마크로젠

마크로젠은 1997년 설립된 유전체 분석 기반 정밀의학 생명공학기업으로, 국내 유전체 분석 시장에서 점유율 1위, 글로벌 상위 5위권의 역량을 보유한 것으로 알려져 있다.

핵심 사업은 정부기관·대학·연구소·제약사를 고객으로 하는 연구용 시퀀싱 서비스(Research Sequencing)이며, NGS 플랫폼 기반 유전체·전사체 분석과 최근에는 단일세포·공간전사체 등 멀티오믹스 분석까지 영역을 넓혔다.

개인 소비자 대상으로는 유전자 기반 AI 건강관리 플랫폼 '젠톡(GenTok)'을 운영하며, 2026년 3월에는 분석 항목을 175종으로 확대한 '젠톡 플러스'와 혈통 분석 서비스 '진루트'를 함께 출시했다.

마크로젠은 2025년 기준 삼성전자와의 파트너십을 통해 젠톡을 삼성헬스에 탑재했으며 삼성헬스 라이프로그와 연동해 개인 맞춤형 인사이트를 제공하고 있다.

해외 사업은 미국 나스닥·코스닥 이중 상장된 자회사 소마젠(950200)을 통해 미국국립보건연구원(NIH) 등에 유전체 분석 서비스를 공급하는 구조로, 회사 측에 따르면 2024년 연결 기준 해외 매출 비중이 약 60.5%에 달한다.

국가 단위 사업으로는 '국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업(K-DNA)'에 국내 최대 규모로 선정돼 유전체 생산기관 역할을 수행하고 있으며, 유럽 전역에 지놈센터를 단계적으로 설립하고 동남아시아에서는 CAP 인증 암 패널을 출시하는 등 지역 확장을 진행 중이다.

경쟁 구도상으로는 일루미나 등 시퀀싱 장비 제조사와 BGI·MGI 등 중국계 유전체 서비스 기업이 주요 경쟁자로 꼽히며, 최근 신규 시퀀싱 장비 업체(Ultima 등)의 등장으로 장비 단가 인하 압력이 커지는 환경이 조성되고 있다.

마크로젠의 연간 매출은 2022년 1,386억원, 2023년 1,328억원, 2024년 1,358억원으로 정체되다가 2025년 1,953억원으로 43.6% 급증했다.

다만 영업이익은 2022년 53억원(영업이익률 3.8%) 이후 2023년 -4억원, 2024년 -65억원의 적자를 기록했고, 2025년에는 1.8억원으로 간신히 손익분기점을 넘어서는 데 그쳤다(영업이익률 0.1%).

순이익 측면에서는 지배주주 기준으로 2022년 -223억원, 2023년 -168억원, 2024년 -78억원의 연속 적자에서 2025년 +20억원으로 전환에 성공했는데, 이는 연결 전체 순이익(-2억원)과는 별개로 비지배주주 손익 배분 구조의 영향을 받은 결과다.

분기 흐름을 보면 2025년 2분기 영업손실 15억원에서 3분기 영업이익 11억원으로 흑자 전환했고, 4분기에는 매출 563억원, 영업이익 36억원(분기 중 최대)까지 확대됐다.

그러나 2026년 1분기에는 매출이 453억원으로 줄고 영업손실 5억원을 다시 기록하는 등 계절적 변동성이 뚜렷했으며, 2분기에는 매출 510억원, 영업이익 7억원으로 다시 흑자로 복귀했다.

특히 2026년 2분기 지배주주 순이익은 49억원으로 같은 분기 영업이익(7억원) 대비 크게 확대됐는데, 이는 영업외 손익이나 비지배주주 손익 배분 등 일회성 요인이 작용했을 가능성을 시사하며 향후 공시를 통한 확인이 필요하다.

최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 합산으로는 매출 2,016억원, 영업이익 49억원, 지배주주 순이익 103억원을 기록해, 연간 기준으로도 개선 흐름이 이어지는 모습이다.

현금흐름 측면에서는 2025년 영업활동현금흐름이 223억원으로 2024년(71억원), 2023년(48억원), 2022년(108억원)을 크게 상회해, 손익 지표보다 현금창출력의 개선이 먼저 확인되고 있다.

글로벌 유전체 분석 산업은 차세대 시퀀싱(NGS) 장비 가격 하락과 국가 단위 바이오 빅데이터 프로젝트 확산이라는 두 가지 축으로 재편되고 있다.

최근 새로운 시퀀싱 장비 업체(Ultima 등)의 등장으로 장비 제조사 간 경쟁이 심화되며 단가 인하 압력이 커지고 있는데, 이는 마크로젠과 같은 서비스 사업자 입장에서는 원가 부담을 낮출 수 있는 우호적 환경으로 해석될 수 있다.

동시에 한국의 K-DNA와 유사한 국가 단위 유전체 빅데이터 구축 사업이 아시아와 유럽 각국에서 확산되는 흐름이 나타나고 있어, 처리 물량 확대에 따른 추가 수주 기회가 열려 있다는 평가가 나온다.

미국에서는 중국 유전체·바이오 기업과의 거래를 제한하는 생물보안법이 2025년 12월 국방수권법(NDAA)에 포함돼 최종 발효됐으며, 이에 따라 BGI·MGI 등 중국계 기업이 점유하던 미국 내 유전체 분석 수요의 공백을 한국·일본·유럽 기업이 나눠 가질 가능성이 거론된다.

마크로젠은 미국 현지법인 소마젠을 통해 미국국립보건연구원(NIH) 등에 서비스를 제공해온 실적을 보유하고 있어 이러한 재편의 수혜 후보로 언급되지만, 우려기업 명단 공표와 세부 시행규정 확정까지는 시간이 소요될 전망이다.

경쟁 강도 측면에서는 국내 시장 1위 지위를 유지하고 있으나 글로벌 시장에서는 일루미나 등 장비 대기업 및 대형 CRO들과의 격차가 여전히 존재하며, 단백체(프로테오믹스) 시장 등 인접 영역에서도 경쟁이 확대되는 양상이다.

산업 사이클상으로는 그간의 매출 정체·적자 국면에서 벗어나 물량 증가에 따른 고정비 희석 효과가 나타나는 초기 회복 구간으로 진입했다는 시각이 있다.

마크로젠은 2026년 6월 인천 송도국제도시에서 '송도글로벌지놈센터' 준공식을 열고 유전체 빅데이터와 AI 기술을 결합한 정밀의료 전략을 본격화했다.

이 센터는 연면적 1만 8,500㎡, 지상 8층 규모로 조성됐으며, 유전체 데이터 생산부터 AI 기반 해석, 임상 분석까지 한 곳에서 수행할 수 있도록 설계됐고, 현재 연간 약 30만 개 샘플 시퀀싱이 가능한 것으로 회사는 설명하고 있다.

회사는 이 센터를 미국 소마젠 및 일본·유럽 거점을 연결하는 글로벌 허브로 운영하며 향후 1,000만 명 규모의 유전체 빅데이터 프로젝트도 추진할 계획이라고 밝혔다. 또한 센터 준공과 함께 구글 워크스페이스 기반의 클라우드·AI 협업 환경을 구축하는 등 전사적 AI 전환(AX)을 추진 중이다.

국가 프로젝트 측면에서는 K-DNA 등 대형 국책 과제 수행 인프라를 갖추고 있으며, 강북삼성병원과의 AI 기반 맞춤형 케어 국가과제 계약 체결 등 관련 계약이 이어지고 있는 것으로 파악된다. 미국 시장에서는 소마젠이 마이클 J.

폭스 재단과의 파킨슨병 유전체 분석(GP2) 프로젝트에서 15만개 목표 물량 중 절반이 넘는 수주를 확보한 것으로 알려져 있어, 생물보안법 시행에 따른 추가 계약 확대 여지가 주목된다.

소비자 대상 사업에서는 '젠톡 플러스'와 '진루트' 등 신규 서비스 출시로 데이터 자산 확대를 추진하고 있으며, 삼성헬스와의 연동을 통한 고객 접점 확대도 진행형이다. 다만 이러한 신규 인프라·서비스 투자가 실제 매출과 이익으로 얼마나 빠르게 전환될지는 향후 분기 실적에서 확인이 필요한 부분이다.