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Macrogen · 바이오·제약 · 코스닥 · 리포트 2026-09-05
마크로젠은 2025년 연간 매출이 43.6% 늘며 지배주주 순이익이 흑자로 돌아섰고, 2026년에도 분기별로 흑자와 적자를 오가며 개선 흐름을 이어가고 있다.
마크로젠은 1997년 설립된 유전체 분석 기반 정밀의학 생명공학기업으로, 국내 유전체 분석 시장에서 점유율 1위, 글로벌 상위 5위권의 역량을 보유한 것으로 알려져 있다. 핵심 사업은 정부기관·대학·연구소·제약사를 고객으로 하는 연구용 시퀀싱 서비스(Research Sequencing)이며, NGS 플랫폼 기반 유전체·전사체 분석과 최근에는 단일세포·공간전사체 등 멀티오믹스 분석까지 영역을 넓혔다. 개인 소비자 대상으로는 유전자 기반 AI 건강관리 플랫폼 '젠톡(GenTok)'을 운영하며, 2026년 3월에는 분석 항목을 175종으로 확대한 '젠톡 플러스'와 혈통 분석 서비스 '진루트'를 함께 출시했다. 마크로젠은 2025년 기준 삼성전자와의 파트너십을 통해 젠톡을 삼성헬스에 탑재했으며 삼성헬스 라이프로그와 연동해 개인 맞춤형 인사이트를 제공하고 있다. 해외 사업은 미국 나스닥·코스닥 이중 상장된 자회사 소마젠(950200)을 통해 미국국립보건연구원(NIH) 등에 유전체 분석 서비스를 공급하는 구조로, 회사 측에 따르면 2024년 연결 기준 해외 매출 비중이 약 60.5%에 달한다. 국가 단위 사업으로는 '국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업(K-DNA)'에 국내 최대 규모로 선정돼 유전체 생산기관 역할을 수행하고 있으며, 유럽 전역에 지놈센터를 단계적으로 설립하고 동남아시아에서는 CAP 인증 암 패널을 출시하는 등 지역 확장을 진행 중이다. 경쟁 구도상으로는 일루미나 등 시퀀싱 장비 제조사와 BGI·MGI 등 중국계 유전체 서비스 기업이 주요 경쟁자로 꼽히며, 최근 신규 시퀀싱 장비 업체(Ultima 등)의 등장으로 장비 단가 인하 압력이 커지는 환경이 조성되고 있다.
마크로젠의 연간 매출은 2022년 1,386억원, 2023년 1,328억원, 2024년 1,358억원으로 정체되다가 2025년 1,953억원으로 43.6% 급증했다. 다만 영업이익은 2022년 53억원(영업이익률 3.8%) 이후 2023년 -4억원, 2024년 -65억원의 적자를 기록했고, 2025년에는 1.8억원으로 간신히 손익분기점을 넘어서는 데 그쳤다(영업이익률 0.1%). 순이익 측면에서는 지배주주 기준으로 2022년 -223억원, 2023년 -168억원, 2024년 -78억원의 연속 적자에서 2025년 +20억원으로 전환에 성공했는데, 이는 연결 전체 순이익(-2억원)과는 별개로 비지배주주 손익 배분 구조의 영향을 받은 결과다. 분기 흐름을 보면 2025년 2분기 영업손실 15억원에서 3분기 영업이익 11억원으로 흑자 전환했고, 4분기에는 매출 563억원, 영업이익 36억원(분기 중 최대)까지 확대됐다. 그러나 2026년 1분기에는 매출이 453억원으로 줄고 영업손실 5억원을 다시 기록하는 등 계절적 변동성이 뚜렷했으며, 2분기에는 매출 510억원, 영업이익 7억원으로 다시 흑자로 복귀했다. 특히 2026년 2분기 지배주주 순이익은 49억원으로 같은 분기 영업이익(7억원) 대비 크게 확대됐는데, 이는 영업외 손익이나 비지배주주 손익 배분 등 일회성 요인이 작용했을 가능성을 시사하며 향후 공시를 통한 확인이 필요하다. 최근 네 개 분기(2025년 3분기~2026년 2분기) 합산으로는 매출 2,016억원, 영업이익 49억원, 지배주주 순이익 103억원을 기록해, 연간 기준으로도 개선 흐름이 이어지는 모습이다. 현금흐름 측면에서는 2025년 영업활동현금흐름이 223억원으로 2024년(71억원), 2023년(48억원), 2022년(108억원)을 크게 상회해, 손익 지표보다 현금창출력의 개선이 먼저 확인되고 있다.
글로벌 유전체 분석 산업은 차세대 시퀀싱(NGS) 장비 가격 하락과 국가 단위 바이오 빅데이터 프로젝트 확산이라는 두 가지 축으로 재편되고 있다. 최근 새로운 시퀀싱 장비 업체(Ultima 등)의 등장으로 장비 제조사 간 경쟁이 심화되며 단가 인하 압력이 커지고 있는데, 이는 마크로젠과 같은 서비스 사업자 입장에서는 원가 부담을 낮출 수 있는 우호적 환경으로 해석될 수 있다. 동시에 한국의 K-DNA와 유사한 국가 단위 유전체 빅데이터 구축 사업이 아시아와 유럽 각국에서 확산되는 흐름이 나타나고 있어, 처리 물량 확대에 따른 추가 수주 기회가 열려 있다는 평가가 나온다. 미국에서는 중국 유전체·바이오 기업과의 거래를 제한하는 생물보안법이 2025년 12월 국방수권법(NDAA)에 포함돼 최종 발효됐으며, 이에 따라 BGI·MGI 등 중국계 기업이 점유하던 미국 내 유전체 분석 수요의 공백을 한국·일본·유럽 기업이 나눠 가질 가능성이 거론된다. 마크로젠은 미국 현지법인 소마젠을 통해 미국국립보건연구원(NIH) 등에 서비스를 제공해온 실적을 보유하고 있어 이러한 재편의 수혜 후보로 언급되지만, 우려기업 명단 공표와 세부 시행규정 확정까지는 시간이 소요될 전망이다. 경쟁 강도 측면에서는 국내 시장 1위 지위를 유지하고 있으나 글로벌 시장에서는 일루미나 등 장비 대기업 및 대형 CRO들과의 격차가 여전히 존재하며, 단백체(프로테오믹스) 시장 등 인접 영역에서도 경쟁이 확대되는 양상이다. 산업 사이클상으로는 그간의 매출 정체·적자 국면에서 벗어나 물량 증가에 따른 고정비 희석 효과가 나타나는 초기 회복 구간으로 진입했다는 시각이 있다.
| 주가 | ₩11,830 |
|---|---|
| 시가총액 | 1,283억원 |
| PER | 12.5 |
| PBR | 0.83 |
| ROE | 6.7% |
| 배당수익률 | 4.23% |
마크로젠은 2026년 6월 인천 송도국제도시에서 '송도글로벌지놈센터' 준공식을 열고 유전체 빅데이터와 AI 기술을 결합한 정밀의료 전략을 본격화했다. 이 센터는 연면적 1만 8,500㎡, 지상 8층 규모로 조성됐으며, 유전체 데이터 생산부터 AI 기반 해석, 임상 분석까지 한 곳에서 수행할 수 있도록 설계됐고, 현재 연간 약 30만 개 샘플 시퀀싱이 가능한 것으로 회사는 설명하고 있다. 회사는 이 센터를 미국 소마젠 및 일본·유럽 거점을 연결하는 글로벌 허브로 운영하며 향후 1,000만 명 규모의 유전체 빅데이터 프로젝트도 추진할 계획이라고 밝혔다. 또한 센터 준공과 함께 구글 워크스페이스 기반의 클라우드·AI 협업 환경을 구축하는 등 전사적 AI 전환(AX)을 추진 중이다. 국가 프로젝트 측면에서는 K-DNA 등 대형 국책 과제 수행 인프라를 갖추고 있으며, 강북삼성병원과의 AI 기반 맞춤형 케어 국가과제 계약 체결 등 관련 계약이 이어지고 있는 것으로 파악된다. 미국 시장에서는 소마젠이 마이클 J. 폭스 재단과의 파킨슨병 유전체 분석(GP2) 프로젝트에서 15만개 목표 물량 중 절반이 넘는 수주를 확보한 것으로 알려져 있어, 생물보안법 시행에 따른 추가 계약 확대 여지가 주목된다. 소비자 대상 사업에서는 '젠톡 플러스'와 '진루트' 등 신규 서비스 출시로 데이터 자산 확대를 추진하고 있으며, 삼성헬스와의 연동을 통한 고객 접점 확대도 진행형이다. 다만 이러한 신규 인프라·서비스 투자가 실제 매출과 이익으로 얼마나 빠르게 전환될지는 향후 분기 실적에서 확인이 필요한 부분이다.
마크로젠은 2023~2024년 연속 적자를 거쳐 2025년 지배주주 순이익 흑자 전환에 성공했고, 최근 네 개 분기 기준으로도 이익이 누적되는 흐름을 보이고 있어, 이익 회복 국면에 대한 시장의 관심이 반영되는 구간으로 볼 수 있다. 주가순자산비율은 순자산 대비 할인된 수준에서 거래되는 모습이 나타나는데, 이는 과거 적자 누적으로 자기자본이 훼손된 이력과 아직 이익 안정성이 완전히 검증되지 않은 점이 함께 반영된 결과로 해석할 수 있다. 주가수익비율은 최근 이익 회복 초기 국면의 밸류에이션 지표라는 점에서, 향후 분기별 이익의 지속성 여부에 따라 그 의미가 달라질 수 있다. 배당의 경우 회사가 현금배당을 지급하고는 있으나, 이익 규모 대비 배당 정책의 안정성은 다년간의 적자 이력을 고려할 때 지속적으로 관찰이 필요한 항목이다. 부채비율은 2022년 54.8%에서 2025년 104.1%로 상승해 재무구조 측면에서의 변화도 함께 살펴볼 필요가 있다.
2025년 매출이 전년 대비 43.6% 급증하며 1,953억원을 기록했고, 지배주주 순이익도 3년 연속 적자에서 흑자로 전환됐다. 최근 네 개 분기 합산으로도 매출과 이익이 함께 늘어나는 흐름이 이어지고 있다. 국가 단위 바이오 빅데이터 프로젝트 물량 확대가 외형 성장의 주요 동력으로 지목된다.
2026년 6월 준공된 송도글로벌지놈센터는 연간 약 30만 샘플 시퀀싱 역량을 갖춘 글로벌 허브로, 미국·일본·유럽 거점을 연결하는 중심축 역할을 하게 된다. 회사는 이 인프라를 기반으로 향후 1,000만 명 규모의 유전체 빅데이터 프로젝트를 추진할 계획이라고 밝혔다. 처리 물량이 늘어날수록 단위당 고정비가 희석되는 구조여서 가동률 상승이 마진 개선으로 이어질 잠재력이 있다.
2025년 12월 최종 발효된 미국 생물보안법은 중국계 유전체 기업(BGI·MGI 등)과의 거래를 제한하는 내용을 담고 있어, 미국 현지법인 소마젠을 보유한 마크로젠이 대체 수요를 흡수할 후보로 거론된다. 소마젠은 이미 미국국립보건연구원(NIH) 등에 유전체 분석 서비스를 제공해온 실적을 보유하고 있으며, 마이클 J. 폭스 재단과의 파킨슨병 유전체 분석 프로젝트에서 목표 물량의 절반 이상을 수주한 것으로 알려져 있다.
2025년 연간 영업이익률은 0.1%에 불과해 매출 성장에도 불구하고 절대적인 수익성은 취약한 수준이다. 2026년 1분기에는 영업손실로 재차 전환됐다가 2분기에 다시 흑자로 돌아서는 등 분기별로 이익이 큰 편차를 보이고 있어, 이익의 지속성이 아직 완전히 검증되지 않았다.
부채비율이 2022년 54.8%에서 2025년 104.1%로 두 배 가까이 상승했다. 대규모 인프라 투자(송도글로벌지놈센터 등)가 이어지는 가운데 재무구조 변화 추이를 계속 살펴볼 필요가 있다. 과거 다년간 순손실이 누적되며 자기자본도 축소된 이력이 있다.
2025년 연결 전체 순이익은 -2억원으로 여전히 적자였던 반면 지배주주 순이익은 +20억원으로 부호가 갈렸는데, 이는 비지배주주 손익 배분 구조에 따른 결과다. 2026년 2분기에도 영업이익(7억원) 대비 지배주주 순이익(49억원)의 확대 폭이 커 일회성 요인 가능성에 대한 추가 확인이 필요하다.
마크로젠은 2022~2024년 3년 연속 지배주주 순손실을 기록한 이후 2025년 흑자로 전환했고, 최근 네 개 분기 누적으로도 이익이 쌓이는 흐름을 보이고 있다. 매출은 2025년 43.6% 급증하며 외형 성장이 뚜렷했지만 영업이익률은 여전히 0.1% 수준으로 낮아 수익성 안정화는 진행형 과제다. 2026년 6월 준공된 송도글로벌지놈센터는 처리 역량 확대와 원가 절감의 발판이 될 수 있는 인프라이며, 미국 생물보안법 시행은 소마젠을 통한 반사 수혜 가능성을 열어두고 있다. 다만 부채비율 상승, 분기별 실적 변동성, 지배주주 순이익과 연결 전체 순이익 간 괴리 등은 계속 관찰이 필요한 요소다. 향후 분기 실적에서 이익의 지속성과 신규 인프라·해외 계약의 매출 기여도가 얼마나 구체화되는지가 핵심 변수가 될 것으로 보인다. 본 리포트는 투자 판단을 위한 참고 정보 제공을 목적으로 하며, 매수·매도 의견을 포함하지 않는다.
English version
Macrogen posted 43.6% annual revenue growth in 2025 and swung to positive owner net income, while 2026 quarterly results continue to alternate between profit and loss as the improvement trend unfolds.
Founded in 1997, Macrogen is a genomics-based precision medicine company known to hold the No.1 market share in Korea's genomics analysis market and rank among the global top five in capacity. Its core business is research sequencing services for government agencies, universities, research institutes, and pharmaceutical companies, spanning NGS-based genome and transcriptome analysis as well as more recent multiomics capabilities including single-cell and spatial transcriptomics. For consumers, the company operates the AI-based genetic health platform GenTok, and in March 2026 launched GenTok Plus, which expanded its analysis categories to 175 items, alongside a new ancestry service called gROUTE. As of 2025, GenTok has been integrated into Samsung Health through a partnership with Samsung Electronics, linking with Samsung Health lifelog data to deliver personalized insights. Overseas operations are conducted through subsidiary SomaGen, dual-listed and supplying genomic analysis services to institutions including the US National Institutes of Health; according to the company, overseas revenue accounted for roughly 60.5% of consolidated sales in 2024. On the national-project front, Macrogen was selected as the largest genome-production institution for Korea's national integrated bio big data project (K-DNA), while also expanding regionally through phased genome center establishment across Europe and the launch of a CAP-certified cancer panel in Southeast Asia. Competitively, the company faces sequencing equipment makers such as Illumina and China-linked genomics service providers such as BGI and MGI, with the emergence of new sequencing equipment entrants like Ultima adding pressure toward lower equipment pricing.
Macrogen's annual revenue was largely stagnant at KRW 138.6bn in 2022, KRW 132.8bn in 2023, and KRW 135.8bn in 2024, before surging 43.6% to KRW 195.3bn in 2025. Operating profit, however, declined from KRW 5.3bn (3.8% margin) in 2022 to losses of KRW -0.4bn in 2023 and KRW -6.5bn in 2024, before barely crossing breakeven in 2025 at KRW 0.18bn (0.1% margin). On an owner-attributable basis, net losses of KRW -22.3bn in 2022, KRW -16.8bn in 2023, and KRW -7.8bn in 2024 gave way to a positive KRW 2.0bn in 2025, a result shaped by minority-interest allocation dynamics distinct from the consolidated total net result, which remained slightly negative at KRW -0.2bn. Quarterly, an operating loss of KRW -1.5bn in 2025Q2 turned into an operating profit of KRW 1.1bn in Q3, expanding further to KRW 3.6bn in Q4 on revenue of KRW 56.3bn, the strongest quarter in the window. However, 2026Q1 saw revenue decline to KRW 45.3bn with a return to an operating loss of KRW -0.5bn, highlighting pronounced seasonal volatility, before Q2 swung back to an operating profit of KRW 0.7bn on revenue of KRW 51.0bn. Notably, 2026Q2 owner net income reached KRW 4.9bn, far exceeding the quarter's operating profit of KRW 0.7bn, suggesting non-operating items or minority-interest allocation effects that warrant confirmation through subsequent disclosures. Over the trailing four quarters from 2025Q3 to 2026Q2, combined revenue reached KRW 201.6bn, operating profit KRW 4.9bn, and owner net income KRW 10.3bn, indicating the improving trend has persisted on a rolling annual basis. On cash flow, 2025 operating cash flow of KRW 22.3bn substantially exceeded KRW 7.1bn in 2024, KRW 4.8bn in 2023, and KRW 10.8bn in 2022, showing cash generation improving ahead of headline profit metrics.
The global genomics analysis industry is being reshaped along two axes: falling next-generation sequencing (NGS) equipment prices and the proliferation of national-scale bio big data projects. The emergence of new sequencing equipment entrants such as Ultima has intensified competition among manufacturers and increased pressure toward lower equipment pricing, which can be read as a favorable cost environment for service providers like Macrogen. At the same time, national genomics big data initiatives similar to Korea's K-DNA are spreading across Asia and Europe, raising the possibility of additional order opportunities tied to expanding processing volumes. In the United States, the Biosecure Act restricting transactions with Chinese genomics and biotech firms was finally enacted in December 2025 as part of the National Defense Authorization Act (NDAA), raising discussion of Korean, Japanese, and European firms filling the gap left by Chinese players such as BGI and MGI. Macrogen is cited as a potential beneficiary given its track record of providing services to the US National Institutes of Health through subsidiary SomaGen, though finalizing the list of concerned entities and detailed implementing rules is expected to take time. Competitively, Macrogen retains its No.1 domestic market position, though a gap remains versus large equipment makers such as Illumina and major global CROs, while competition is also intensifying in adjacent fields such as proteomics. In terms of the industry cycle, some view the company as entering an early recovery phase after a prolonged period of stagnant revenue and losses, aided by fixed-cost dilution from rising processing volumes.
| Price | ₩11,830 |
|---|---|
| Market cap | ₩0.13T |
| P/E | 12.5 |
| P/B | 0.83 |
| ROE | 6.7% |
| Dividend yield | 4.23% |
In June 2026, Macrogen held a completion ceremony for the Songdo Global Genome Center in Incheon's Songdo International City, formally advancing its precision medicine strategy combining genomic big data with AI technology. The center spans 18,500 square meters across eight floors above ground and is designed to handle everything from genomic data production to AI-based interpretation and clinical analysis under one roof, with the company stating it currently has capacity for roughly 300,000 samples of sequencing per year. The company said it plans to operate the center as a global hub linking its US subsidiary SomaGen with Japanese and European sites, with ambitions to pursue a genomic big data project covering up to 10 million people going forward. Alongside the center's completion, the company is pursuing a company-wide AI transformation, including building a Google Workspace-based cloud and AI collaboration environment. On the national-project front, the company maintains infrastructure to execute large government initiatives such as K-DNA and has continued signing related contracts, including an AI-based personalized care national project agreement with Kangbuk Samsung Hospital. In the US market, subsidiary SomaGen is reported to have secured more than half of a targeted 150,000-sample allocation for the Parkinson's disease genomics project (GP2) with the Michael J. Fox Foundation, drawing attention to potential further contract expansion as the Biosecure Act takes effect. On the consumer side, the company is expanding its data assets through new service launches such as GenTok Plus and gROUTE, alongside ongoing customer-touchpoint expansion via Samsung Health integration. How quickly these new infrastructure and service investments translate into actual revenue and profit, however, remains something to be confirmed in coming quarterly results.
Macrogen moved from consecutive annual losses in 2023-2024 to a positive owner net income in 2025, and the trailing four-quarter figures also show profit accumulating, a pattern that can be read as reflecting market attention on the profit-recovery phase. The price-to-book ratio appears to trade at a discount to net asset value, which can be interpreted as reflecting both the historical erosion of equity from accumulated losses and the fact that earnings stability has not yet been fully established. The price-to-earnings ratio, given the early stage of the earnings recovery, is a valuation metric whose significance may shift depending on whether quarterly profits prove sustainable going forward. On dividends, while the company does pay a cash dividend, the stability of that policy relative to earnings scale warrants continued observation given the multi-year loss history. The debt ratio rose from 54.8% in 2022 to 104.1% in 2025, a shift in financial structure that also merits attention.
2025 revenue surged 43.6% year-over-year to KRW 195.3bn, and owner net income turned positive after three consecutive years of losses. The trailing four-quarter figures also show both revenue and profit expanding together. Growing volumes from national-scale bio big data projects are cited as a key driver of this top-line growth.
The Songdo Global Genome Center, completed in June 2026, serves as a global hub with capacity for roughly 300,000 samples of sequencing annually, acting as a central node linking US, Japanese, and European sites. The company stated it plans to pursue a genomic big data project covering up to 10 million people based on this infrastructure. Because per-unit fixed costs dilute as processing volumes rise, higher utilization carries potential to translate into margin improvement.
The US Biosecure Act, finally enacted in December 2025, restricts transactions with Chinese-linked genomics firms such as BGI and MGI, making Macrogen—through its US subsidiary SomaGen—a candidate to absorb displaced demand. SomaGen already has a track record of providing genomic analysis services to institutions including the US National Institutes of Health and is reported to have secured more than half of a targeted allocation for a Parkinson's disease genomics project with the Michael J. Fox Foundation.
The 2025 annual operating margin was just 0.1%, indicating that absolute profitability remains fragile despite revenue growth. The company swung back to an operating loss in 2026Q1 before returning to profit in Q2, showing wide quarter-to-quarter earnings swings that suggest the sustainability of profitability has not yet been fully proven.
The debt ratio nearly doubled from 54.8% in 2022 to 104.1% in 2025. With large infrastructure investments such as the Songdo Global Genome Center continuing, the trajectory of the balance sheet structure warrants ongoing attention. Equity has also historically contracted amid years of accumulated net losses.
In 2025, total consolidated net income remained negative at KRW -0.2bn even as owner net income turned positive at KRW 2.0bn, a divergence stemming from minority-interest allocation. In 2026Q2 as well, owner net income (KRW 4.9bn) expanded far more than operating profit (KRW 0.7bn), warranting further confirmation of whether non-recurring items were involved.
Macrogen turned to owner-attributable net profit in 2025 after three consecutive years of net losses from 2022 to 2024, and the trailing four-quarter figures also show earnings continuing to accumulate. Revenue growth was pronounced, surging 43.6% in 2025, though the operating margin remains thin at 0.1%, leaving profitability stabilization as an ongoing task. The Songdo Global Genome Center, completed in June 2026, provides infrastructure that could support expanded processing capacity and cost reduction, while enactment of the US Biosecure Act opens a potential spillover benefit channel through subsidiary SomaGen. That said, a rising debt ratio, quarter-to-quarter earnings volatility, and the divergence between owner net income and total consolidated net income remain factors requiring continued observation. Going forward, the sustainability of profits and how concretely the new infrastructure and overseas contracts contribute to revenue will likely be the key variables to watch. This report is intended to provide reference information for investment judgment and does not include a buy or sell recommendation.
본 리포트는 공시(DART)·시장 데이터(KRX) 기반의 AI 생성 정보 자료이며 투자 권유가 아닙니다.
This report is AI-generated from public disclosures (DART) and market data (KRX) for informational purposes only. It is not investment advice.
데이터 기준 2026-09-22 · KOSAI
(full report)