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Proteina · 바이오·제약 · 코스닥 · 리포트 2026-09-05
단백질 상호작용(PPI) 분석 플랫폼으로 상장한 프로티나가 항체 신약 자체개발·공동개발로 사업모델을 넓히고 있지만, 매출은 상장 당시 제시한 목표에 반복적으로 못 미치고 있고 분기 적자는 계속 확대되는 흐름을 보이고 있다.
프로티나는 2015년 한국과학기술원(KAIST) 교원창업으로 설립되어 단백질 간 상호작용(PPI)을 단일분자 수준에서 분석하는 SPID 플랫폼을 상용화한 바이오테크 기업이다. SPID는 정제 없이 복잡한 시료에서도 표적 단백질을 검출할 수 있는 Pi-chip 기반 기술로, 기존 면역블롯·ELISA 방식 대비 최대 100배 높은 민감도를 확보한 것으로 소개된다. 회사의 사업은 임상 바이오마커 분석 솔루션 'PPI 패스파인더', 항체 최적화·설계 솔루션 'PPI 랜드스케이프', 기술 탑재 장비 'SPID 시스템즈' 등 세 축으로 구성된다. 그동안 매출의 중심은 패스파인더였으며, 글로벌 제약사를 포함한 다수 고객사에 기술을 제공해 2024년 전체 매출의 75%에 달하는 약 21억원을 이 부문에서 거둔 것으로 알려졌다. 경쟁구도를 보면 단백체 분석 서비스 영역에서는 메소스케일디스커버리, 퀀테릭스, 올링크, 소마로직이, 항체 개량·최적화 영역에서는 싸토리우스, 다나허가 경쟁사로 꼽힌다. 최근에는 기존 분석 서비스 중심 사업에서 자체·공동 신약개발로 사업 방향을 확장하고 있으며, 정기주주총회에서 신약개발 및 기술이전, AI 기반 신약개발 솔루션을 사업목적에 추가했다. 자체 파이프라인으로는 비만 치료를 겨냥한 장기지속형 GIPR 길항 항체 'PRT-1309'와 골관절염 치료제 후보 'PRT-101'을 보유하고 있으며, 각각 학술대회에서 전임상 데이터를 공개했다. 2026년에는 de novo 항체 설계 사업화를 위해 신설법인 ABX 바이오사이언시스에 약 34억원을 출자해 최대주주로 참여했고, 과학기술정보통신부 국책과제에서 개발 중인 AI 항체 설계 플랫폼 'AbGPT-3D'의 사업화를 이 법인이 전담한다. 이 같은 사업 재편에 따라 분석서비스·진단·공동개발·자체 파이프라인 기술이전 등으로 수익모델을 다각화하는 것이 회사의 중장기 전략이다.
2025년 연결 매출액은 29.5억원으로 2024년 23.0억원 대비 증가했으나, 영업손실은 91.2억원에서 113.7억원으로, 순손실은 57.3억원에서 90.1억원으로 각각 확대됐다. 영업이익률은 2025년 -385.2%로 전년(-396.5%) 대비 소폭 개선됐지만 여전히 매출 규모를 크게 웃도는 손실 구조가 이어지고 있다. 분기별로는 2025년 3분기 매출 5.82억원에서 4분기 3.43억원, 2026년 1분기 1.69억원까지 줄었다가 2분기 3.49억원으로 다소 회복되는 등 서비스 매출 특성상 분기별 변동성이 크게 나타난다. 영업손실 역시 2025년 3분기 29.5억원에서 4분기 44.5억원, 2026년 1분기 47.1억원까지 확대된 뒤 2분기 39.6억원으로 소폭 줄었다. 최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 지배주주 순손실 합산액은 약 120억원(11,999,933,630원)에 달해, 연간 단위로 봐도 적자 규모가 이전보다 커진 모습이다. 현금흐름 측면에서도 영업활동현금흐름이 2024년 -60.8억원에서 2025년 -80.7억원으로 유출 규모가 늘어 연구개발·인건비 지출이 매출 성장 속도를 웃돌고 있음을 보여준다. 자본총계는 2024년 157.6억원에서 2025년 283.7억원으로 늘었는데, 이는 상장 공모자금 유입 효과가 크며 부채비율은 11.9%로 낮은 수준을 유지하고 있다. 다만 상장 당시 회사가 제시했던 매출 목표와 실제 실적 간 괴리는 반복되고 있는데, 2025년 매출 목표 66억원 대비 실제 매출은 절반에도 못 미쳤고, 2026년 목표 148억원과 비교해도 상반기 매출은 목표치의 일부에 그쳤다는 보도가 나왔다. 이러한 손실 누적 속도는 향후 추가 자금조달 필요성과 연결될 수 있는 변수로 꼽힌다.
PPI 분석·바이오마커 시장은 글로벌 제약사들이 신약 후보물질의 표적 결합력을 정량화하고 임상 성공률을 높이기 위한 투자를 늘리는 분야로, 프로티나는 이 시장에서 메소스케일디스커버리, 퀀테릭스, 올링크, 소마로직 등과 경쟁한다. 항체 최적화·설계 영역에서는 싸토리우스, 다나허 등 대형 장비·서비스 기업과, AI 신약개발 영역에서는 빅햇바이오사이언스, 네뷸라 등 스타트업과 경쟁 구도를 형성하고 있다. 최근 글로벌 바이오 산업은 AI 기반 항체·단백질 설계 기술 경쟁이 심화되고 있으며, 고품질 PPI 데이터 확보가 AI 모델 학습의 핵심 자원으로 부각되고 있다. 회사는 3명의 연구자가 매주 3천~5천 개의 항체를 분석할 수 있는 처리 속도를 갖췄다고 밝혔는데, 이는 100명의 연구자가 2주간 500개를 분석하는 해외 경쟁사 대비 빠른 속도라고 설명했다. 비만 치료제 시장에서는 GLP-1 계열 약물의 한계로 지적되는 체중 재증가 억제가 새로운 경쟁축으로 떠오르고 있으며, 회사의 PRT-1309도 이 지점을 겨냥하고 있다. 국내에서는 삼성바이오에피스 등 대형 바이오시밀러·신약 기업과의 공동 국책과제 참여를 통해 AI 항체 설계 생태계에 진입하는 모습이다. 다만 이 시장은 아직 임상적 검증과 대형 기술이전 사례가 제한적인 초기 단계로, 국내외 다수 플레이어가 유사한 사업모델을 추진하고 있어 경쟁 심화가 예상된다.
| 주가 | ₩39,950 |
|---|---|
| 시가총액 | 4,437억원 |
| PBR | 17.51 |
| ROE | -68.1% |
회사는 상장 당시 PPI 랜드스케이프 사업 본격화를 통해 2027년 흑자전환을 목표로 제시했다. 이를 위해 신약개발 역량 강화에 무게를 두는 방향으로 사업 전략을 재정비하고 있으며, 실제로 정관에 신약개발·기술이전·AI 신약개발 솔루션 사업을 추가했다. 자체 파이프라인인 PRT-1309(GIPR 길항 항체)와 PRT-101(골관절염 치료제 후보)은 각각 미국당뇨병학회(ADA), 유럽류마티스학회(EULAR) 학술대회에서 전임상 데이터를 공개하며 외부 검증 단계를 밟고 있다. 2026년에는 de novo 항체 설계 사업화를 위해 ABX 바이오사이언시스에 최대주주로 출자했으며, 과기정통부 국책과제 성과인 AI 설계 플랫폼 AbGPT-3D의 상업화를 이 법인이 담당한다. 삼성바이오에피스·서울대와 공동 수행하는 470억원 규모 국책과제를 통해 2027년까지 AI로 설계한 항체 신약 후보 10개를 개발하고 이 중 1개는 임상 1상 IND 제출을 목표로 하고 있다. 미국 내 CLIA랩 인수를 통한 베네토클락스 동반진단 제품 출시도 2026년 목표로 제시된 계획인데, 진행 상황에 대한 구체적 공시는 아직 확인되지 않고 있다. 다만 상장 당시 제시했던 매출 목표(2025년 66억원, 2026년 148억원)는 실제 실적과 상당한 괴리를 보이고 있어, 신약개발 피벗의 성과가 가시화되는 시점과 속도가 향후 실적 전망의 핵심 변수가 될 것으로 보인다.
프로티나는 상장 이후 아직 순이익을 내지 못하고 있어 주가수익비율(PER)을 산출할 수 없는 구간에 머물러 있다. 반면 주가순자산비율(PBR)은 상장 초기 대비 크게 늘어난 자기자본 규모에도 불구하고 순자산 대비 프리미엄이 상당한 수준에서 거래되는 모습이다. 이는 시장이 현재의 매출·손익보다는 신약개발 피벗과 국책과제·글로벌 파트너십 등 미래 성장 스토리에 더 큰 가치를 부여하고 있음을 시사한다. 배당은 지급되지 않고 있어 주주환원보다는 연구개발 투자와 사업 확장에 자금이 우선 배분되는 구조다. 다년간 실적 흐름을 보면 매출은 완만하게 늘고 있지만 손실 규모도 함께 커지는 추세가 이어지고 있어, 적자에서 흑자로의 전환 시점이 확인되기 전까지는 밸류에이션에 대한 시장의 평가가 사업 성과 뉴스에 민감하게 반응할 수 있다.
SPID 플랫폼은 정제 없이 표적단백질을 검출할 수 있고 기존 방식보다 최대 100배 높은 민감도를 확보했다고 회사는 설명한다. 처리 속도 면에서도 소수 인력으로 대량 항체 분석이 가능하다는 점을 경쟁 우위로 제시하고 있다. 다국적 제약사와 임상검체 분석 서비스 계약을 다수 체결한 트랙레코드도 이 기술력을 뒷받침하는 근거로 꼽힌다.
자체 파이프라인(PRT-1309, PRT-101)과 de novo 항체 설계 신설법인 ABX 투자를 통해 서비스 매출을 넘어 기술이전·공동개발·진단 매출까지 사업영역을 넓히고 있다. 삼성바이오에피스·서울대와의 470억원 규모 국책과제 참여는 연구비 지원과 함께 대형 파트너와의 협업 경험을 축적할 기회로 볼 수 있다.
공모자금 유입으로 자본총계가 2024년 157.6억원에서 2025년 283.7억원으로 늘었고 부채비율은 11.9%로 낮은 수준을 유지하고 있다. 이는 당장의 재무적 압박 없이 연구개발과 사업 재편을 이어갈 수 있는 여력으로 볼 수 있다.
2025년 매출 목표 66억원 대비 실제 매출은 절반에도 못 미쳤고, 2026년 목표 148억원과 비교해도 상반기 매출은 목표치의 일부에 그친 것으로 보도됐다. 서비스 매출이 고객사 임상·연구 일정에 좌우되는 구조적 특성이 반복적인 추정치 괴리의 배경으로 지목된다.
영업손실은 2024년 91.2억원에서 2025년 113.7억원으로, 영업활동현금흐름 유출은 60.8억원에서 80.7억원으로 각각 확대됐다. 최근 네 개 분기 지배주주 순손실 합산도 약 120억원에 달해 손실 축소의 뚜렷한 신호는 아직 확인되지 않는다.
회사가 메자닌 발행 여력을 확대하고 정관에 M&A 목적을 추가한 점은 향후 추가 자금조달이나 지분 희석 가능성을 내포한다. 상장 후 보호예수 해제 물량에 따른 오버행 우려도 과거 증권가 코멘트에서 제기된 바 있다.
프로티나는 단백질 상호작용 분석 플랫폼이라는 독자 기술을 기반으로 항체 신약 자체개발·공동개발·진단으로 사업영역을 확장하고 있으며, 삼성바이오에피스·서울대와의 국책과제, ABX 바이오사이언시스 투자 등 굵직한 파트너십을 잇달아 발표하고 있다. 다만 재무적으로는 2025년 매출 29.5억원, 영업손실 113.7억원, 순손실 90.1억원을 기록하며 손실 규모가 매년 확대되는 추세가 이어지고 있고, 최근 네 개 분기 지배주주 순손실 합산도 약 120억원에 달한다. 상장 당시 제시한 매출 목표와 실제 실적 간 괴리가 2025년과 2026년 상반기에 걸쳐 반복적으로 관찰되고 있어, 신약개발 피벗의 성과가 언제 어느 규모로 매출·손익에 반영될지가 향후 실적의 핵심 변수다. 자본총계는 상장 자금 유입으로 늘었고 부채비율도 낮은 편이지만, 영업활동현금흐름 유출이 매년 커지고 있어 자금조달 옵션(메자닌 발행 한도 확대, M&A 목적 추가)이 이미 정비되고 있다는 점도 함께 살펴볼 부분이다. 밸류에이션은 주가수익비율을 산출할 수 없는 적자 구간에 머물러 있으며, 주가순자산비율은 순자산 대비 프리미엄이 있는 수준에서 형성돼 있어 시장이 미래 성장 스토리에 상당한 가치를 부여하고 있음을 보여준다. 향후 3분기 실적, CLIA랩·동반진단 사업화 진행, 국책과제 중간 성과, 추가 자금조달 공시 등이 사업 방향성과 재무 부담을 함께 판단할 수 있는 다음 확인 지점이 될 것이다.
English version
Proteina, which listed as a protein-protein interaction (PPI) analysis platform company, is expanding into proprietary and co-developed antibody drug discovery, but revenue has repeatedly fallen short of its IPO-stage targets while quarterly losses have kept widening.
Proteina was founded in 2015 as a KAIST faculty spin-off and has commercialized the SPID platform, which analyzes protein-protein interactions (PPI) at the single-molecule level. SPID is based on Pi-chip technology that can detect target proteins in complex, unpurified samples, and the company states it achieves up to 100 times higher sensitivity than conventional immunoblot or ELISA methods. The company's business is organized around three pillars: the clinical biomarker analysis solution 'PPI PathFinder,' the antibody optimization and design solution 'PPI Landscape,' and the instrument-embedded product 'SPID Systems.' PathFinder has historically been the main revenue driver, generating roughly KRW 2.1 billion, or about 75% of total revenue in 2024, from multiple clients including global pharmaceutical companies. In terms of competitive positioning, Meso Scale Discovery, Quanterix, Olink, and SomaLogic are cited as competitors in proteomics analysis services, while Sartorius and Danaher are named in antibody engineering and optimization. More recently, the company has been shifting from a services-centered model toward proprietary and co-developed drug discovery, formally adding drug development, technology licensing, and AI-based drug discovery solutions to its corporate purpose at a shareholders' meeting. Its proprietary pipeline includes 'PRT-1309,' a long-acting GIPR antagonist antibody targeting obesity, and 'PRT-101,' an osteoarthritis treatment candidate, both of which have had preclinical data disclosed at scientific conferences. In 2026, the company invested roughly KRW 3.4 billion to become the largest shareholder of newly established ABX Biosciences for de novo antibody design commercialization, with that entity taking charge of commercializing the AI antibody design platform 'AbGPT-3D' developed under a Ministry of Science and ICT national R&D project. This restructuring reflects a mid-to-long-term strategy of diversifying revenue across analysis services, diagnostics, co-development, and proprietary pipeline licensing.
Consolidated 2025 revenue rose to KRW 2.95 billion from KRW 2.3 billion in 2024, but operating loss widened from KRW 9.12 billion to KRW 11.37 billion, and net loss expanded from KRW 5.73 billion to KRW 9.01 billion. The operating margin improved slightly to -385.2% in 2025 from -396.5% the prior year, but losses still dwarf the revenue base. On a quarterly basis, revenue fell from KRW 582 million in Q3 2025 to KRW 343 million in Q4, then to KRW 169 million in Q1 2026, before recovering to KRW 349 million in Q2 2026, reflecting the volatility inherent in a service-revenue model. Operating loss similarly widened from KRW 2.95 billion in Q3 2025 to KRW 4.45 billion in Q4 and KRW 4.71 billion in Q1 2026, before narrowing slightly to KRW 3.96 billion in Q2. Over the most recent four quarters (Q3 2025 through Q2 2026), the combined net loss attributable to owners reached approximately KRW 12.0 billion (KRW 11,999,933,630), indicating that the annualized loss scale has grown larger than before. Operating cash flow also deteriorated, with outflows increasing from KRW 6.08 billion in 2024 to KRW 8.07 billion in 2025, showing that R&D and personnel spending has outpaced revenue growth. Total equity increased from KRW 15.76 billion in 2024 to KRW 28.37 billion in 2025, largely reflecting IPO proceeds, while the debt ratio remains low at 11.9%. However, the gap between IPO-stage revenue guidance and actual results has recurred: actual 2025 revenue fell short of the KRW 6.6 billion target by more than half, and reports indicate that first-half 2026 revenue represented only a fraction of the KRW 14.8 billion full-year 2026 target. The pace of accumulated losses is a variable that could be linked to future funding needs.
The PPI analysis and biomarker market is one where global pharmaceutical companies are increasing investment to quantify target binding of drug candidates and improve clinical success rates, and Proteina competes here against Meso Scale Discovery, Quanterix, Olink, and SomaLogic. In antibody optimization and design, it competes with large instrument and service companies such as Sartorius and Danaher, and in AI-driven drug discovery, with startups such as BigHat Biosciences and Nebula. The global biotech industry has recently seen intensifying competition in AI-based antibody and protein design, with high-quality PPI data emerging as a key resource for training AI models. The company states that three researchers using its platform can analyze 3,000 to 5,000 antibodies per week, which it describes as faster than a peer company that requires 100 researchers two weeks to analyze 500 antibodies. In the obesity treatment market, suppressing weight regain—a limitation often cited for GLP-1 class drugs—is emerging as a new competitive axis, and the company's PRT-1309 is aimed at this point. Domestically, the company is entering the AI antibody design ecosystem through participation in a joint national R&D project with a major biosimilar and drug developer, Samsung Bioepis. However, this market remains at an early stage with limited cases of clinical validation and large-scale licensing deals, and competition is expected to intensify as multiple domestic and international players pursue similar business models.
| Price | ₩39,950 |
|---|---|
| Market cap | ₩0.44T |
| P/B | 17.51 |
| ROE | -68.1% |
At its IPO, the company presented a goal of achieving profitability by 2027 through the full-scale commercialization of the PPI Landscape business. To that end, it is realigning strategy toward strengthening drug discovery capabilities and has formally added drug development, technology licensing, and AI-based drug discovery solutions to its articles of incorporation. Its proprietary pipeline candidates PRT-1309 (a GIPR antagonist antibody) and PRT-101 (an osteoarthritis treatment candidate) are undergoing external validation, having had preclinical data presented at the American Diabetes Association (ADA) and European Alliance of Associations for Rheumatology (EULAR) conferences, respectively. In 2026, the company became the largest shareholder of ABX Biosciences to commercialize de novo antibody design, with that entity handling commercialization of the AI design platform AbGPT-3D, a deliverable of a Ministry of Science and ICT national project. Through a KRW 47 billion joint national R&D project with Samsung Bioepis and Seoul National University, the goal is to develop 10 AI-designed antibody drug candidates by 2027, with one targeted for a Phase 1 IND submission. The launch of a Venetoclax companion diagnostic product via acquisition of a U.S. CLIA-certified lab was also presented as a 2026 target, though specific disclosures on its progress have not yet been confirmed. However, the revenue targets presented at IPO (KRW 6.6 billion for 2025 and KRW 14.8 billion for 2026) have shown considerable gaps versus actual results, making the timing and pace at which the drug discovery pivot's results materialize a key variable for future earnings visibility.
Proteina has yet to generate net income since its listing, leaving it in a range where a price-to-earnings ratio cannot be calculated. By contrast, its price-to-book ratio trades at a substantial premium to net asset value, even though total equity has grown considerably since the early listing period. This suggests the market is placing greater weight on the drug discovery pivot, national R&D projects, and global partnerships as a future growth story rather than on current revenue and earnings. No dividends are being paid, indicating that capital is being prioritized toward R&D investment and business expansion rather than shareholder returns. Looking at the multi-year earnings trend, revenue has grown modestly while loss size has also continued to expand, meaning that until a clear turn from loss to profit is confirmed, the market's valuation assessment is likely to remain sensitive to business-performance news.
The company states that its SPID platform can detect target proteins without purification and achieves up to 100 times higher sensitivity than conventional methods. In terms of throughput, it also presents the ability to analyze large numbers of antibodies with a small team as a competitive advantage. A track record of multiple clinical sample analysis service contracts with multinational pharmaceutical companies is cited as supporting evidence for this technology.
Through its proprietary pipeline (PRT-1309, PRT-101) and investment in newly formed ABX Biosciences for de novo antibody design, the company is expanding beyond service revenue into technology licensing, co-development, and diagnostics revenue. Participation in the KRW 47 billion national R&D project with Samsung Bioepis and Seoul National University can be viewed as an opportunity to secure research funding while accumulating collaborative experience with major partners.
IPO proceeds increased total equity from KRW 15.76 billion in 2024 to KRW 28.37 billion in 2025, while the debt ratio remains low at 11.9%. This can be viewed as giving the company room to continue R&D and business restructuring without immediate financial pressure.
Actual 2025 revenue fell short of the KRW 6.6 billion target by more than half, and reports indicate first-half 2026 revenue represented only a fraction of the KRW 14.8 billion full-year target. The structural characteristic of service revenue being dependent on client clinical and research schedules is cited as the background for these recurring forecast gaps.
Operating loss widened from KRW 9.12 billion in 2024 to KRW 11.37 billion in 2025, and operating cash outflow expanded from KRW 6.08 billion to KRW 8.07 billion. The combined net loss attributable to owners over the most recent four quarters also reached roughly KRW 12.0 billion, and no clear sign of loss reduction has yet been confirmed.
The company's expansion of its mezzanine issuance capacity and addition of an M&A purpose to its articles of incorporation implies possible future fundraising or equity dilution. Concerns about overhang from lock-up releases after listing have also been raised in past brokerage commentary.
Proteina is expanding from its proprietary protein-protein interaction analysis platform into proprietary and co-developed antibody drug discovery and diagnostics, announcing a series of significant partnerships including the national R&D project with Samsung Bioepis and Seoul National University and its investment in ABX Biosciences. Financially, however, losses have continued to widen each year, with 2025 revenue of KRW 2.95 billion accompanied by an operating loss of KRW 11.37 billion and a net loss of KRW 9.01 billion, while the combined net loss attributable to owners over the most recent four quarters reached roughly KRW 12.0 billion. The gap between IPO-stage revenue targets and actual results has recurred through 2025 and the first half of 2026, making the timing and magnitude at which the drug discovery pivot materializes in revenue and earnings a key variable going forward. Total equity has grown on IPO proceeds and the debt ratio remains low, but operating cash outflow has expanded each year, and funding options such as an expanded mezzanine issuance capacity and an added M&A purpose have already been put in place, which also merits attention. Valuation currently sits in a loss-making range where a price-to-earnings ratio cannot be calculated, while the price-to-book ratio trades at a premium to net asset value, indicating the market is assigning substantial value to the future growth narrative. Upcoming Q3 earnings, progress on the CLIA lab and companion diagnostic commercialization, interim results from the national R&D project, and any further fundraising disclosures will be the next checkpoints for assessing both business direction and financial burden together.
본 리포트는 공시(DART)·시장 데이터(KRX) 기반의 AI 생성 정보 자료이며 투자 권유가 아닙니다.
This report is AI-generated from public disclosures (DART) and market data (KRX) for informational purposes only. It is not investment advice.
데이터 기준 2026-09-22 · KOSAI
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