코스피바이오·제약003060

에이프로젠바이오로직스

1,583원▲ 2.26%2026-10-02 장마감
시가총액
254억원
거래대금
3억원
거래량
20만주
상장주식수
1,626만주
PER
—
PBR
0.1배
EPS
-5,614원
배당수익률
0.00%

PER·EPS·PBR·BPS는 최근 4개 분기(2025Q3~2026Q2) 기준 자체 산출 · 배당수익률은 주당 0원 기준 · 시세 2026-10-02 장마감

01

리포트 개요

CDMO 전환 기로, 적자는 지속 확대

에이프로젠바이오로직스는 오송공장의 퍼퓨전 배양 기반 CDMO 사업 확장을 추진 중이나, 2025년 연간 영업손실과 순손실이 전년 대비 더 확대되며 재무 부담이 커지고 있다.

  1. 1

    2025년 매출 732억원으로 전년 대비 증가했으나 영업손실은 603억원으로 확대

  2. 2

    지배주주 순손실이 2024년 1,050억원에서 2025년 1,703억원으로 급격히 확대

  3. 3

    부채비율이 2024년 56.1%에서 2025년 111.5%로 두 배 가까이 상승

  4. 4

    오송공장 5공장(18만리터) 증설과 CDMO 외부고객 확보 추진이 핵심 성장 축

  5. 5

    레미케이드·허셉틴·리툭산 바이오시밀러 임상·허가 절차가 단계별로 진행 중

02

사업 구조

에이프로젠바이오로직스는 제약사업부와 바이오사업부로 구성되며, 제약사업부는 제네릭 의약품을 생산하고 바이오사업부는 충북 오송공장에서 관류(퍼퓨전) 배양 방식으로 항체의약품을 제조한다.

동사는 1960년 설립 이래 2022년 바이오의약품 생산 기술을 보유한 회사를 합병하고 반도체 장비부품 제조사를 종속회사로 편입하며 사업 구조를 다각화했다. 모회사인 에이프로젠과의 연구개발 협력을 통해 바이오시밀러 상업화를 진행하고 있으며, CMO 및 CDMO 분야에서 수익 구조 개선을 추진하고 있다.

레미케이드(인플릭시맙) 바이오시밀러는 일본 및 중남미 판매허가를 획득했고 임상 3상을 완료했으며, 리툭산(리툭시맙) 바이오시밀러는 임상 1상을 준비 중이고, 허셉틴(트라스투주맙) 바이오시밀러는 임상 1상을 완료한 뒤 유럽 품목허가를 준비하고 있다.

휴미라(아달리무맙) 바이오시밀러 AP-096은 모회사 에이프로젠과 공정검증을 완료했으며, 오송공장의 2,000리터 퍼퓨전 배양기를 활용한 임상용 시료 생산도 성공적으로 마쳤다.

CDMO 사업에서는 기존 자회사 바이오시밀러 위탁생산에서 벗어나 외부 고객을 확보하기 위해 일본과 유럽 바이오 제약사를 대상으로 영업 조직을 구축 중이며, 오송공장은 세계 최대 규모의 2,000리터급 퍼퓨전 생산시설 4기를 보유하고 있다. 최대주주인 에이프로젠은 유상증자·전환사채 등을 통해 자금을 지속 지원해온 관계다.

03

실적 추이

분기 매출 · 영업이익
매출액영업이익
연간 매출 · 영업이익
매출액영업이익
분기 실적 · 최근 5분기
분기매출액영업이익영업이익률
2025Q2149억-180억−120.5%
2025Q3211억-107억−50.5%
2025Q4204억-160억−78.5%
2026Q1216억-136억−63.0%
2026Q2231억-175억−75.7%
연간 실적
연도매출액영업이익지배주주 순이익영업이익률ROE부채비율
2022652억-54억78억−8.3%1.9%34.6%
2023874억-575억-1,183억−65.8%−32.1%59.9%
2024674억-528억-1,050억−78.4%−27.7%56.1%
2025732억-604억-1,703억−82.4%−82.0%111.5%

연결 기준(자회사 실적을 합친 재무제표) · DART 공시 확정치 · 순이익은 지배주주 기준 · 데이터 2026-08-23

04

실적 분석

2025년 연결 매출은 732억원으로 2024년 674억원, 2023년 874억원, 2022년 652억원과 비교해 등락을 보였다.

영업손실은 2022년 54억원에서 2023년 575억원, 2024년 528억원, 2025년 603억원으로 3년째 500억원대 이상의 대규모 적자가 지속되고 있으며, 영업손실률은 2025년 -82.4%로 2024년 -78.4%보다도 악화됐다.

지배주주 순손실은 2022년 78억원 순이익에서 2023년 1,183억원, 2024년 1,050억원, 2025년 1,703억원 순손실로 확대돼 최근 4년 중 가장 큰 손실 규모를 기록했다.

분기별로는 2025년 2분기 매출 149억원, 영업손실 180억원, 지배주주 순손실 669억원으로 유독 큰 순손실을 보였고, 이후 2025년 3분기 매출 211억원·영업손실 107억원·순손실 244억원, 4분기 매출 204억원·영업손실 160억원·순손실 360억원으로 이어졌다.

2026년 들어서는 1분기 매출 216억원·영업손실 136억원·순손실 39억원으로 순손실 규모가 눈에 띄게 줄었으나, 2분기에는 매출 231억원으로 늘었음에도 영업손실이 175억원, 순손실이 140억원으로 다시 확대돼 분기별 변동성이 큰 모습이다.

매출은 2025년 3분기 이후 네 개 분기 연속 200억원대를 유지하며 완만한 증가세를 보이고 있으나, 영업손실 규모는 매 분기 100억~180억원대에서 좀처럼 줄지 않고 있다.

자본 측면에서는 2025년 말 자기자본이 2,776억원(지배주주지분 2,078억원)으로 2024년 말 3,787억원(지배주주지분 3,785억원)에서 크게 줄었고, 부채비율은 2022년 34.6%에서 2023년 59.9%, 2024년 56.1%를 거쳐 2025년 111.5%로 급등했다.

영업활동현금흐름(CFO)도 2022년 이후 4년 연속 적자를 기록했으며 2025년에는 -382억원으로 나타나 자금 소진이 지속되고 있음을 보여준다.

05

산업 분석

글로벌 바이오의약품 수요 증가와 미국의 생물보안법 추진 여파로 국내 제약·바이오 기업들의 CDMO 사업 진출이 활발해지고 있으며, 상대적으로 높은 마진율이 새로운 수익원으로 부상하고 있다.

미국 식품의약국(FDA)과 유럽 의약품청(EMA)이 바이오시밀러 개발 절차를 단순화하는 지침 개정을 추진하는 등 글로벌 규제 완화 흐름도 업계에 우호적인 환경을 조성하고 있다.

국내 CDMO 시장은 삼성바이오로직스, 롯데바이오로직스 등 대규모 생산능력을 갖춘 기업들이 주도하고 있어, 에이프로젠바이오로직스는 상대적으로 소규모 생산능력과 퍼퓨전 배양이라는 특화 기술로 시장에 접근하고 있다.

오송공장은 퍼퓨전과 페드배치(Fed-Batch) 공정을 모두 수행할 수 있는 하이브리드 인프라를 갖춘 것이 강점으로 꼽히며, 바이엘·듀퐁·삼성바이오로직스 등이 사용하는 실험실정보관리시스템(LIMS)을 도입해 데이터 완결성 요구에 대응하고 있다.

다만 트랙레코드 측면에서는 그동안 자회사 에이프로젠의 바이오시밀러 위탁생산에 주로 의존해왔고, 외부 글로벌 고객사와의 첫 상업 계약은 아직 뚜렷하게 확인되지 않아 대형 CDMO 업체와의 경쟁에서 레퍼런스 확보가 과제로 남아 있다.

바이오시밀러 부문에서는 레미케이드·허셉틴·리툭산·휴미라 등 오리지널 의약품의 특허만료에 따른 대체 수요를 기반으로 하지만, 이 시장 역시 국내외 다수 기업이 경쟁하는 구조다.

06

전망

회사는 바이오의약품 수요 증가에 대비해 18만 리터 규모의 5공장을 건설해왔으며, 완공 시 오송공장 전체 생산능력이 78만 4,000리터로 늘어난다고 밝힌 바 있다.

CDMO 영업 측면에서는 일본과 유럽 바이오 제약사를 대상으로 전담 영업 조직을 구축하고, 고객 수요가 가시화되는 시점에 맞춰 추가 증설도 검토한다는 방침을 밝혀왔다.

바이오시밀러 파이프라인에서는 휴미라 바이오시밀러 AP-096이 모회사와의 공정검증 및 임상용 시료 생산을 마쳐 상업 생산 수준의 생산성을 확보했다고 밝혔으며, 이 기술 플랫폼을 후속 파이프라인에도 확대 적용할 계획이다.

허셉틴 바이오시밀러는 유럽 품목허가 준비 단계에 있고, 리툭산 바이오시밀러는 임상 1상 진입을 준비하고 있어 향후 승인 일정이 순차적으로 확인될 필요가 있다. 회사 및 모회사 관계자는 글로벌 판권 계약과 CMO·CDMO 수주 확대를 통해 글로벌 종합 바이오 기업으로 도약하겠다는 목표를 제시했다.

다만 외부 고객과의 첫 상업 계약 체결이 여러 차례 "임박했다"고 언급된 바 있으나 아직 구체적 계약 공시로 확인되지는 않아, 실제 수주 성사 여부와 시기가 향후 실적 개선의 관건이 될 전망이다.

07

밸류에이션

PER
—
PBR
0.1배
ROE
-33.9%
EPS
-5,614원
BPS
14,302원
주당배당금
0원

현재 주가는 회사가 보유한 순자산가치에 못 미치는 수준에서 거래되고 있어, 주가순자산비율 측면에서 순자산 대비 할인된 구간에 위치한다. 다만 이는 2025년 대규모 순손실로 지배주주지분 자체가 전년 대비 크게 줄어든 결과이기도 해, 할인 폭을 해석할 때는 자본 축소 배경을 함께 고려할 필요가 있다.

이익 측면에서는 여전히 적자 구조가 이어지고 있어 주가수익비율을 산출할 수 있는 안정적인 이익 기반이 부재한 상태이며, 배당 역시 최근 지급 실적이 없어 배당수익률에 기반한 평가는 제한적이다.

결국 현재 밸류에이션은 향후 CDMO 외부 수주 성사와 영업손실률 개선 여부에 크게 좌우될 수밖에 없는 구조로 판단된다.

PER·EPS·PBR·BPS 모두 자체 산출(네이버·토스와 동일 방식) · 배당은 DART 공시 주당현금배당금(보완:KRX) ÷ 현재가 · 기준 2026-08-23

08

강세 요인

생산능력 증설로 CDMO 물량 확보 기반 마련

회사는 18만 리터 규모의 5공장 증설을 추진해왔고, 완공 시 오송공장 전체 생산능력이 78만 4,000리터로 확대된다고 밝혔다. 세계 최대 규모의 2,000리터급 퍼퓨전 생산시설을 다수 보유하고 있어 원가 경쟁력을 앞세운 영업이 가능하다는 점도 특징이다.

일본·유럽 대상 CDMO 전담 영업 조직 구축이 진행 중이어서, 외부 고객이 확보될 경우 유휴 생산능력을 실적으로 전환할 여력이 있다.

바이오시밀러 파이프라인의 단계적 진전

레미케이드 바이오시밀러는 일본과 중남미에서 판매허가를 획득하고 임상 3상을 완료했으며, 허셉틴 바이오시밀러는 임상 1상을 마친 뒤 유럽 품목허가를 준비하고 있다. 휴미라 바이오시밀러 AP-096은 모회사와 공정검증 및 임상용 시료 생산을 마쳐 상업 생산 수준의 생산성을 확보했다고 밝혔다.

여러 제품이 서로 다른 단계에서 동시에 진행되고 있어, 특정 제품의 지연이 전체 파이프라인 가치에 미치는 영향은 상대적으로 분산돼 있다.

분기 매출의 완만한 증가세

분기 매출은 2025년 2분기 149억원에서 2026년 2분기 231억원으로 네 개 분기 연속 늘어나는 흐름을 보였다. 2026년 1분기에는 지배주주 순손실이 39억원까지 줄어드는 등 일부 분기에서 손실 축소가 관찰되기도 했다. 바이오사업부의 생산용역 가동이 이어질 경우, 매출 증가가 점진적인 손실 축소로 이어질 가능성을 열어둔다.

09

약세 요인

대규모 적자와 재무구조 악화 지속

영업손실은 2023년부터 3년 연속 500억원대 이상을 기록했고, 2025년 지배주주 순손실은 1,703억원으로 최근 4년 중 가장 컸다. 부채비율은 2024년 56.1%에서 2025년 111.5%로 급등했으며, 영업활동현금흐름도 4년 연속 적자다. 이런 흐름이 이어질 경우 추가 자금조달 필요성이 커질 수 있다.

외부 CDMO 수주의 미확인

2025년 초부터 여러 언론을 통해 글로벌 기업과의 첫 상업 계약이 1~2개월 내 체결될 것이라는 전망이 반복적으로 제기됐으나, 이후 구체적인 계약 체결 공시로는 확인되지 않고 있다. 이는 CDMO 사업의 트랙레코드 부재가 여전히 지속되고 있다는 의미로 해석될 수 있다. 반복된 기대와 지연이 이어질 경우 시장의 신뢰도에 영향을 줄 수 있다.

자본 축소와 지배구조 상 의존도

지배주주지분은 2024년 말 3,785억원에서 2025년 말 2,078억원으로 크게 줄었다. 회사는 과거 최대주주인 에이프로젠을 대상으로 한 유상증자·전환사채 발행을 통해 자금을 조달해온 이력이 있어, 향후에도 유사한 방식의 자금조달이 이뤄질 경우 지분 구조 및 주당 가치에 영향을 줄 수 있다. 모회사와의 상호 CB 보유 등 계열사 간 자금 순환 구조도 존재한다.

10

리스크 요인

유동성·자본조달 리스크

영업활동현금흐름이 4년 연속 적자를 기록하고 있어 지속적인 외부 자금조달이 필요한 구조다. 과거 최대주주 대상 유상증자·전환사채 발행 사례가 있었던 만큼, 유사한 방식의 추가 조달이 이뤄질 경우 기존 주주의 지분율 희석 가능성이 있다. 부채비율이 111.5%까지 상승한 점도 재무 여력을 제약하는 요인이다.

사업 집중·고객 다각화 리스크

바이오사업부의 생산 매출이 상당 부분 자회사 에이프로젠의 바이오시밀러 위탁생산에 의존해온 것으로 파악된다. 외부 고객 확보가 지연될 경우 CDMO 사업 확장 전략의 실행 속도가 늦춰질 수 있다. 고객 기반이 다각화되지 않은 상태에서 특정 거래처 의존도가 높다는 점은 구조적 리스크로 남는다.

임상·규제 승인 지연 리스크

허셉틴 바이오시밀러의 유럽 품목허가, 리툭산 바이오시밀러의 임상 1상 진입 등 여러 파이프라인이 규제기관의 심사·승인 절차를 앞두고 있다. 바이오시밀러 시장은 국내외 경쟁이 치열해 승인 지연이나 경쟁 제품 선점 시 상업화 시점과 점유율에 영향을 줄 수 있다. 임상 데이터 결과에 따라 개발 일정이 재조정될 가능성도 존재한다.

11

다음 체크포인트

  1. 2026년 11월 중

    2026년 3분기 실적 공시를 통해 매출 증가세 지속 여부와 영업손실 축소 여부를 확인할 필요가 있다.

  2. 2026년 4분기 중

    5공장(18만 리터) 가동 개시 여부와 초기 가동률 관련 공시·IR 자료를 확인해야 한다.

  3. 수시 (계약 공시 발생 시)

    외부 고객과의 최초 상업용 CDMO 계약 체결 여부를 공시를 통해 확인해야 하며, 성사 시 계약 규모와 생산 품목을 점검할 필요가 있다.

  4. 2026년 하반기 중

    허셉틴 바이오시밀러의 유럽 품목허가 신청·심사 진행 상황과 리툭산 바이오시밀러의 임상 1상 개시 여부를 확인해야 한다.

  5. 수시 (공시 발생 시)

    모회사 에이프로젠과의 추가 유상증자·전환사채 발행 등 자금조달 관련 공시가 나올 경우 지분율 변동과 희석 효과를 점검해야 한다.

12

종합 의견

에이프로젠바이오로직스는 오송공장의 퍼퓨전 배양 기술을 기반으로 CDMO 사업 확장과 바이오시밀러 파이프라인 진전을 동시에 추진하고 있으나, 확정 재무 데이터로 확인되는 손익 구조는 아직 뚜렷한 개선을 보이지 못하고 있다.

2025년 매출은 전년 대비 늘었지만 영업손실과 순손실 모두 확대됐고, 부채비율이 111.5%까지 상승하며 재무 부담이 커졌다. 분기 실적은 매출 측면에서 완만한 증가세를 보이는 반면 손실 규모는 분기별로 큰 변동성을 보이고 있어, 아직 안정적인 개선 국면에 진입했다고 보기는 어렵다.

5공장 증설과 CDMO 외부고객 확보, 허셉틴·리툭산 등 바이오시밀러 파이프라인의 승인 진전이 향후 실적 방향을 가늠할 핵심 변수다. 다만 외부 고객과의 첫 상업 계약은 반복적으로 예고됐음에도 아직 구체적 공시로 확인되지 않은 상태여서, 실행 여부와 시기를 지속적으로 점검할 필요가 있다. 투자 판단에 앞서 향후 분기 공시와 계약·허가 관련 공시를 통한 사실 확인이 중요하다.

13

참고 출처

  1. 한국거래소(KRX) — 시세 · 시가총액 · 거래량
  2. 금융감독원 전자공시(DART) — 재무제표 · 배당 공시
기사·자료 18건 더 보기
  1. comp.wisereport.co.kr
  2. alphasquare.co.kr
  3. comp.fnguide.com
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  5. valueline.co.kr
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  18. pharm.edaily.co.kr

리포트 작성 2026-09-05 · 데이터 기준 2026-09-04

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