PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 0원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감
3,246억원을 투입한 충주 바이오·케미칼 공장이 실제 매출로 이어지는 속도가, 3년 연속 매출 감소와 최근 영업적자 전환을 겪고 있는 이연제약의 다음 국면을 가를 변수로 지목된다.
2025년 연결 매출은 1,459억원으로 전년 대비 소폭 감소했고, 영업이익은 303억원 손실로 적자 전환했다.
2025년 2분기부터 2026년 2분기까지 5개 분기 연속 영업손실과 순손실이 이어지고 있다.
충주공장은 KGMP·바이오의약품 전문수탁 GMP 인증을 마쳤고, 주사제 생산을 시작했지만 대형 수주 공시는 아직 나오지 않았다.
습성 황반변성 유전자치료제 NG101은 FDA 패스트트랙 지정을 받았고, 임상 1/2a상 데이터가 올해 ARVO에서 공개됐다.
850억원 규모 3회차 전환사채의 전환가액이 리픽싱됐고, 2026년 10월 무렵 풋옵션 행사 가능 시점이 도래한다.
이연제약은 오랜 역사를 가진 국내 중견 제약사로, 케미컬(합성의약품) 사업과 바이오 사업을 두 축으로 하고 있다. 케미컬 부문은 조영제, 항생제, 순환기·소화기계 치료제 등 전문의약품과 원료의약품을 생산해 국내외에 공급하며 회사의 안정적인 현금창출 기반 역할을 한다.
최근 일본 제약사와는 메티실린 내성 황색포도알균(MRSA) 치료용 항생제 원료를 5년 장기 계약으로 공급하기로 하고 현지 등록 절차를 마쳤다.
바이오 부문은 충북 충주에 총 3,246억원을 투입해 건설한 바이오·케미칼 공장을 기반으로 하며, 플라스미드DNA(pDNA)·바이러스 벡터·mRNA 등 원료부터 완제까지 원스톱으로 생산할 수 있는 위탁개발생산(CDMO) 역량을 갖췄다.
이 공장은 2023년 8월 KGMP 인증, 2024년 11월에는 바이오의약품 전문수탁 GMP 인증을 각각 획득했다.
회사는 뉴라클제네틱스(현 엘리시젠)와 공동 개발 중인 습성 노인성 황반변성 유전자치료제 'NG101'의 전 세계 독점 생산권을 확보해 두었으며, 이 물질이 상업화되면 충주 바이오공장이 글로벌 독점 생산기지가 될 전망이다.
이 밖에도 테라베스트(NK세포치료제), 애니머스큐어(근감소증) 등 다수의 바이오벤처와 공동개발 및 업무협약을 체결해 파이프라인을 확충하고 있다.
국내 CDMO 시장에는 삼성바이오로직스, 롯데바이오로직스, CJ제일제당 등 대형 자본을 앞세운 후발주자들이 속속 진입하고 있어, 이연제약은 국내에서 드문 pDNA 전용 생산 설비 등 특화 영역에서 차별화를 모색하는 구도다.
| 분기 | 매출액 | 영업이익 | 영업이익률 |
|---|---|---|---|
| 2025Q2 | 377억 | -111억 | −29.4% |
| 2025Q3 | 376억 | -72억 | −19.2% |
| 2025Q4 | 339억 | -82억 | −24.1% |
| 2026Q1 | 361억 | -67억 | −18.5% |
| 2026Q2 | 358억 | -70억 | −19.5% |
| 연도 | 매출액 | 영업이익 | 지배주주 순이익 | 영업이익률 | ROE | 부채비율 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2022 | 1,540억 | 96억 | 74억 | 6.3% | 3.0% | 95.6% |
| 2023 | 1,511억 | 40억 | 36억 | 2.7% | 1.4% | 101.0% |
| 2024 | 1,483억 | 79,259,194원 | 42억 | 0.1% | 1.7% | 100.0% |
| 2025 | 1,459억 | -303억 | -296억 | −20.7% | −13.5% | 111.1% |
연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-08-21
이연제약의 연결 매출액은 2022년 1,540억원에서 2023년 1,511억원, 2024년 1,483억원, 2025년 1,459억원으로 4년 연속 소폭 감소했다.
같은 기간 영업이익은 2022년 96억원(영업이익률 6.3%)에서 2023년 40억원(2.7%), 2024년 0.8억원(0.1%)으로 줄어든 뒤 2025년에는 303억원의 영업손실(영업이익률 -20.7%)로 적자 전환했다.
지배주주 순이익 역시 2022년 74억원, 2023년 36억원, 2024년 42억원의 흑자를 유지했으나 2025년에는 296억원의 순손실을 기록했다.
이 같은 수익성 악화는 2021년 완공된 충주 바이오·케미칼 공장의 감가상각비가 2024년 유형자산 본계정 전환 이후 매출원가에 본격적으로 반영되면서 매출원가율이 크게 높아진 영향이 크다는 게 회사 측 설명이다.
반면 판관비율은 꾸준히 낮아지는 추세를 보이고 있어 원가구조 외 비용 통제는 진행되고 있는 모습이다.
분기별로 보면 2025년 2분기 111억원의 영업손실을 기록한 이후 3분기 72억원, 4분기 82억원, 2026년 1분기 67억원, 2분기 70억원의 영업손실을 이어가며 5개 분기 연속 적자가 지속되고 있다.
지배주주 순손실도 2025년 2분기 131억원에서 2026년 2분기 68억원까지 분기별 등락은 있지만 여전히 적자권을 벗어나지 못하고 있으며, 최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 합산 지배주주 순손실은 약 342억원에 이른다.
이 기간 분기 매출은 340억~380억원 구간에서 방향성 없이 등락을 반복하고 있어, 외형 성장보다는 원가구조 정상화가 우선 과제로 남아 있다.
재무구조 측면에서는 자기자본이 2022년 2,478억원에서 2025년 2,203억원으로 줄어든 반면 부채는 2,369억원에서 2,448억원으로 늘어나 부채비율이 95.6%에서 111.1%로 높아졌다.
국내 바이오·제약 산업은 CDMO(위탁개발생산) 역량 확충 경쟁이 뜨겁다. 삼성바이오로직스, 롯데바이오로직스, CJ제일제당 등 대형 자본이 속속 CDMO 시장에 진출하면서 경쟁 강도가 높아지고 있다.
이런 가운데 이연제약은 국내에서 드문 대장균 발효 기반 pDNA 전용 생산 설비와 AAV(아데노부속바이러스) 공정 기술을 함께 갖춰, 세포유전자치료제(CGT) 원료 분야에서 차별화된 지위를 노리고 있다.
업계 관계자는 CGT 원료 생산과 바이오의약품 CDMO 수주가 본격화되면 공장 가동률이 올라가면서 수익성 개선 속도도 빨라질 것이라고 내다봤다.
전방 시장인 습성 노인성 황반변성 치료제 시장은 2023년 약 9조원에서 2031년 약 23조원으로 성장할 전망이며, 그 중 유전자치료제 하위 시장은 2026년 약 7천억원에서 2031년 약 7조원 규모로 커질 것으로 전망된다.
반면 국내 케미컬·제네릭 사업은 약가 정책 변수에 매출이 좌우되는 구조로, 2025년에도 약가 인하 영향으로 매출이 일부 감소했다고 회사는 설명했다.
전통 제약사에서 바이오 CDMO로 사업모델을 전환하는 과정에서 대규모 선행투자 부담을 먼저 지고 매출은 뒤따라오는 시차가 발생하는 것은 이연제약뿐 아니라 업종 전반의 특징이기도 하다.
회사는 올해를 기점으로 충주공장이 주사제, 바이오의약품, CDMO 등 다양한 분야에서 본격 가동되며 매출 성장을 이끌 것이라는 목표를 제시했다.
실제로 지난해 주사제 품목허가를 받아 충주공장에서 생산을 시작했으며, 공시 기준(전년 매출의 10% 이상)에 못 미치는 규모의 국내외 수주도 꾸준히 유입되고 있다는 게 회사 측 설명이다.
파이프라인에서는 NG101의 임상 1/2a상 저용량군 피험자의 52주 추적 결과, 평균 주사 횟수가 기존 치료 대비 약 89% 줄어든 데이터가 올해 미국안과학회(ARVO 2026)에서 공개됐다.
회사는 올 하반기 12개월 이상 추적 데이터와 중·고용량군 데이터를 추가로 내놓을 계획이며, 시장 규모가 더 큰 건성 황반변성으로 적응증을 확장하는 방안도 추진하고 있다.
NG101은 2024년 11월 미국 FDA로부터 패스트트랙 지정을 받아, 임상 2상 이후 가속승인, 3상 완료 후 우선심사 신청이 가능한 경로를 열어두고 있다.
자금 측면에서는 지난해 9월 2회차 CB(700억원)에 대한 풋옵션이 행사됐으나, 3회차 CB(850억원) 조달 자금으로 전액 조기 상환을 완료해 당시의 유동성 리스크는 해소된 상태다.
다만 3회차 CB의 전환가액이 주가 하락에 따라 최저 조정 한도인 11,858원까지 리픽싱된 상태여서, 향후 주가 흐름에 따라 유사한 상환 부담이 재현될 가능성은 남아 있다.
이연제약은 2025년 연결 기준 순손실을 기록하면서 주가수익비율(PER)은 의미 있게 산정되지 않는 구간에 놓여 있다. 주가순자산비율(PBR)은 시가총액이 연결 자기자본에 근접하거나 이를 밑도는 수준에서 형성돼 있어, 순자산가치 대비 큰 폭의 프리미엄이 반영된 구간과는 거리가 있다.
최근 회계연도 기준 현금배당은 실시되지 않아, 배당을 통한 주주환원 매력은 제한적인 편이다. 과거 영업이익을 냈던 2022년 이전과 달리 최근에는 다시 적자 국면에 들어서 있어, 실적과 밸류에이션의 관계를 판단하려면 충주공장 가동률 상승에 따른 수익성 회복 여부를 함께 살펴볼 필요가 있다. 3회차 전환사채의 전환가액이 리픽싱된 점도 향후 주식 수 희석 가능성과 연결해 참고할 부분이다.
PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-08-21
충주 바이오·케미칼 공장은 원료부터 완제까지 원스톱 생산이 가능한 설계로, 내부·외부 유휴 공간을 활용하면 현재의 생산능력을 추가 증설 없이도 늘릴 수 있는 구조다. 2023년 KGMP, 2024년 바이오의약품 전문수탁 GMP 인증을 각각 획득해 인증 절차는 마무리된 상태다.
지난해부터 주사제 품목허가를 받아 생산을 시작했고, 일본 제약사와의 MRSA 항생제 원료 5년 장기 공급계약 등 공시 기준에 못 미치는 소규모 수주도 이어지고 있다. 가동률이 실제로 올라갈 경우 고정비 부담이 완화되며 수익성 개선 속도가 빨라질 수 있다는 게 업계의 시각이다.
습성 노인성 황반변성 유전자치료제 NG101은 임상 1/2a상 저용량군에서 52주간 평균 주사 횟수를 기존 치료 대비 약 89% 줄이면서도 83%의 환자가 1회 이하의 추가 주사로 시력을 유지한 데이터를 공개했다.
이 물질은 2024년 11월 미국 FDA로부터 패스트트랙으로 지정돼 개발 단계별 규제기관과의 소통 경로가 열려 있다. 이연제약은 이 치료제의 전 세계 독점 생산권을 보유하고 있어, 상업화가 진전될 경우 충주 바이오공장이 글로벌 독점 생산기지 역할을 맡게 된다. 시장이 더 큰 건성 황반변성으로 적응증을 확장하는 전략도 함께 추진되고 있다.
케미컬(합성의약품) 부문은 조영제, 항생제, 원료의약품 등을 기반으로 2023년 46억원, 2024년 56억원, 2025년 83억원으로 영업이익이 꾸준히 늘고 있다. 이는 바이오 부문에서 대규모 투자 비용이 선반영되는 시기에도 회사 전체의 현금창출 기반 역할을 하고 있다.
최대주주 및 특수관계자 지분이 55% 이상으로 안정적인 지배구조를 유지하고 있어 경영 방향의 일관성 측면에서도 참고할 만하다.
이연제약의 연결 매출액은 2022년 1,540억원을 정점으로 3년 연속 줄었고, 2025년 영업이익은 303억원의 손실로 적자 전환했다.
2025년 2분기부터 2026년 2분기까지 5개 분기 연속으로 영업손실과 순손실이 이어지고 있으며, 분기 매출도 340억~380억원 구간에서 뚜렷한 성장 방향을 보이지 못하고 있다.
매출원가율이 2021년 44.4%에서 2025년 73.8%까지 치솟은 것은 충주공장 감가상각비 부담이 본격적으로 반영된 결과로 분석된다.
3,246억원이 투입된 충주공장은 2021년 준공됐지만 상업 생산 개시까지 상당한 시간이 걸렸고, 일각에서는 가동 지연에 대한 지적도 제기됐다.
회사는 공시 기준에 못 미치는 소규모 수주가 이어지고 있다고 설명하지만, 전년 매출의 10% 이상에 해당하는 대형 수주 공시는 아직 나오지 않고 있어 가동률 상승의 속도를 외부에서 가늠하기 어려운 상황이다. 대규모 설비투자가 비용으로 먼저 반영되는 구간이 얼마나 더 이어질지가 관건으로 남아 있다.
부채비율은 2022년 95.6%에서 2025년 111.1%로 높아졌고, 현금 및 현금성 자산은 2021년 말 667억원에서 2025년 3분기 말 85억원까지 줄어든 바 있다.
2회차 CB(700억원)에 대한 풋옵션이 행사되며 대규모 자금 조달이 불가피했고, 이를 3회차 CB(850억원) 발행으로 대응하는 과정에서 이자율 부담이 0%에서 5%로 높아졌다.
3회차 CB의 전환가액은 주가 하락에 따라 최저 조정 한도인 11,858원까지 낮춰졌으며, 주가가 이 수준을 지속적으로 밑돌 경우 향후 풋옵션 행사에 따른 자금 부담이 재차 발생할 가능성이 있다.
부채비율 상승과 현금성자산 감소가 겹치며 자금조달 의존도가 높아진 상태다. 전환사채 조건상 주가가 전환가액을 지속적으로 밑돌면 투자자들이 풋옵션을 행사할 수 있어, 주가 흐름에 따라 상환 자금 부담이 재발할 가능성이 있다.
영업활동현금흐름도 감가상각비 등 비현금성 비용 가산에 상당 부분 의존하는 구조여서 실질적인 현금창출력 개선이 과제로 남아 있다.
이연제약은 과거 품질 부적합에 따른 리콜, 이물 혼입에 따른 회수, 공급규정 위반에 따른 제조업무정지 등 식약처 행정처분을 받은 이력이 있다. 신규 가동에 들어가는 충주공장에서도 품질관리 체계의 안정성이 중요한 변수이며, 국내 약가 인하 정책은 케미컬 부문 매출에 지속적인 하방 압력으로 작용할 수 있다.
NG101은 아직 임상 1/2a상 단계로, 공개된 데이터는 저용량군 소수 피험자를 대상으로 한 결과이며 중·고용량군 데이터와 대규모 후속 임상 결과는 아직 확인되지 않았다. 유전자치료제 분야는 글로벌 경쟁사들도 다수 진입해 있어 상업화 시점과 시장 점유 확보 여부는 불확실성이 남아 있다.
3회차 전환사채(850억원) 관련 조기상환청구권(풋옵션) 행사 가능 시점이 도래한다. 주가와 리픽싱된 전환가액(11,858원)의 관계를 살펴 자금 부담 재발 가능성을 확인할 필요가 있다.
NG101의 12개월 이상 추적 데이터와 중·고용량군 데이터 추가 공개가 예정돼 있어, 효능 지속성과 용량별 반응 차이를 확인할 필요가 있다.
3분기 실적 공시에서 충주공장발 매출 기여와 매출원가율·가동률 개선 신호가 나타나는지 확인할 시점이다.
전년 매출의 10% 이상에 해당하는 신규 CDMO 또는 원료의약품 수주 공시가 나오는지 지속적으로 확인할 필요가 있다. 이는 가동률 상승을 가늠할 가장 직접적인 근거가 된다.
이연제약은 케미컬 부문의 꾸준한 이익 기여와 충주공장을 통한 바이오 CDMO·유전자치료제 사업으로의 확장이라는 두 축으로 구성돼 있다. 다만 2025년 연결 영업손실 전환과 5개 분기 연속 적자가 보여주듯, 대규모 설비투자에 따른 감가상각비 부담이 매출 회복 속도를 앞지르고 있는 상황이다.
NG101의 임상 데이터와 FDA 패스트트랙 지정은 파이프라인의 잠재력을 보여주지만 아직 초기 임상 단계이며, 충주공장의 실제 대형 수주는 외부에 구체적으로 확인되지 않고 있다.
재무 측면에서는 부채비율 상승과 3회차 전환사채의 전환가액 리픽싱이 향후 자금조달 부담과 주식 희석 가능성을 함께 안고 있는 요인으로 남아 있다.
결국 향후 실적의 방향성은 충주공장 가동률이 실제로 얼마나 빠르게 올라가는지, 그리고 NG101을 비롯한 파이프라인이 임상 단계를 얼마나 순조롭게 진전시키는지에 달려 있다. 투자자들은 분기별 매출원가율 추이와 CDMO 수주 공시, CB 관련 이벤트를 함께 추적할 필요가 있다.
리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04
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