코스피바이오·제약007460

에이프로젠

2,105원▲ 6.53%2026-10-02 장마감
시가총액
549억원
거래대금
8억원
거래량
36만주
상장주식수
2,565만주
PER
—
PBR
0.8배
EPS
-3,906원
배당수익률
0.00%

PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 0원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감

01

리포트 개요

적자 지속 속 신약·CDMO 파이프라인 확장

매출은 줄고 적자는 다시 확대됐지만, 허셉틴 바이오시밀러 허가전략 진전과 관절염·희귀질환 신약 파이프라인 확장이 동시에 진행되고 있다.

  1. 1

    2025년 연결 매출 1,179.7억원으로 전년(1,501.1억원) 대비 21.4% 감소, 영업손실은 955.7억원으로 전년보다 확대

  2. 2

    최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 지배주주 순손실 합계 약 835.3억원, 2026년 2분기 순손실이 해당 구간 중 가장 컸다

  3. 3

    허셉틴 바이오시밀러 AP063이 미국·유럽 규제기관과의 협의를 통해 임상 3상 없이 허가 신청이 가능한 절차에 진입했다고 회사가 공시

  4. 4

    퇴행성관절염 신약 AP209은 경희대병원 IRB에 임상 서류를 제출하며 국내 임상 1상 개시 절차를 진행 중

  5. 5

    자회사 앱튼은 FDA 희귀의약품 지정을 받은 GPC-100(버릭사포)의 미국 임상 3상과 품목허가 추진에 나섰다

02

사업 구조

에이프로젠은 항체 바이오시밀러 개발, 바이오 CDMO, 제네릭 의약품 유통 등을 아우르는 지주회사 성격의 바이오·제약 그룹이다.

핵심 파이프라인은 허셉틴(트라스투주맙) 바이오시밀러 AP063이며, 레미케이드 바이오시밀러는 일본 및 중남미에서 판매허가를 획득했고 리툭산 바이오시밀러는 임상 1상을 준비 중인 것으로 알려져 있다.

신약 부문에서는 퇴행성관절염 후보물질 AP209을 자체 개발 중이며, 이중수용체 플랫폼을 기반으로 성장인자에 결합하는 구조를 특징으로 한다.

그룹 산하에는 바이오의약품 생산과 CDMO를 담당하는 에이프로젠바이오로직스, 제네릭 의약품 유통을 담당하는 에이프로젠파마, 반도체 공정용 부품을 제조·판매하는 엔투텍 등 사업 성격이 다른 여러 자회사가 존재한다.

코스닥 상장 자회사 앱튼은 조혈모세포 가동화제 GPC-100(버릭사포)의 글로벌 독점권을 보유하고 있으며, 파킨슨병 치료제를 개발하는 앱트뉴로사이언스도 계열사로 편입돼 있다.

오송 소재 생산시설은 세계 최대 규모의 퍼퓨전 배양 방식을 채택해 대량 항체 원료의약품 생산이 가능한 것으로 소개되며, 국내외 제약사 대상 CDMO 영업을 확대하고 있다.

바이오시밀러·CDMO 시장에서는 삼성바이오로직스, 셀트리온 등 대형사와 경쟁구도를 형성하며, 매출의 상당 부분은 아직 상업화 이전 단계의 연구개발·시생산 및 제네릭 유통에서 발생하는 구조다.

03

실적 추이

분기 매출 · 영업이익
매출액영업이익
연간 매출 · 영업이익
매출액영업이익
분기 실적 · 최근 5분기
분기매출액영업이익영업이익률
2025Q2242억-239억−98.9%
2025Q3356억-223억−62.7%
2025Q4315억-269억−85.4%
2026Q1363억-206억−56.8%
2026Q2355억-224억−63.2%
연간 실적
연도매출액영업이익지배주주 순이익영업이익률ROE부채비율
2022783억-1,193억-987억−152.3%−45.9%30.1%
20231,506억-889억-556억−59.0%−37.6%42.3%
20241,501억-868억-581억−57.8%−36.6%38.6%
20251,180억-956억-702억−81.0%−44.3%56.4%

연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-08-23

04

실적 분석

2025년 연결 매출은 1,179.7억원으로 2024년 1,501.1억원, 2023년 1,505.8억원에 이어 3년 만에 두 자릿수 감소를 기록했다.

영업손실은 955.7억원으로 2024년 868.1억원보다 확대됐고, 영업이익률은 -81.0%로 2024년 -57.8%, 2023년 -59.0%보다 악화되며 2022년 -152.3% 이후 가장 큰 폭의 마이너스로 되돌아갔다.

지배주주 순손실은 702.0억원으로 2024년 580.8억원, 2023년 556.2억원보다 늘었지만 2022년 986.6억원보다는 작은 수준이다.

자기자본은 4,586.1억원으로 전년 4,401.9억원보다 다소 늘었으나 부채비율은 56.4%로 2024년 38.6%, 2023년 42.3%, 2022년 30.1%에서 뚜렷하게 상승하며 레버리지가 커지는 흐름을 보였다.

영업활동현금흐름은 -326.6억원으로 2024년 -449.9억원, 2023년 -581.6억원, 2022년 -1,134.9억원과 비교하면 마이너스 폭이 점차 줄어드는 추세다.

분기별로는 2025년 2분기 매출 241.6억원에서 2025년 3분기 355.5억원, 2026년 1분기 362.9억원까지 늘었다가 2026년 2분기 355.3억원으로 소폭 둔화됐다.

같은 기간 영업손실은 -238.9억원에서 -269.1억원, -206.0억원, -224.4억원 구간을 오갔고, 지배주주 순손실은 2025년 2분기 -152.7억원에서 2026년 2분기 -255.3억원으로 최근 네 개 분기 중 가장 큰 손실을 기록했다.

최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 지배주주 순손실 합계는 835.3억원으로, 매출 회복이 손익 개선으로 직결되지 못하는 구간이 이어지고 있다.

05

산업 분석

글로벌 바이오시밀러 시장은 오리지널 항체의약품의 특허 만료가 이어지며 지속 확대되고 있으나, 허셉틴·레미케이드·리툭산 등 주요 품목은 이미 대형 바이오시밀러 업체들이 선점한 상태여서 후발주자는 차별화된 허가전략이나 원가 경쟁력이 필요하다.

국내 CDMO 시장은 삼성바이오로직스, 셀트리온, 롯데바이오로직스 등이 대규모 증설을 이어가며 경쟁이 심화되고 있어, 중소형 CDMO 업체는 특정 배양방식이나 신속한 고객 대응 등으로 틈새 수요를 확보해야 하는 구조다.

에이프로젠바이오로직스의 오송 공장은 퍼퓨전 배양 방식을 채택했다는 점에서 페드배치 중심의 경쟁사들과 차별화를 시도하고 있는 것으로 소개된다.

희귀질환·조혈모세포 가동화제 시장에서는 이미 승인된 경쟁 약물이 있는 만큼, 앱튼의 GPC-100은 작용 속도 등에서 차별점을 제시하며 후속 진입을 준비하는 단계다.

국내 정부는 2026년도 국가 연구개발 예산을 역대 최대 규모로 편성하는 등 바이오 분야에 대한 정책적 지원 기조를 이어가고 있어, 신약 개발 기업들에게는 우호적인 정책 환경이 조성되고 있다.

다만 바이오시밀러·CDMO·신약 개발 모두 초기 investment가 크고 상업화까지 시간이 오래 걸리는 산업 특성상, 상업화 이전 단계 기업들은 지속적인 자금조달 부담을 안고 있다.

06

전망

회사는 AP063에 대해 유럽의약품청(EMA)과 미국 식품의약국(FDA) 모두로부터 확증적 임상 3상 자료 없이 허가 신청이 가능하다는 취지의 의견을 받았다고 공시했으며, EMA는 건강한 성인 대상 추가 투여반응 데이터 확보를 권고사항으로 안내했다.

이 권고는 허가 신청의 필수 조건은 아니라고 회사는 설명했으며, 생산공정 적격성 평가(PPQ) 자료 제출 이후 허가 신청 절차가 이어질 것으로 예상된다.

AP209은 2026년 7월 경희대학교병원 IRB에 임상시험 서류를 제출했으며, 회사는 추가로 3개 대학병원과 임상 참여를 협의해 3~4개 기관에서 골관절염 환자 16명을 대상으로 약 13주간 안전성·약동학·초기 유효성을 평가하는 임상 1상을 진행할 계획이다.

자회사 앱튼은 2026년 8월 GPC-100의 미국 임상 3상과 품목허가 추진 계획을 밝혔으며, 유사 계열 약물이 122명 대상 단일 3상만으로 허가받은 선례를 근거로 120명 안팎 규모의 단일 3상을 통해 2년 내 임상 결과 확보를 목표로 제시했다.

GPC-100은 FDA 희귀의약품 지정에 따라 신속심사 및 미국 출시 후 7년간 독점권 혜택을 받을 수 있는 것으로 소개된다.

이들 파이프라인이 각각의 임상·허가 단계를 순차적으로 통과할 수 있는지가 향후 사업 전개의 핵심 변수가 될 것으로 보이며, 반도체 부품 자회사 등 비바이오 사업의 매출 기여 확대 여부도 함께 지켜볼 요인이다.

07

밸류에이션

PER
—
PBR
0.8배
ROE
-82.2%
EPS
-3,906원
BPS
2,871원
주당배당금
0원

회사는 최근 수년간 연속 적자를 기록하고 있어 이익 지표를 기반으로 한 밸류에이션 산출이 어려운 상태이며, 주가는 회사의 주당순자산에 못 미치는 수준에서 거래되는 구간에 위치해 있다.

자기자본은 완만하게 늘고 있지만 부채비율이 함께 상승하고 있어, 순자산 규모만으로 주가 수준을 판단하기에는 유의가 필요하다. 배당은 최근 실적 기준으로 지급된 바 없어 배당 관련 지표는 현재로선 큰 의미를 갖기 어렵다.

다년간의 실적 흐름을 보면 매출은 등락을 겪었고 손익은 적자 폭이 확대와 축소를 반복하는 국면에 있어, 방향성 측면에서 뚜렷한 흑자 전환의 신호는 아직 확인되지 않는다.

이런 재무 구조는 신약·바이오시밀러 파이프라인의 임상·허가 진행 상황에 따라 향후 밸류에이션 판단의 기준이 달라질 수 있는 요인으로 남아 있다.

PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-08-23

08

강세 요인

AP063 허가 경로 단축 가능성

EMA와 FDA 모두 AP063에 대해 확증적 임상 3상 없이 허가 신청이 가능하다는 의견을 전달한 것으로 공시됐다. 이는 승인되면 개발비용과 허가 소요 기간을 줄일 수 있는 구조적 이점으로 이어질 수 있다. 다만 EMA의 추가 데이터 권고 등 절차가 남아있어 실제 허가 신청까지는 추가 확인이 필요하다.

희귀질환 파이프라인의 차별화 요소

자회사 앱튼의 GPC-100은 FDA 희귀의약품 지정을 받아 신속심사와 7년 독점권 혜택을 기대할 수 있는 것으로 소개된다. 유사 계열 약물이 소규모 단일 임상 3상으로 승인된 선례가 있어, 개발 기간 단축 가능성이 제시됐다. 빠른 작용 시간이라는 차별점도 회사 측 설명으로 부각됐다.

영업활동 현금유출 축소 흐름

영업활동현금흐름은 2022년 -1,134.9억원에서 2025년 -326.6억원까지 마이너스 폭이 꾸준히 줄어드는 흐름을 보였다. 이는 지속적 적자 속에서도 현금 소진 속도가 완화되고 있음을 시사한다. 다만 여전히 마이너스 상태가 이어지고 있어 완전한 개선으로 보기는 어렵다.

09

약세 요인

매출 감소와 손실 확대의 동시 진행

2025년 매출은 전년 대비 21.4% 감소했고 영업손실은 오히려 확대돼 손익 개선의 신호가 뚜렷하지 않다. 지배주주 순손실도 전년보다 커지며 2년 연속 적자 확대 흐름이 나타났다. 매출 회복이 아직 손익 구조 개선으로 이어지지 못하고 있다.

부채비율 상승에 따른 재무 부담

부채비율은 2022년 30.1%에서 2025년 56.4%로 지속적으로 상승했다. 이는 지속되는 적자와 투자 자금을 자본조달로 충당하는 과정에서 레버리지가 커지고 있음을 보여준다. 향후 추가 자금조달 필요성이 대두될 경우 재무 부담이 더 커질 수 있다.

최근 분기 손실 확대 재현

2026년 2분기 지배주주 순손실은 255.3억원으로 최근 네 개 분기 중 가장 큰 규모를 기록했다. 매출은 전분기 대비 소폭 둔화됐고 영업손실 규모도 재차 커졌다. 손익 안정화 여부를 판단하기에는 아직 이른 시점으로 보인다.

10

리스크 요인

임상·규제 리스크

AP063은 EMA로부터 필수 조건은 아니지만 추가 투여반응 데이터 확보를 권고받았으며, 최종 허가 여부는 규제기관의 심사 결과에 좌우된다. AP209와 GPC-100 역시 각각 초기 임상 단계로, 임상 결과가 기대에 미치지 못할 경우 개발 일정이 지연될 수 있다. 여러 파이프라인이 동시에 진행 중인 만큼 개별 자산의 임상 실패나 지연 리스크가 상존한다.

재무·자금조달 리스크

영업손실과 영업활동현금흐름 마이너스가 여러 해 이어지고 있어 지속적인 외부 자금조달이 필요한 구조다. 부채비율이 상승하는 가운데 추가 유상증자나 전환사채 발행이 이루어질 경우 기존 주주의 지분 희석 가능성이 있다. 자금조달 여건이 악화될 경우 파이프라인 개발 속도에도 영향을 줄 수 있다.

계열사·지배구조 리스크

그룹 내에는 에이프로젠바이오로직스, 앱튼, 앱트뉴로사이언스 등 다수의 상장·비상장 자회사가 존재해 지분관계가 복잡하다. 자회사 앱튼에 대한 최대주주 측 보유비율이 직전 보고 대비 낮아진 사례가 공시된 바 있어, 계열사 지분 변동을 지속적으로 확인할 필요가 있다. 계열사 간 사업·자금 이동이 지주회사 실적에 미치는 영향도 주시할 부분이다.

11

다음 체크포인트

  1. 2026년 11월 중순

    2026년 3분기 잠정 실적 공시 여부와 매출·손익 흐름이 2분기 대비 개선되는지 확인이 필요하다.

  2. 2026년 4분기 중

    AP209 국내 임상 1상의 실제 첫 환자 투여 개시 여부와 추가 참여 병원 확정 여부를 확인할 필요가 있다.

  3. 2026년 4분기~2027년 초

    AP063의 EMA·FDA 정식 허가 신청(생산공정 적격성 평가 자료 제출 포함) 진행 여부를 확인해야 한다.

  4. 2026년 4분기 중

    앱튼의 GPC-100 미국 임상 3상 실제 개시(첫 환자 등록) 여부를 확인할 필요가 있다.

  5. 2027년 초

    부채비율 추가 상승 여부와 신규 자금조달(유상증자·전환사채 등) 계획 발표 여부를 확인해야 한다.

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종합 의견

에이프로젠은 2025년 매출이 전년 대비 감소하고 영업손실과 지배주주 순손실이 모두 확대되며 최근 4개 분기 기준으로도 손실 규모가 가장 큰 구간을 지나고 있다.

동시에 허셉틴 바이오시밀러 AP063의 허가전략 진전, 퇴행성관절염 신약 AP209의 임상 진입, 자회사 앱튼의 GPC-100 미국 임상 3상 추진 등 파이프라인 다각화가 병행되고 있다.

자기자본은 완만히 늘었지만 부채비율은 뚜렷하게 상승해 재무 레버리지가 커지는 흐름이 관찰되며, 영업활동현금흐름의 마이너스 폭은 다년간 점차 줄어드는 모습을 보였다.

이익 지표가 지속적으로 마이너스인 만큼 전통적인 밸류에이션 지표의 해석에는 제약이 따르며, 주가는 순자산가치에 못 미치는 수준에서 거래되는 구간에 있다.

향후 관전 포인트는 각 파이프라인의 임상·허가 단계별 진행 상황과 그에 따른 추가 자금조달 필요성, 그리고 반도체 부품 등 비바이오 사업의 매출 기여 확대 여부다. 본 리포트는 투자 의견이나 목표주가를 제시하지 않으며 정보 제공 목적으로 작성되었다.

13

참고 출처

  1. 한국거래소(KRX) — 시세 · 시가총액 · 거래량
  2. 금융감독원 전자공시(DART) — 재무제표 · 배당 공시
기사·자료 18건 더 보기
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리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04

본 콘텐츠는 AI가 시장 데이터와 웹 검색 결과를 분석한 정보 제공용이며, 투자 권유나 추천이 아닙니다. 투자 판단과 그 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 데이터는 지연되거나 오류가 포함될 수 있습니다.