으로 등락을 거치며 완만하게 성장했다.

반면 영업이익률은 2022년 7.4%에서 2023년 14.8%로 크게 뛴 뒤 2024년 6.3%, 2025년 4.8%로 다시 낮아지는 흐름을 보였다. 2023년의 높은 마진은 노바티스 기술수출 등 일회성 요인이 반영된 결과로 해석되며, 이후 두 해 연속 마진이 정상화·하락하는 패턴을 보였다.

순이익(지배주주)도 2023년 2,125억원까지 늘었다가 2024년 1,091억원, 2025년 775억원으로 축소됐다.

분기별로는 2025년 2분기 매출 4,348억원·영업이익 236억원에서 2025년 4분기에는 매출 4,268억원·영업이익 235억원을 기록했는데, 이 시기 순이익(266억원)이 영업이익을 웃돈 점은 비영업적 요인이 반영됐을 가능성을 시사한다.

2026년 들어서는 1분기 매출 4,478억원에 영업이익 141억원(마진 약 3%대 초반), 2분기 매출 4,785억원에 영업이익 186억원으로 매출은 늘었지만 영업이익률은 낮은 수준에 머물렀다.

연구개발비는 2024년 1,574억원(매출 대비 9.92%)에서 2025년 1,858억원(10.98%)으로 늘었고, 2026년 1분기에는 500억원을 투입해 비율이 11.17%까지 높아졌는데 이는 2025년 1분기(388억원, 9.69%) 대비 크게 확대된 수준이다.

상반기 기준으로는 연구개발비가 전년보다 304억원 늘어난 반면 연결 영업이익은 34억원 감소해, 연구개발 투자 확대가 이익 감소분보다 훨씬 큰 규모로 이뤄졌음을 보여준다.

05

산업 분석

국내 5대 제약사 비교에서 종근당의 2025년 영업이익률(4.76%)은 한미약품(16.66%), 대웅제약(12.53%), 유한양행(4.77%)에 못 미치고 GC녹십자(3.47%)보다는 높은 수준으로, 상대적으로 낮은 마진 구조를 보인다.

이러한 격차는 연구개발비, 신약개발 비용, 도입품목 비중 확대 등이 원인으로 지목된다.

정책 측면에서는 보건복지부가 오리지널 대비 제네릭 약가를 최고 53.55%에서 45%로 낮추는 약가 개편을 8월 1일부터 시행했고, 혁신형 제약기업은 최대 60%, 준혁신형 제약기업은 50% 수준의 약가를 인정받으며 계단식 인하에서도 유예기간을 받는다.

종근당은 2024년 재인증 심사에서 탈락해 혁신형 지위를 잃었는데, 개편된 인증 기준에서는 리베이트 결격 판단 시점이 '행정처분일'에서 '위반행위 종료일'로 바뀌어 재인증 가능성이 높아졌다는 평가가 나온다.

새 인증 기준은 17개 항목 100점 만점에 65점 이상을 요구하는 절대평가 방식으로 바뀌었고, 매출 1,000억원 이상 기업의 연구개발비 비율 기준도 5%에서 7%로 상향됐지만 2029년 7월까지 유예된다.

한편 콜린알포세레이트(콜린제제) 시장은 지난해 5,456억원 규모로 처방됐으며, 식약처의 유효성 심의에서 적응증이 삭제될 경우 제약사들은 임상 기간 처방액의 20%를 건강보험공단에 반환해야 한다.

이 리스크는 종근당뿐 아니라 경쟁품목인 글리아타민을 판매하는 대웅바이오에도 공통으로 걸려 있는 산업 차원의 이슈다.

06

전망

회사는 2026년 6월 시흥 배곧지구에 대규모 바이오의약품 복합 연구단지 투자를 확정했으며, 발표된 투자액 3,925억원에 2025년 8월 부지 매입비 949억원을 더하면 5천억원 규모에 이른다.

이 연구단지는 2028년 8월 준공을 목표로 하고 있어 당분간 관련 비용 증가가 불가피하며, 향후 2년간 영업현금흐름이 설비투자와 연구개발비를 얼마나 흡수할 수 있는지가 관전 포인트로 꼽힌다.

정책 일정으로는 보건복지부가 8월 18일부터 9월 18일까지 혁신형 제약기업 인증 신청을 접수하며, 인증에 대한 심사는 연내 마무리될 것으로 예상된다. 종근당은 이번 인증 재도전을 위해 CKD-510 등의 연구개발 성과를 심사 근거로 제시할 계획이다.

신약 파이프라인에서는 c-Met 표적 ADC 후보물질 CKD-703이 지난 7월 미국 FDA로부터 임상 1/2a상 IND 승인을 받아 미국에서 임상이 진행 중이며, 경구용 비만치료제 후보물질 CKD-514는 2026년 하반기 임상 1상 진입이 예상된다.

노바티스에 기술이전된 CKD-510은 심방세동 적응증으로 임상 2상이 진행 중이며 2027년 하반기 종료가 예상돼 데이터 발표 시점이 중요한 관찰 지점이다. 다만 키움증권은 글리아티린 유효성 심의가 하반기 중으로 예상되며 그 결과에 따라 하반기 실적이 하향될 가능성을 배제할 수 없다고 평가했다.

07

밸류에이션

PER
11.3배
PBR
0.9배
ROE
8.2%
EPS
6,031원
BPS
77,052원
주당배당금
500원

종근당의 순이익은 2023년 큰 폭으로 늘었다가 이후 두 해 연속 축소되는 흐름을 보였고, 2026년 들어서도 분기 실적이 견조한 매출 성장에도 낮은 마진에 머무는 구간이 이어지고 있다.

이런 실적 흐름 속에서 시장의 주가순자산 대비 배수는 순자산 대비 할인된 수준에서 거래되는 편으로, 과거 기술이전 이슈로 이익이 급증했던 2023년 이후의 실적 정상화 과정이 밸류에이션에도 반영돼 온 것으로 보인다. 배당은 매년 꾸준히 지급되고 있으나 그 수준 자체가 크지 않은 편이다.

키움증권 허혜민 애널리스트는 2026년 6월 보고서에서 "밸류에이션 매력도는 매우 높으나 혁신형 제약기업 인증 획득 여부 등 실적 불확실성 완화 여부가 주목된다"고 평가했다.

iM증권은 2026년 7월 21일 리포트에서 종근당 목표주가를 기존 12만원에서 9만원으로 하향 조정하며, 2분기 영업이익이 시장 컨센서스에 못 미칠 것으로 예상되는 점과 연구개발 모멘텀을 더 기다려야 한다는 점을 근거로 들었다. 이처럼 증권가의 시각은 파이프라인 가치에 대한 기대와 단기 실적 불확실성이 혼재된 상태로 나타난다.

PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-09-04

08

강세 요인

도입품목 포트폴리오 확대

위고비, 펙수클루, 고덱스, 아일리아 등 글로벌 제약사의 대형 품목을 잇달아 도입하며 영업망을 활용한 외형 성장을 이어가고 있다. 이러한 공동판매 구조는 자체 개발 신약이 상업화되기 전까지 매출 기반을 넓히는 역할을 한다. 실제로 2026년 상반기 연결 매출은 두 자릿수 성장률을 기록했다.

신약 파이프라인 다각화

노바티스에 기술이전된 CKD-510 외에도 CKD-508, CKD-512, CKD-702, CKD-703 등 여러 후보물질이 임상 단계에 있어 파이프라인의 폭이 넓다. CKD-703은 미국 FDA로부터 임상 1/2a상 IND 승인을 받아 글로벌 임상을 진행 중이다. 복수의 증권사가 CKD-510의 파이프라인 가치를 별도로 산정하며 관심을 보이고 있다.

혁신형 인증 재획득 가능성

개편된 혁신형 제약기업 인증 기준에서는 리베이트 결격 판단 기준이 완화돼 종근당의 재인증 가능성이 이전보다 높아졌다는 평가가 나온다. 연구개발비 비율 요건도 회사가 여유롭게 충족하는 수준이다. 재인증이 이뤄질 경우 약가 우대와 정책 지원 접근성 측면에서 긍정적인 변화가 기대된다.

09

약세 요인

구조적 마진 압박

도입품목 비중 확대는 매출을 늘리지만 원가율 상승을 동반해 영업이익률이 낮은 수준에 머무르고 있다. 2025년 영업이익률은 4.8%로 국내 상위 제약사 대비 낮은 편에 속한다. 증권가에서는 이런 원가 부담이 당분간 지속될 것으로 보고 있다.

재무 부담 확대

배곧 연구단지 투자와 연구개발비 확대가 겹치면서 부채비율이 2024년 62.7%에서 2025년 78.9%로 높아졌다. 2026년 상반기에도 부채비율과 순차입금이 추가로 늘어난 것으로 파악된다. 연구단지는 2028년까지 투자가 이어지는 만큼 재무 부담이 단기간에 줄어들기는 어려운 구조다.

규제 이벤트 불확실성

콜린알포세레이트(글리아티린)의 식약처 유효성 심의 결과에 따라 처방액 환수 의무가 발생할 수 있다. 종근당은 이미 관련 환불부채를 재무제표에 반영하고 있으나, 최종 결정 시점과 규모는 여전히 불확실하다. 혁신형 제약기업 인증 여부 역시 아직 확정되지 않은 변수다.

10

리스크 요인

정책/규제

제네릭 약가 개편과 혁신형 제약기업 인증 여부가 약가 수준에 직접 영향을 미친다. 인증에서 제외될 경우 신약 약가우대와 정책지원 접근성에서 불리해질 수 있다. 콜린알포세레이트 유효성 심의 결과도 처방액 환수라는 재무적 리스크를 내포한다.

수익성

도입품목 비중 확대가 지속되는 한 원가율 부담이 이어질 가능성이 있다. 연구개발비 증가 속도가 영업이익 감소분을 크게 웃돌고 있어 단기적으로 이익 개선 모멘텀이 뚜렷하지 않다. 마진 회복 시점은 신약 파이프라인의 상업화 속도에 좌우될 것으로 보인다.

재무구조

배곧 연구단지 등 대규모 시설투자가 2028년까지 이어지면서 부채비율과 순차입금이 늘어나는 추세다. 영업현금흐름이 투자와 연구개발비 지출을 충분히 흡수하지 못할 경우 추가 자금조달 필요성이 제기될 수 있다. 이는 향후 재무 건전성 지표를 지속적으로 관찰해야 하는 이유다.

11

다음 체크포인트

  1. 2026년 9월 18일

    혁신형 제약기업 인증 신청 접수가 마감된다. 종근당의 신청 여부와 제출 근거(CKD-510 등 R&D 성과)가 재인증 가능성을 가늠하는 첫 단서가 될 수 있다.

  2. 2026년 4분기 중

    식약처의 콜린알포세레이트(글리아티린) 유효성 심의 결과가 발표될 것으로 예상된다. 적응증 유지·삭제 여부와 처방액 환수 규모가 실적에 미칠 영향을 확인해야 한다.

  3. 2026년 하반기~연말

    혁신형 제약기업 인증 심사 결과가 연내 발표될 예정이다. 인증 획득 여부에 따라 신약 약가우대와 정책지원 접근성이 달라진다.

  4. 2026년 10월 말~11월 초

    2026년 3분기 잠정실적 공시가 예상된다. 도입품목 매출 성장세와 원가율·연구개발비 추이가 이어지는지 확인할 시점이다.

  5. 2027년 하반기

    노바티스에 기술이전된 CKD-510의 심방세동 적응증 임상 2상 종료가 예상되는 시점이다. 데이터 발표 여부와 후속 마일스톤 유입 가능성을 확인해야 한다.

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종합 의견

종근당은 위고비·아일리아 등 도입품목을 축으로 외형 성장을 지속하고 있지만, 원가율 상승과 연구개발비 확대가 맞물려 영업이익률은 낮은 구간에 머물러 있다.

2023년 기술이전 관련 이익이 크게 늘었던 이후 두 해 연속 실적이 정상화·축소되는 흐름을 보였고, 2026년 상반기에도 매출은 늘었지만 이익은 정체된 모습이다.

배곧 연구단지 투자와 R&D 비율 상승은 재무 부담을 키우는 요인으로, 부채비율이 2024년 62.7%에서 2025년 78.9%로 높아진 점이 이를 보여준다. 하반기에는 혁신형 제약기업 인증 심사와 콜린알포세레이트 유효성 심의라는 두 개의 정책 변수가 실적과 재무구조에 추가 영향을 줄 수 있다.

동시에 CKD-510을 비롯한 신약 파이프라인은 중장기 성장 스토리의 핵심으로 거론되지만, 임상 데이터와 상업화까지는 시간이 더 필요한 상황이다. 결국 단기 실적의 방향은 도입품목 원가 구조와 정책 이벤트 결과에, 중장기 방향은 파이프라인의 임상 성과에 좌우될 것으로 보인다.

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참고 출처

  1. 한국거래소(KRX) — 시세 · 시가총액 · 거래량
  2. 금융감독원 전자공시(DART) — 재무제표 · 배당 공시
기사·자료 18건 더 보기
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리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04

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