코스닥바이오·제약087010

펩트론

130,300원▼ 8.56%2026-10-02 장마감
시가총액
3조원
거래대금
271억원
거래량
20만주
상장주식수
2,332만주
PER
—
PBR
28.2배
EPS
-883원
배당수익률
0.00%

PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 0원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감

01

리포트 개요

릴리 기술평가 시한과 신공장, 확인의 시간

펩트론의 기업가치는 매출이 아니라 스마트데포 플랫폼의 글로벌 본계약 전환 여부에 걸려 있고, 그 판단 시한이 2026년 10월 초로 다가와 있다.

  1. 1

    2024년 10월 7일 체결한 일라이 릴리와의 플랫폼 기술평가 계약은 당초 약 14개월에서 최대 24개월로 정정 공시되며 종료 시한이 2026년 10월 7일까지 늘어났다.

  2. 2

    확정 실적은 여전히 소규모다. 2025년 매출 56.3억원, 영업손실 213억원이며 영업활동 현금흐름도 4년 연속 순유출이다.

  3. 3

    오송 제2공장은 총투자 890억원 규모로, 2026년 9월 3일 GC녹십자이엠과 시공계약을 체결하며 투자기간 종료일이 2028년 2월 15일로 변경됐다.

  4. 4

    자체 파이프라인에서는 세마글루타이드 기반 월 1회 제형 PT403이 2026년 8월 식품의약품안전처에 임상 1상 시험계획을 신청해 임상 단계 진입을 추진 중이다.

  5. 5

    상업화 실적은 LG화학이 국내 판권을 가진 장기지속형 제품 한 종에 사실상 국한돼 있어, 신공장 가동률을 채울 수요 확보가 핵심 과제로 지적된다.

02

사업 구조

펩트론은 펩타이드 의약품과 약효지속성(장기지속형) 주사제 플랫폼을 핵심 자산으로 하는 코스닥 상장 바이오 기업이다.

핵심 기술인 스마트데포는 생분해성 고분자 PLGA를 기반으로 약물을 미립구에 봉입해 약효를 장기간 지속시키는 약물전달 플랫폼이며, 투여 후 약물이 서서히 방출되도록 해 1개월에서 6개월까지 약효를 유지하는 것을 목표로 한다.

매출 구조는 소규모 제품·용역 매출과 연구개발 관련 수익이 섞여 있어 특정 부문이 압도적 비중을 차지하는 제조업형 구조와는 다르다. 자체 상업화에 성공한 제품은 LG화학이 국내 독점 판권을 보유한 루프원이 유일하다.

2025년 10월 1개월 지속형 전립선암 치료제 루프원의 첫 상업생산 물량을 출하했고, LG화학이 성조숙증 치료제로 루프원을 출시하면서 펩트론은 오송 생산시설에서 상업 생산을 시작했다.

파트너십 측면에서는 스마트데포 플랫폼을 릴리가 보유한 펩타이드 약물들에 적용하는 공동연구를 위해 비독점 라이선스를 부여한 계약이 회사의 가장 중요한 사업 축이다.

자체 파이프라인으로는 세마글루타이드 기반 월 1회 제형 PT403이 선두에 있고, 파킨슨병 치료제 PT320은 국내 임상 2상에서 통계적 유의성을 확보하지 못해 후속 임상이 중단된 상태다.

경쟁 구도에서는 릴리가 또 다른 장기지속형 제형 파트너로 스웨덴 카무루스와 협력하고 있으며, 카무루스는 상업화 제품을 통해 연간 3000억원대 매출과 700억원대 순이익을 올린다는 점이 비교 대상으로 자주 거론된다.

즉 펩트론은 기술 플랫폼과 cGMP 생산 역량을 함께 보유한 소수 사업자이면서도, 매출 실체는 아직 플랫폼 기대를 뒷받침하기에 작은 단계에 있다.

03

실적 추이

분기 매출 · 영업이익
매출액영업이익
연간 매출 · 영업이익
매출액영업이익
분기 실적 · 최근 5분기
분기매출액영업이익영업이익률
2025Q214억-50억−349.2%
2025Q316억-62억−389.3%
2025Q410억-57억−576.4%
2026Q120억-58억−293.8%
2026Q214억-79억−549.9%
연간 실적
연도매출액영업이익지배주주 순이익영업이익률ROE부채비율
202258억-152억-151억−261.9%−28.4%28.6%
202333억-159억-159억−475.3%−44.1%45.3%
202432억-165억-220억−524.3%−14.5%11.3%
202556억-213억-138억−377.3%−9.7%26.0%

연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-09-04

04

실적 분석

확정 실적은 연구개발 단계 기업의 전형적인 모습이다. 2025년 매출은 56억 3482만원으로 2024년 31억 5218만원 대비 78.8% 증가했지만, 영업손실은 165억원에서 213억원으로 확대됐고 영업이익률은 마이너스 377.3%를 기록했다.

매출 자체가 2022년 58억 1400만원, 2023년 33억 4189만원, 2024년 31억 5218만원, 2025년 56억 3482만원으로 30억~60억원 구간을 오가는 수준이어서, 고정비와 연구개발비를 흡수할 규모에 이르지 못했다.

순손실은 2025년 138억 2378만원으로 2024년 220억 3367만원보다 줄었는데, 영업손실이 오히려 커진 가운데 순손실이 축소된 것은 영업외 손익이 완충 역할을 한 결과로 해석된다. 현금 창출력은 계속 마이너스다.

영업활동 현금흐름은 2022년 -117억 2000만원, 2023년 -109억 7348만원, 2024년 -127억 6643만원, 2025년 -205억 8634만원으로 유출 규모가 커졌다. 재무구조는 자본조달로 크게 달라졌다.

자기자본은 2023년 말 361억 2701만원에서 2024년 말 1517억 856만원으로 늘었고 2025년 말 1420억 869만원이며, 부채총계 369억 7094만원 기준 부채비율은 26.0%로 2023년 45.3%보다 낮다.

분기 흐름을 보면 2025년 2분기 매출 14억 2561만원·영업손실 49억 7870만원에서, 2025년 3분기 16억 169만원·62억 3544만원 손실, 2025년 4분기 9억 8728만원·56억 9067만원 손실, 2026년 1분기 19억 6663만원·57억 7817만원 손실, 2026년 2분기 14억 4527만원·79억 4793만원 손실로 이어졌다.

2026년 2분기 영업손실과 지배주주 순손실 77억 1307만원은 제시된 5개 분기 중 가장 큰 규모이며, 최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 합산 매출은 약 60억원, 합산 영업손실은 약 257억원이다.

05

산업 분석

전방 시장은 GLP-1 계열 비만·당뇨 치료제이며, 경쟁의 축이 체중 감소 폭에서 투여 편의성으로 이동하는 국면에 있다.

당뇨와 비만을 포함한 만성질환 치료제 시장에서 투약 주기를 늘린 장기지속형 제형 개발 경쟁이 확대되면서, 후보물질 개발뿐 아니라 임상 이후 상업생산까지 연결할 수 있는 제조·품질관리 역량도 주요 경쟁 요소로 부상하고 있다.

장기 치료가 필요한 GLP-1 계열 시장에서 반복 투약 부담과 위장관계 부작용이 과제로 꼽히는 만큼, 월 1회 투여 제형은 환자 편의성과 치료 순응도 측면에서 차별화 여지가 있다는 것이 개발사들의 공통된 논리다. 다만 빅파마의 선택지는 하나가 아니다.

글로벌 빅파마들이 비만 치료제 경쟁에서 장기지속형 제형화 파트너사를 선점하는 흐름 속에서 릴리는 또 다른 장기지속형 제형 파트너로 카무루스와 손을 잡았다.

국내에서도 장기지속형 제형을 표방하는 기업이 복수 존재하고, 화이자 등 대형사도 멧세라의 비만약 후보물질 아시아 임상을 확대하며 장기지속형 전략에 속도를 내는 것으로 보도됐다.

사이클 관점에서 이 시장은 수요 자체가 초기 확장 국면이지만, 제형 기술 공급자 입장에서는 소수 빅파마의 채택 여부에 성패가 좌우되는 집중 리스크를 안고 있다.

유의미한 금액의 기술이전 실적이 아직 없고 매출은 수십억원대인 반면 시장에서 부여된 기업가치는 조 단위라는 구조적 간극이 업계에서 반복적으로 지적되는 대목이다.

06

전망

가장 가까운 확인 지점은 릴리 기술평가의 종료 시한이다. 회사는 2025년 12월 1일 기술평가 종료일을 기존 약 14개월에서 약 14개월, 최대 24개월로 정정 공시했고, 이는 종료일이 2026년 10월 7일까지 늘어날 수 있다는 의미다.

완전 지불된 로열티가 없는 제한된 라이선스인 만큼 후속 본계약 체결 여부가 핵심 쟁점으로 남아 있다. 회사 측 설명은 일관되게 정상 진행이다.

펩트론은 2026년 7월 10일 입장문에서 공동연구가 특정 상업화 제품 하나만을 대상으로 하지 않으며 차세대 비만·당뇨 후보물질과 중추신경계 물질을 포함한 복수 물질에 대해 계획대로 진행되고 있다고 밝혔다.

다만 공동연구 대상 물질과 평가 결과는 계약상 비밀유지 의무로 공개할 수 없다고 회사는 설명해, 외부에서 진척도를 직접 검증하기 어려운 구조다. 자체 파이프라인 일정은 구체화됐다.

회사는 2026년 8월 25일 식품의약품안전처에 세마글루타이드 기반 1개월 지속형 후보물질 PT403의 임상 1상 시험계획 승인을 신청했다고 공시했고, 임상시험 기간은 식약처와 충남대병원 임상시험심사위원회 승인일로부터 12개월로 설정됐다. 생산 인프라는 시공사 선정으로 한 단계 진전했다.

2026년 9월 3일 GC녹십자이엠과 시공계약을 체결하며 제2공장 건설을 본격화하고 2028년 2월 준공을 목표로 한다고 밝혔으며, 투자기간 종료일은 기존 2027년 6월 30일에서 2028년 2월 15일로 변경됐고 총투자금액은 890억원으로 유지됐다.

회사는 자체 파이프라인 생산뿐 아니라 글로벌 파트너십 확대에 따른 임상용·상업용 생산 수요까지 대응할 인프라를 확보한다는 계획이라고 설명한다.

07

밸류에이션

PER
—
PBR
28.2배
ROE
-15.0%
EPS
-883원
BPS
5,573원
주당배당금
0원

펩트론은 최근 4개 연도 모두 영업손실과 순손실을 기록했기 때문에 이익 기반 배수는 산출되지 않는다. 따라서 시장이 참조할 수 있는 배수는 순자산 대비 지표로 좁혀지는데, 현재 주가는 주당순자산 수준을 여러 배 웃도는 프리미엄 구간에서 형성돼 있다.

배당은 확정 재무 기준으로 지급 실적이 없어 배당수익률로 비교할 근거가 없고, 이는 배당을 지급하는 제약·바이오 대형사와의 비교를 어렵게 만든다. 결국 밸류에이션의 근거가 확정 실적이 아니라 플랫폼 기술료·본계약 기대에 놓여 있다는 뜻이다.

이 지점에 대해 더벨은 2026년 2월 기사에서 유의미한 금액의 기술이전 건수가 없고 매출은 수십억원대인데 시가총액은 조 단위라는 대비를 지적했다.

실적 기반 지표와 시장가치 사이의 간극이 큰 만큼, 릴리 평가 결과와 자체 임상 진척 같은 비재무 이벤트가 배수 해석을 좌우하는 구조로 보는 것이 사실에 가깝다.

PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-09-04

08

강세 요인

비독점 구조가 남기는 파트너 확장 여지

릴리와의 계약은 스마트데포를 릴리 보유 펩타이드 약물에 적용하는 공동연구를 위한 비독점 라이선스 형태다. 업계에서는 비독점 계약이기 때문에 다른 제약사와의 협업 가능성도 열려 있고, 글로벌 파트너사 후보물질에 스마트데포를 적용하는 협업 수요가 적지 않다는 견해가 제시됐다.

회사는 복수의 글로벌 제약사와 공동개발 및 사업화 논의를 병행하고 있다고 설명했다. 다만 릴리를 제외하고 공시로 구체화된 파트너십은 없다는 점은 동시에 확인해야 할 사실이다.

상업생산 경험과 생산 인프라 구축 진전

2025년 10월 1개월 지속형 전립선암 치료제 루프원의 첫 상업생산 물량을 출하한 것은 스마트데포가 상업화 가능한 수준의 기술 경쟁력을 확보했다는 근거로 거론됐다.

생산 확장 측면에서는 오송첨단의료복합단지 내 5000평 유휴 부지에 FDA cGMP 기준을 충족하는 장기지속형 주사제 전용 공장을 짓고 있으며, 연간 최대 1000만 바이알 생산 능력에 투입 금액은 890억원으로 증액됐다.

2026년 9월 3일 시공사로 선정된 GC녹십자이엠은 GMP 플랜트와 바이오 연구시설 분야에서 500건 이상의 프로젝트 경험을 보유하고 있다. 기술 공급과 생산을 함께 제안할 수 있는 사업자는 국내에 많지 않다.

자체 후보물질 PT403의 임상 단계 진입

PT403은 세마글루타이드에 스마트데포를 적용한 장기지속형 주사제로, 기존 주 1회 투여주기를 월 1회로 연장하는 것을 목표로 개발되고 있다.

2026년 6월 미국당뇨병학회에서 전임상 및 파일럿 임상 자료를 공개했고, 파일럿 임상에서는 건강한 성인 16명을 PT403 단회 투여군과 기존 세마글루타이드 투여군에 각각 8명씩 배정해 초기 약동학과 안전성·내약성을 살폈다.

국내 임상 1상은 충남대병원에서 22명을 대상으로 무작위배정·위약 대조·이중눈가림 방식으로 설계됐다. 파트너 의존도를 낮출 수 있는 자체 자산이라는 점에서 진척 여부가 관찰 대상이다.

09

약세 요인

매출 체력과 투자 규모의 불균형

2025년 매출 56억 3482만원, 영업손실 213억원이라는 확정 실적은 890억원 규모 설비 투자를 자체 현금흐름으로 소화하기 어려운 수준이다. 회사가 공시한 투자 규모는 자기자본의 246.35%에 해당한다고 보도됐다.

영업활동 현금흐름은 2025년 -205억 8634만원으로 전년 -127억 6643만원보다 유출이 커졌다. 릴리 본계약이 이뤄지지 않을 경우 890억원 규모 시설의 가동률을 채울 대안 수요가 존재하는지, 2027년 중반까지 대안 수요가 가시화되지 않으면 시설이 비어 있을 수 있다는 우려가 제기됐다.

반복된 일정 변경과 커뮤니케이션 논란

기술평가 일정은 2025년 12월 1일 정정 공시로 약 14개월에서 최대 24개월로 늘었고, 공장 일정 역시 2025년 12월 투자금액을 650억원에서 890억원으로 늘리며 투자 종료일을 2026년 12월 27일에서 2027년 6월 30일로 연기한 뒤 2026년 9월 다시 2028년 2월 15일로 변경됐다.

회사가 2026년 7월 시장 우려 설명 과정에서 늦어도 9월 착공을 목표로 절차를 진행하고 있다고 밝힌 지 두 달 만에 일정이 바뀐 점도 지적됐다. 공시 방식 자체를 둘러싼 논란도 있었는데, 한국경제는 계약서에 처음부터 24개월이 명시돼 있었는데 14개월만 공개됐고 거래소 정정 요구가 있었다고 보도했다.

경쟁 파트너와 정보 비대칭

릴리는 평가 기간 중 또 다른 장기지속형 제형 파트너로 카무루스와 손을 잡았다.

2026년 7월 9일 최호일 대표가 릴리와의 공동연구에서 다른 펩타이드 제형을 함께 개발하고 있으며 터제파타이드는 포함돼 있지 않다고 언급하고, 터제파타이드 관련 공동연구는 카무루스와 하는 것 같다는 발언을 한 것이 논란을 키웠다.

회사는 해당 발언이 공개된 정보를 바탕으로 한 개인적 견해였으며 타사 계약을 확인하거나 공식 판단한 내용이 아니라고 해명했다. 투자자가 진척도를 직접 확인할 수 없는 비밀유지 구조가 이런 변동성을 키우는 요인이다.

10

리스크 요인

계약 전환 리스크

릴리에 부여한 라이선스는 완전 지불된 로열티가 없는 제한적 비독점 형태이며, 후속 본계약 체결 여부가 핵심 쟁점이다. 기술평가 계약은 플랫폼의 적용 가능성을 검증하는 단계로, 상업화 권리와 계약금·단계별 기술료가 포함되는 기술수출 계약과는 성격이 다르다.

평가가 본계약으로 전환되지 않거나 다시 연장될 경우, 기대에 근거한 기업가치 산정 논리는 재검토 대상이 된다. 계약금액도 릴리의 비밀유지 요청으로 2034년 10월 7일까지 공개가 유보된 상태다.

자금 조달 및 희석

2025년 말 자기자본은 1420억 869만원이고 부채총계는 369억 7094만원으로 재무구조는 비교적 안정적이지만, 4년 연속 영업활동 현금 순유출과 890억원 설비 투자가 동시에 진행된다.

자본은 주가 급등을 활용한 1600억원 규모 조달로 확대된 것으로 보도됐는데, 향후 추가 자금 소요가 발생하면 조달 방식에 따라 기존 주주 지분 희석이나 이자비용 증가가 나타날 수 있다. 매출이 확대되지 않는 국면에서 감가상각비가 늘어날 경우 영업손실 폭에도 영향을 준다. 투자 집행 속도와 자금 조달 계획을 공시로 따라가야 하는 구간이다.

임상·규제 리스크

PT403은 아직 임상 1상 진입 단계로, 건강한 성인을 대상으로 단회 투여 후 안전성·내약성·약동학을 평가하는 초기 시험이다. 후속 용량군 투여 여부는 이전 용량군의 안전성·내약성 정보를 안전성검토위원회가 검토한 뒤 결정되므로 일정이 지연될 여지가 있다.

앞선 사례로 파킨슨병 치료제 PT320은 국내 임상 2상을 마쳤으나 통계적 유의성을 확보하지 못해 후속 임상이 중단됐다. 초기 단계 임상은 성공 확률과 일정 모두 불확실하다는 점을 전제로 볼 사안이다.

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다음 체크포인트

  1. 2026년 10월 7일 전후

    릴리 플랫폼 기술평가의 최대 24개월 시한이 도달하는 시점이다. 상업 라이선스 본계약 체결, 재연장, 종료 중 어느 경로로 정리되는지가 회사 기업가치 논리의 핵심 변수다.

  2. 2026년 4분기

    PT403 임상 1상 시험계획의 식품의약품안전처 승인 여부와 첫 투여 개시 시점을 확인할 구간이다. 임상 기간이 승인일로부터 12개월로 설정돼 있어 승인 시점이 전체 일정의 기준선이 된다.

  3. 2026년 11월 중

    2026년 3분기 분기보고서 공시로 매출 추이, 연구개발비, 판매관리비 및 현금 소진 속도를 확인할 시점이다. 2026년 2분기에 제시된 5개 분기 중 가장 큰 영업손실이 나온 만큼 손실 폭의 방향이 관찰 대상이다.

  4. 2026년 4분기~2027년

    투자기간 종료일이 2028년 2월 15일로 변경된 오송 제2공장의 실제 공정 진척과 자금 집행 속도를 확인해야 한다. 공사 일정과 투자금액, 자금 집행 일정이 달라질 수 있다는 점이 확인 변수로 지적된 바 있다.

  5. 2027년 3월 중

    2026년 연간 사업보고서를 통해 루프원 관련 제품 매출과 연구개발 수익의 구성, 연말 현금성 자산 및 자기자본 변동을 확인할 수 있다. 890억원 투자 계획 대비 재무 여력을 점검하는 기준 자료가 된다.

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종합 의견

펩트론은 확정 실적과 시장이 부여한 기업가치 사이의 거리가 매우 큰 유형의 기업이다. 2025년 매출 56억 3482만원, 영업손실 213억원, 영업활동 현금흐름 -205억 8634만원이라는 수치는 아직 플랫폼 기대를 실적으로 증명하지 못한 단계임을 보여준다.

반대로 2025년 10월 루프원의 첫 상업생산 물량 출하와 2026년 9월 3일 GC녹십자이엠과의 제2공장 시공계약 체결 및 2028년 2월 준공 목표처럼 실체가 확인된 진전도 존재한다. 향후 6~12개월의 관전 포인트는 명확하다.

2026년 10월 7일까지로 늘어난 릴리 기술평가의 결론, PT403 임상 1상 승인·개시, 그리고 890억원 투자 집행에 따른 재무 부담이 동시에 확인된다.

강세 논리는 비독점 구조와 생산 역량이 남기는 파트너 확장 여지에, 약세 논리는 매출 체력 대비 과중한 설비 투자와 반복된 일정 변경에 각각 근거를 두고 있다.

두 논리 모두 같은 이벤트(본계약 여부)에서 갈리는 구조여서, 확인되지 않은 기대치를 사실로 치환하지 않고 공시 기반으로 추적하는 접근이 필요하다. 본 리포트는 정보 제공 목적이며 특정 종목의 매수·매도 의견이나 목표주가를 포함하지 않는다.

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참고 출처

  1. 한국거래소(KRX) — 시세 · 시가총액 · 거래량
  2. 금융감독원 전자공시(DART) — 재무제표 · 배당 공시
기사·자료 18건 더 보기
  1. realtodays.com
  2. pharm.edaily.co.kr
  3. news.nate.com
  4. thebell.co.kr
  5. hitnews.co.kr
  6. hankyung.com
  7. news.dealsitetv.com
  8. cbci.co.kr
  9. press9.kr
  10. thebionews.net
  11. medifonews.com
  12. thebionews.net
  13. biotimes.co.kr
  14. mdtoday.co.kr
  15. news.nate.com
  16. ebn.co.kr
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  18. news.bizwatch.co.kr

리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04

본 콘텐츠는 AI가 시장 데이터와 웹 검색 결과를 분석한 정보 제공용이며, 투자 권유나 추천이 아닙니다. 투자 판단과 그 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 데이터는 지연되거나 오류가 포함될 수 있습니다.